Hisoblashning ochiq ramkasini izlash

Xamirturush genom loyihasida homologik tahlil.

The S. cerevisiae genom loyihasi yangi genlarga funktsiyalarni belgilash vositasi sifatida homologik tahlilning imkoniyatlari va cheklovlarini ko'rsatdi. Xamirturush genomida taxminan 6000 gen mavjud bo'lib, ularning 30% sekvensiya loyihasi boshlanishidan oldin an'anaviy genetik tahlil orqali aniqlangan. Qolgan 70% homologik tahlil orqali o'rganilib, quyidagi natijalarni berdi.

2.1.2-rasm. Xamirturush genomidagi gen toifalari.

Asboblar

Foydalanuvchilarga 1000 Genom loyihasi tomonidan ishlab chiqarilgan variant qo'ng'iroqlari, genotip qo'ng'iroqlari va qo'llab-quvvatlovchi dalillarni (masalan, tekislangan ketma-ketlikni o'qish) o'rganish imkonini beruvchi interaktiv grafik ko'ruvchi.
Ushbu vosita foydalanuvchilarga aminokislotalarning strukturaviy va kimyoviy xossalarini solishtirish, mutatsiyalar natijasida kelib chiqqan oqsillar ketma-ketligi o‘zgarishlarini bashorat qilish, umumiy almashtirishlarni ko‘rish va saqlangan domenlarda berilgan qoldiqlarning funksiyalarini ko‘rib chiqish orqali ularning xususiyatlarini o‘rganish imkonini beradi.
Tanlangan toʻliq eukaryotik va prokariotik genomlardan oʻxshash ketma-ketliklar uchun BLAST qidiruvini amalga oshiradi.
RefSeqGene/LRG to'plamidagi genomik ketma-ketliklarning BLAST qidiruvini amalga oshiradi. Standart displey Grafik displeydagi hizalanishlarni ko'rib chiqish uchun tayyor navigatsiyani ta'minlaydi.
Bu sahifada BLAST bilan bog‘liq bir qator o‘quv qo‘llanmalar va qo‘llanmalar, jumladan, BLAST algoritmlarini tanlash qo‘llanmasi, BLAST chiqish formatlarining tavsiflari, mustaqil BLAST parametrlarining tushuntirishlari, mahalliy mashinalarda mustaqil BLASTni o‘rnatish bo‘yicha ko‘rsatmalar va BLAST URL API yordamida.
Biologik ketma-ketliklar orasidagi mahalliy o'xshashlik hududlarini topadi. Dastur nukleotid yoki oqsil ketma-ketliklarini ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslaydi va o'yinlarning statistik ahamiyatini hisoblab chiqadi. BLAST ketma-ketliklar orasidagi funktsional va evolyutsion munosabatlarni aniqlash uchun, shuningdek, gen oilalari a'zolarini aniqlashga yordam berish uchun ishlatilishi mumkin.
Nukleotid yoki Protein ma'lumotlar bazalaridan GI faylini yoki kirish raqamlarini yoki boshqa Entrez ma'lumotlar bazalaridan noyob identifikatorlar faylini yuklash orqali ko'plab Entrez ma'lumotlar bazalaridan yozuvlarni olish imkonini beradi. Qidiruv natijalari turli formatlarda bevosita kompyuteringizdagi mahalliy faylga saqlanishi mumkin.
Protein ketma-ketligini tasniflash va ularning evolyutsion munosabatlarini o'rganish uchun mustaqil dastur. CDTree mavjud Conserved Domain (CDD) yozuvlari va ierarxiyalarini import qilish, tahlil qilish va yangilash, shuningdek, foydalanuvchilarga o'zlarini yaratishga imkon beradi. CDTree Entrez CDD va Cn3D bilan chambarchas integratsiyalashgan va foydalanuvchilarga protein domenini moslashtirishni yaratish va yangilash imkonini beradi.
COBALT - bu RPS-BLAST, BLASTP va PHI-BLAST yordamida saqlangan domen ma'lumotlar bazasidan, oqsil motivlari ma'lumotlar bazasidan va ketma-ketlik o'xshashligidan olingan juft cheklovlar to'plamini topadigan oqsillarni bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish vositasi.
