Kurs ishi mavzu: pdb ma’lumotlar bazasi va uning ahamiyati

KURS ISHI
Mavzu:PDB ma’lumotlar bazasi va uning ahamiyati.



Ilmiy raxbar: H. Ro’ziboyev.
Ishni topshiruvchi: Bahriddinova Mohinur.
Toshkent 2022
Mundarija:

Kirish…………………………………………………………...…3
I BOB. PDB ma'lumotlariga kirish……………………………………………..

1. 
   PDB-101 haqida………………………………………………………………
   

1.2. Yo'qolgan koordinatalar va biologik yig'ilishlar…………………………..
II. BOB. PDB proteinlarining tarkibi va vazifalari………………………………
2.1. PDB proteinlarning asosiy tarkibi…………………………………………..
2.2. PDB - protein ma’lumotlari banki…………………………………….
Xulosa………………………………………………………………..……30
Foydalanilgan adabiyotlar ro’yhati……………………………………..31

Kirish.

I BOB. PDB ma'lumotlariga kirish
PDB arxivi - atom koordinatalari va oqsillar va boshqa muhim biologik makromolekulalarni tavsiflovchi boshqa ma'lumotlar ombori. Strukturaviy biologlar har bir atomning molekulada bir-biriga nisbatan joylashishini aniqlash uchun rentgen kristallografiyasi, NMR spektroskopiyasi va krio-elektron mikroskopi kabi usullardan foydalanadilar. Keyin ular bu ma'lumotni saqlaydilar, keyin izohlanadi va wwPDB tomonidan arxivga oshkora chiqariladi.
Doimiy o'sib borayotgan PDB butun dunyodagi laboratoriyalarda olib borilayotgan tadqiqotlarning aksidir. Bu ma'lumotlar bazasidan tadqiqot va ta'limda foydalanishni ham hayajonli, ham qiyinlashtirishi mumkin. Hayotning markaziy jarayonlarida ishtirok etadigan ko'plab oqsillar va nuklein kislotalar uchun tuzilmalar mavjud, shuning uchun siz PDB arxiviga borib ribosomalar, onkogenlar, dori maqsadlari va hatto butun viruslar uchun tuzilmalarni topishingiz mumkin. Biroq, sizga kerakli ma'lumotlarni topish qiyin bo'lishi mumkin, chunki PDB turli xil tuzilmalarni arxivlaydi. Siz tez -tez ma'lum bir molekula uchun bir nechta tuzilmalarni, yoki qisman tuzilmalarni yoki o'z shakllaridan o'zgartirilgan yoki inaktiv qilingan tuzilmalarni topasiz.
PDB ma'lumotlarini tushunish bo'yicha qo'llanma Ushbu material orqali yo'lni belgilashni boshlashingiz va bir nechta umumiy tuzoqlardan qochishingizga yordam berish uchun mo'ljallangan. Bu boblar bir -biri bilan chambarchas bog'langan. Boshlash uchun o'ng menyudan mavzuni tanlang yoki pastdan mavzuni tanlang:
PDB arxivida saqlanadigan asosiy ma'lumotlar biologik molekulalar uchun koordinatali fayllardan iborat. Bu fayllar har bir oqsildagi atomlarni va ularning kosmosdagi 3D joylashuvini sanab beradi.
Bu fayllar bir necha formatda mavjud (PDB, mmCIF, XML). PDB formatidagi odatiy fayl oqsilni, iqtibos ma'lumotlarini va tuzilish eritmasi tafsilotlarini, so'ngra atomlar va ularning koordinatalarining ketma -ketligi va uzun ro'yxatini o'z ichiga olgan katta "sarlavha" matnini o'z ichiga oladi. Arxivda ushbu atom koordinatalarini aniqlash uchun ishlatiladigan eksperimental kuzatuvlar ham mavjud.
PDB fayllarini to'g'ridan -to'g'ri matn muharriri yordamida ko'rishingiz mumkin bo'lsada, ularni ko'rish uchun ko'rish yoki vizualizatsiya dasturidan foydalanish eng foydali bo'ladi. RCSB PDB veb -saytidagi kabi onlayn vositalar sizga PDB sarlavhasi ostidagi ma'lumotlarni, shu jumladan eksperimental usullar va oqsil kimyosi va biologiyasi haqidagi ma'lumotlarni qidirish va o'rganish imkonini beradi. O'zingizni qiziqtirgan PDB yozuvlarini topganingizdan so'ng, PDB faylida o'qish, kompyuterda oqsil tuzilishini ko'rsatish va uning maxsus rasmlarini yaratish uchun vizualizatsiya dasturlaridan foydalanishingiz mumkin. Bu dasturlar, shuningdek, masofalar va bog'lanish burchaklarini o'lchash va qiziqarli strukturaviy xususiyatlarni aniqlash imkonini beruvchi tahlil vositalarini o'z ichiga oladi.
PDB arxividagi tuzilmalarni o'rganishni boshlaganingizda, siz koordinatali fayllar haqida bir necha narsani bilishingiz kerak bo'ladi. Oddiy yozuvda siz turli xil biologik molekulalar, kichik molekulalar, ionlar va suvning aralashmasini topasiz. Ko'pincha, siz ularni hal qilish uchun ismlar va zanjir identifikatorlaridan foydalanishingiz mumkin. Kristallografiya yordamida aniqlangan tuzilmalarda atomlar tebranishini va bandligini tavsiflovchi harorat faktorlari bilan izohlanadi, bu ularning bir nechta konformatsiyalarda ko'rinishini ko'rsatadi. NMR tuzilmalari ko'pincha molekulaning turli xil modellarini o'z ichiga oladi.
PDB arxivini o'rganayotganda siz bir nechta qiyinchiliklarga duch kelishingiz mumkin. Masalan, ko'plab tuzilmalar, xususan, kristallografiya bilan aniqlangan, faqat funktsional biologik yig'ilishning bir qismi haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Yaxshiyamki, PDB bu borada yordam berishi mumkin. Shuningdek, ko'plab PDB yozuvlarida molekulaning tajribada kuzatilmagan qismlari yo'q. Bularga faqat alfa -uglerodli pozitsiyalar, ilmoqlari yo'q tuzilmalar, alohida domenlar tuzilmalari yoki katta molekuladan bo'linmalar kiradi. Bundan tashqari, kristallografik tuzilmalarning aksariyatida vodorod atomlari haqida ma'lumot yo'q.

2.