|
PDB-101 haqida
PDB-101 o'qituvchilar, talabalar va keng jamoatchilikka oqsillar va nuklein kislotalarning 3D olamini o'rganishga yordam beradi. Ularning xilma -xil shakllari va funktsiyalari bilan tanishish oqsil sintezidan sog'lik va kasallikdan biologik energiyaga qadar biomeditsina va qishloq xo'jaligining barcha jihatlarini tushunishga yordam beradi.
Nima uchun PDB-101? Dunyo bo'ylab tadqiqotchilar ushbu 3D tuzilmalarni Protein Data Bank (PDB) arxivida erkin joylashtirishadi. PDB-101 yangi boshlanuvchilarga mavzuni boshlashga yordam beradigan kirish materiallarini ("101", boshlang'ich darajadagi kursda) hamda kengaytirilgan ta'lim manbalarini yaratadi.
Teodosiy Dobjanskiy "Biologiyada hech narsa evolyutsiyadan boshqa ma'noga ega emas" degan mashhur so'zni aytdi va PDB arxivida ko'plab misollar mavjud, siz bu aloqani birinchi qo'ldan ko'rishingiz mumkin. Ba'zi evolyutsiya ming yillar davomida sodir bo'ladi, masalan, ketma-ketliklarni taqqoslash orqali. Globin kabi oqsillar bilan biz turdosh organizmlarning batafsil nasl -nasabini kashf eta olamiz. Bakteriyalarning dorilarga chidamliligida biz yillar davomida sodir bo'ladigan evolyutsiyani ko'rishimiz mumkin, chunki bakteriyalar giyohvand moddalarni yo'q qilishning yangi usullarini o'z mutatsiyalari va mavjud biomashinalarini tanlash orqali rivojlantiradilar.
Bu erda ko'rsatilgan tuzilmalar bir necha kun ichida sodir bo'layotgan evolyutsiyani ko'rsatadi. Tadqiqotchilar OIV bilan kasallangan hujayralar madaniyatini OIV proteaz inhibitori bilan bog'lashdi va mutatsiyaga va selektsiya natijasida tobora ko'proq chidamli versiyalar paydo bo'lishini kuzatdilar. Yuqoridagi yovvoyi turdagi ferment (PDB kirish 2az8) inhibitori tomonidan kuchli bloklanadi. Leytsinni kichikroq alaninga almashtirib, markaziy ferment (PDB kirish 2az9) qulay o'zaro ta'sirni olib tashlaydi va ingibitorga 4 barobar chidamli bo'ladi. Pastki qism (PDB kirish 2azc) yana beshta mutatsiya joylari bilan fermentning faolligini moslashtiradi va 30 barobar chidamli bo'ladi.
Qo'shimcha muhokama uchun mavzular
Sizning eng sevimli molekulangiz nima?
Agar siz "Oy molekulasi" ustunlari bo'yicha mening maqsadlarim va usullarim haqida o'qishni xohlasangiz, RCSB axborot byulletenidagi ushbu maqolani ko'rib chiqing.
Tegishli PDB-101 manbalari
Manbalar
6j4y: Ehara, H., Kujirai, T., Fujino, Y., Shiruzi, M., Kurumizaka, H., Sekine, S.I. (2019) RNK polimeraza II tomonidan cho'zilish omillari bilan nukleosomalar transkripsiyasi haqida tizimli tushuncha. Fan 363: 744-747
6mom: G'arb, BR, Vek, AZ, Moyer, CL, Fusko, ML, Ilinix, PA, Xuang, K., Virchnianski, AS, Jeyms, RM, Herbert, AS, Xui, S., Gudvin, E., Xauell , KA, Kailasan, S., Aman, MJ, Uolker, LM, Bo'yoq, JM, Bukreyev, A., Chandran, K., Safire, EO (2019) Odam tirik qolgan antikor orqali keng ebolavirusni neytrallashning strukturaviy asoslari. Nat. Tarkibi. Mol. Biol. 26: 204-212
6by7: Dong, Y., Chen, S., Zhang, S., Sodroski, J., Yang, Z., Liu, D., Mao, Y. (2018) DNKni nazorat ostida qayta tiklash uchun lipid konjugatsiyalangan nanobarrelga burish. membrana oqsillari. Angew. Kimyo Int. Ed. Engl. 57: 2072-2076
6cfz: Jenni, S., Harrison, SC (2018) DASH/Dam1 kompleksining tuzilishi xamirturush kinetoxor-mikrotubulalar interfeysidagi rolini ko'rsatadi. Fan 360: 552-558
5j7v: Kloze, T., Reteno, D.G., Benamar, S., Xollerbax, A., Kolson, P., La Skola, B., Rossmann, M.G. (2016) Faustovirusning tuzilishi, katta dsDNA virusi. Proc.Natl.Acad.Sci.USA 113: 6206-6211
3j2u: Asenjo, AB, Chatterji, C., Tan, D., Depaoli, V., Rays, WJ, Diaz-Avalos, R., Silvestri, M., Sosa, H. (2013) Tubulinni aniqlash va Kinesin-13 mikrotubulali depolimerazalarning deformatsiyasi. Hujayra vakili 3: 759-768
3nir: Shmidt, A., Teeter, M., Vekkert, E., Lamzin, V.S. (2011) 0,48 A o'lchamdagi kichik oqsilli krambinning kristalli tuzilishi. Acta Crystallogr., Bo'lim F 67: 424-429
2az8, 2az9, 2acz: Heaslet, H., Kutilek, V., Morris, G.M., Lin, Y.-C., Elder, J.H., Torbett, B.E., Stout, C.D. (2006) OIV-1 proteaz NL4-3 da giyohvandlikka qarshilik mexanizmlari haqida tizimli tushunchalar. J.MolBiol. 356: 967-981
1plq: Krishna, T.S., Kong, X.P., Gari, S., Burgers, PM, Kuriyan, J. (1994) Eukaryotik DNK polimeraza jarayonli omil PCNA ning kristalli tuzilishi. Hujayra 79: 1233-1243
2020 yil yanvar, Devid Gudsell
Do'stlaringiz bilan baham: |
