Kurs ishi mavzu: pdb ma’lumotlar bazasi va uning ahamiyati

Asimmetrik birlik Biologik yig'ilish
PDB kirish 1hho tepada ko'rsatilganidek, ikkita zanjirni o'z ichiga oladi. Biologik faol tetramer uchun koordinatalar pastda ko'rsatilganidek, biologik yig'ish faylida mavjud.
Maslahat: Biologik yig'ilishlarning koordinatalari & quot; Fayllarni yuklash & quot; menyusiga kiritilgan.
Alfa-uglerod koordinatali fayllar
Ba'zi hollarda, tajribalar natijasida, elektron mikroskopi yoki rentgen kristallografiyasi yaxshi tuzilmagan kristalli tuzilmalarda bo'lgani kabi, oqsilning past aniqlikdagi tasviri olinadi. Bunday hollarda, eksperimental ma'lumotlar har bir atomni echish uchun etarli emas va tadqiqotchi oqsil tarkibidagi har bir aminokislotaning faqat bitta koordinatasini kiritishni tanlashi mumkin. Ko'pincha, alfa-uglerod pozitsiyasi joylashadi. Bu tuzilmalar oqsil zanjirining burilishini ko'rsatadi.
To'liq uzunlikdagi KscA kaliy kanalining tuzilishi (PDB yozuvi 1f6g) spin-etiketkalash va spektroskopik usullar yordamida hal qilindi. Usul har bir atomning joylashishini aniqlamagani uchun PDBga faqat alfa-uglerodlar topshirildi.
Maslahat: Agar siz PDB yozuvining simli sxemasini ko'rsatmoqchi bo'lsangiz va bo'sh ekran yoki bir nechta kichik nuqtalarni ko'rmoqchi bo'lsangiz, siz alfa-uglerodli tuzilishga qaragan bo'lishingiz mumkin. Tel-kadrlar diagrammasi, odatda, bu fayllar bilan bo'shashib qoladi, chunki alfa-uglerodli pozitsiyalar aloqalarni ko'rsatish uchun juda uzoq. Buning o'rniga, molekulani ko'rsatish uchun tasma diagrammasi yoki qalin orqa miya trubasidan foydalanishga harakat qiling. Sun'iy ravishda katta sferalar (5 va Aringngstrom radiusi) bo'lgan kosmik to'lg'azish diagrammasi ham yaxshi ishlaydi, agar sizning molekulyar grafik dasturingiz sharsimon sohalarga ruxsat bersa.


Yo'qolgan halqalar va dumlar
X-nurli kristallografiya bir xil pozitsiyadagi ko'plab oqsilli kristallarni olishga tayanganligi sababli, moslashuvchan oqsillar muammo tug'diradi. Protein tarkibidagi hududlar odatda rentgen tuzilmalarida kuzatilmaydi, shuning uchun bu hududlar uchun koordinatalar PDB yozuvlariga kiritilmagan. Siz ularni zanjirning uzilishlari va ko'pincha zanjirning boshida va oxirida segmentlar etishmayotganini ko'rasiz. NMRdan olingan tuzilmalarda odatda bunday muammo bo'lmaydi. NMR tuzilmalari ansambllari ko'pincha moslashuvchan hududlar uchun bir -biridan farq qiladigan bir nechta konfiguratsiyalarni o'z ichiga oladi, shuning uchun siz ulardan birini tanlashingiz yoki barchasini ishlatishingiz mumkin.
Afsuski, etishmayotgan qismlar uchun koordinatalarni modellashtirishdan tashqari, bu muammoning oddiy echimi yo'q (molekulyar modellashtirish dasturlari havolalari ro'yxatiga qarang). Bu muammo muhim bo'lishi mumkin, chunki moslashuvchan halqalar ko'pincha oqsilning faol joyida yoki bog'lanish joyida ishtirok etadi.
Faol joyisiz (PDB 1az5 yozuvi) hal qilingan SIV proteazasining tuzilishi tajribada ko'rinmaydigan darajada moslashuvchan bo'lgan ikkita pastadirga ega edi (yuqori rasmda yulduzlar bilan ko'rsatilgan). Protein ingibitorlar bilan kristallanganida, halqalar ko'rinadigan barqaror tuzilishga ega bo'lgan (PDB kirish 1yti). (Bu rasm MBT Simple Viewer yordamida yaratilgan).
Maslahat: Ligandlar yoki bog'lovchi sheriklarni o'z ichiga olgan boshqa tuzilmalarni qidirish ko'pincha foydalidir. Bunday holda, pastadir ligand atrofida barqaror konfiguratsiyada yopilishi mumkin va bu kristallografik tajribada ko'rinadi.