|
2.1. PDB proteinlarning asosiy tarkibi.
PDBni ishga tushirish uchun ikkita kuch birlashdi: bu oqsil tuzilmalarini ingl. 3-D. 1969 yilda Uolter Xemiltonning homiyligi bilan Brukxaven milliy laboratoriyasida Edgar Meyer (Texas A & AM universiteti) atom koordinatali fayllarni umumiy formatda saqlash uchun dasturiy ta'minotni yozishni boshladi, ularni geometrik va grafikli baholash uchun. 1971 yilga kelib Meyerning dasturlaridan biri bo'lgan SEARCH tadqiqotchilarga oqsil tuzilmalarini oflayn rejimda o'rganish uchun ma'lumotlar bazasidan masofadan turib kirish imkonini berdi. [8] SEARCH tarmoqni faollashtirishda muhim rol o'ynadi, shu bilan PDBning funktsional boshlanishini belgilaydi.
Protein ma'lumotlar banki 1971 yil oktyabr oyida Nature New Biology [9] da Buyuk Britaniyaning Kembrij kristallografik ma'lumotlar markazi va AQShning Brukxaven milliy laboratoriyasi o'rtasida qo'shma korxona sifatida e'lon qilindi.
1973 yilda Hamilton vafot etgach, Tom Koztl keyingi 20 yil davomida PDB rahbarligini oldi. 1994 yil yanvar oyida Isroilning Weizmann fan institutidan Joel Sussman PDB rahbari etib tayinlandi. 1998 yil oktyabr oyida [10] PDB Strukturaviy bioinformatika ilmiy -tadqiqot kollektiviga (RCSB) o'tkazildi [11] o'tkazish 1999 yil iyun oyida yakunlandi. Yangi direktor Rutgers universitetidan Xelen M. Berman edi. RCSB, ikkinchisi San -Diegodagi San -Diego superkompyuter markazi). [12] 2003 yilda wwPDB tashkil etilishi bilan PDB xalqaro tashkilotga aylandi. Ta'sischi a'zolari PDBe (Evropa), [2] RCSB (AQSh) va PDBj (Yaponiya). [3] BMRB [5] 2006 yilda qo'shilgan. WwPDB to'rt a'zosining har biri PDB ma'lumotlarini saqlash, ma'lumotlarni qayta ishlash va tarqatish markazlari vazifasini bajarishi mumkin. Ma'lumotni qayta ishlash wwPDB xodimlari har bir yuborilgan yozuvni ko'rib chiqib, izoh berishini bildiradi. [13] So'ngra ma'lumotlarning ishonchliligi avtomatik tarzda tekshiriladi (ushbu dasturiy ta'minotning manba kodi [14] hech kimga bepul taqdim etiladi).
PDB ma'lumotlar bazasi har hafta yangilanadi (UTC+0 chorshanba) va uning ro'yxati. [16] 2020 yil 1 -aprel holatiga [yangilanish] PDB quyidagilarni o'z ichiga oladi:
PDBdagi 134,146 ta tuzilmada struktur faktorli fayl mavjud. 10 289 ta tuzilmada NMR cheklov fayli mavjud. PDBdagi 4814 ta tuzilmada kimyoviy siljish fayli mavjud. PDBdagi 4 718 ta tuzilmada 3D Ma'lumotlar banki saqlangan 3DEM xaritali fayl mavjud
Aksariyat tuzilmalar rentgen nurlarining diffraktsiyasi bilan aniqlanadi, lekin strukturalarning 10% ga yaqini NMR oqsili bilan aniqlanadi. Rentgen nurlari diffraktsiyasidan foydalanganda oqsil atomlari koordinatalarining yaqinlashuvi olinadi, NMR yordamida esa oqsil atomlari orasidagi masofa baholanadi. Proteinning oxirgi konformatsiyasi masofaviy geometriya masalasini echish orqali NMRdan olinadi. 2013 yildan keyin oqsillar soni krio-elektron mikroskop yordamida aniqlanadi. Bog'langan tashqi jadvaldagi raqamlarni bosish, shu usul bilan aniqlangan tuzilmalar misollarini ko'rsatadi.
Strukturaviy faktorli faylga ega bo'lgan rentgen nurlari diffraktsiyasi bilan aniqlanadigan PDB tuzilmalari uchun ularning elektron zichligi xaritasini ko'rish mumkin. Bunday tuzilmalar ma'lumotlari "elektron zichligi serverida" saqlanadi. [17] [18]
Tarixiy jihatdan, PDBdagi tuzilmalar soni taxminan eksponensial tezlikda o'sdi, 1982 yilda 100 ta tuzilma, 1993 yilda 1000 ta tuzilma, 1999 yilda 10 000 ta va 2014 yilda 100 000 ta tuzilgan. [19] [20]
PDB tomonidan dastlab ishlatilgan fayl formati PDB fayl formati deb nomlangan. Dastlabki format har bir satr uchun 80 ta belgidan iborat bo'lgan kompyuter kartalari kengligi bilan cheklangan. Around 1996, the "macromolecular Crystallographic Information file" format, mmCIF, which is an extension of the CIF format was phased in. mmCIF became the standard format for the PDB archive in 2014. [21] In 2019, the wwPDB announced that depositions for crystallographic methods would only be accepted in mmCIF format. [22]
An XML version of PDB, called PDBML, was described in 2005. [23] The structure files can be downloaded in any of these three formats, though an increasing number of structures do not fit the legacy PDB format. Individual files are easily downloaded into graphics packages from Internet URLs:
Do'stlaringiz bilan baham: |
