Kurs ishi mavzu: pdb ma’lumotlar bazasi va uning ahamiyati

Prionlar
Noto'g'ri holatda, prionlar qattiq fibril hosil qiladi. Ushbu fibrillalardan biriga birinchi qarash HB-2 qo'ziqorinli qo'ziqorin oqsilining bir qismini o'z ichiga olgan PDB kirishida mavjud. Olti protein zanjiri PDB fayliga kiritilgan bo'lib, ular uzun solenoidal tuzilishga ega. Gidrofob aminokislotalar (oq rangda) uchburchak cho'ntakka solingan bo'lib, butun tuzilishni barqaror qiladi. Ushbu tuzilmani batafsilroq o'rganish uchun interaktiv JSmol tasvirini bosing.
Tegishli PDB-101 manbalari

1.2. Yo'qolgan koordinatalar va biologik yig'ilishlar.
Strukturani aniqlash usullarining xususiyatlaridan kelib chiqib, aksariyat yozuvlar aniqlangan molekuladagi har bir atom uchun koordinatalarni o'z ichiga olmaydi. Ba'zi hollarda, eksperimental usul ba'zi atomlarni kuzatmasligi mumkin. Masalan, rentgen kristallografik tajribalarida egiluvchan hududlar va vodorod atomlari kuzatilmaydi va shuning uchun PDB koordinata fayllariga kiritilmagan. Boshqa hollarda, PDB yozuviga molekulaning faqat bir qismi kiritilishi mumkin. Masalan, nosimmetrik molekulalarning rentgen kristallografik tuzilmalarida PDB yozuvi ko'pincha kompleksning faqat bitta bo'linmasini o'z ichiga oladi va to'liq biologik yig'ilish uchun koordinatalarni pastki birlik koordinatalaridan hisoblash kerak. PDB arxivini qidirishda, har bir alohida yozuvga strukturaning qaysi qismlari kiritilganligini hisobga olish kerak.
Asimmetrik va biologik yig'ilishlar
Rentgen nurlari kristallografiyasi uchun ishlatiladigan kristallarda oqsil va/yoki nuklein kislotaning ko'p nusxalari nosimmetrik tarzda bir qatorga joylashtirilgan. Odatda, assimetrik birlik deb nomlangan ushbu massivning eng kichik noyob qismining tuzilishi PDB arxivida saqlanadi. Kristalning simmetriyasiga qarab, assimetrik birlikda oqsil va/yoki nuklein kislotaning bir yoki bir nechta nusxasi bo'lishi mumkin.
Molekulaning biologik jihatdan mos keladigan yig'ilishi PDB yozuviga kiritilgan assimetrik birlik tuzilmasidan butunlay farq qilishi mumkin. Tetramer vazifasini bajaradigan gemoglobin bo'lsa, assimetrik birlikda PDB -ning ba'zi yozuvlarida faqat 2 ta zanjir (funktsional tetramerning yarmi), boshqalarida esa 8 yoki undan ortiq zanjir (bir nechta funktsional tetramerlarni ifodalovchi) mavjud. Ikosaedral viruslar yana bir keng tarqalgan misol: odatda faqat bitta zanjir qo'yiladi, shuning uchun kapiddagi 60 ta zanjirning koordinatalarini yaratish kerak. Biologik yig'ilishlar uchun zanjirlarni yaratish yoki tanlash uchun zarur bo'lgan simmetriya operatsiyalari kirish fayllarida keltirilgan, agar siz hisobni o'zingiz qilmoqchi bo'lsangiz yoki arxivdan biologik yig'ilish uchun koordinatalarni yuklab olishingiz mumkin.