NCBI ning Entrez qidiruv xizmatidan 3 o'lchovli tuzilmalarni ko'rish uchun mustaqil dastur. Cn3D Windows, Macintosh va UNIX tizimlarida ishlaydi va uni eng mashhur veb-brauzerlardan ma'lumotlarni qabul qilish uchun sozlash mumkin. Cn3D bir vaqtning o'zida tuzilma, ketma-ketlik va hizalanishni ko'rsatadi va kuchli izoh va hizalanishni tahrirlash xususiyatlariga ega.
NCBI Bookshelfning bir qismi, Coffee Break so'nggi biotibbiyot kashfiyotlar haqidagi hisobotlarni NCBI vositalaridan foydalanish bilan birlashtiradi. Har bir hisobot tadqiqot jarayonining bir qismi sifatida NCBI bioinformatika vositalaridan qanday foydalanilishini ko'rsatadigan interaktiv qo'llanmalarni o'z ichiga oladi.
Berilgan oqsil ketma-ketligini tashkil etuvchi funktsional domenlarni ko'rsatadi. U o'xshash domen arxitekturasiga ega bo'lgan oqsillarni sanab o'tadi va domenlarning muayyan birikmalarini o'z ichiga olgan oqsillarni olishi mumkin.
Protein ketma-ketligida mavjud saqlanib qolgan domenlarni aniqlaydi. CD-Search RPS-BLAST (teskari pozitsiyaga xos BLAST) dan so'rovlar ketma-ketligini Saqlangan domen ma'lumotlar bazasida (CDD) mavjud bo'lgan saqlangan domen tekislashlaridan tayyorlangan pozitsiyaga xos ball matritsalari bilan solishtirish uchun foydalanadi.
Oddiy veb-so'rovlar interfeysidan tashqari NCBI Entrez tizimidagi ma'lumotlarga kirishni ta'minlaydigan vositalar. Ular dasturiy ilovalar ichida Entrez vazifalarini avtomatlashtirish usulini taqdim etadi. Har bir yordamchi dastur maxsus qidirish vazifasini bajaradi va undan maxsus formatlangan URL yozish orqali foydalanish mumkin.
Foydalanuvchilarga onlayn shakldan foydalangan holda elektron yordam dasturini tahlil qilish quvurini qurishga imkon beruvchi vosita va keyin quvurni bajarish uchun Perl skriptini yaratadi.
GEO ma'lumotlar bazasidagi mikroarray yoki SAGE platformalarida joylashgan GenBank ketma-ketliklariga so'rovlar ketma-ketligini (nukleotid yoki oqsil) moslashtirish uchun vosita.
Taksonomiya ma'lumotlar bazasidagi organizmlarning genetik kodlarini jadvallarda va taksonomik daraxtda ko'rsatadi.
Ushbu vosita nukleotidlar yoki oqsillar ketma-ketligini genomik ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslaydi va asosiy mahalliy hizalanishni qidirish vositasi (BLAST) algoritmi yordamida mos keladiganlarning statistik ahamiyatini hisoblaydi.
Gen, ekspressiya, o'zgaruvchanlik va boshqa izohlarni har tomonlama tekshirish bilan eukaryotik RefSeq genom birikmalarini interaktiv navigatsiya qilish uchun genom brauzeri. GDV yuklanishi oson boʻlgan analitik trekning oldindan konfiguratsiyasini, oson koʻrsatish va moslashtirish uchun maʼlumotlar treklari menyusini taklif etadi hamda foydalanuvchi maʼlumotlarini yuklash va tahlil qilishni qoʻllab-quvvatlaydi. Ushbu brauzer nashr qilish uchun displeylar ishlab chiqarishga ham imkon beradi.
Ideogramma yoki yig'ilishning ketma-ket tasviri bo'yicha izohlarning jurnal sifati raqamlarini ishlab chiqarishga yordam beradigan onlayn vosita.
NCBI ning Remap vositasi foydalanuvchilarga annotatsiya ma'lumotlarini loyihalash va xususiyatlarning joylashuvini bir genomik yig'ilishdan boshqasiga yoki bazaviy tahlil orqali baza orqali RefSeqGene ketma-ketligiga aylantirish imkonini beradi. Remappingning qat'iyligini sozlash uchun variantlar taqdim etiladi va xulosalar veb-sahifada ko'rsatiladi. To'liq natijalarni NCBI's Genome Workbench grafik ko'rish dasturida ko'rish uchun yuklab olish mumkin va qayta ko'rsatilgan xususiyatlar uchun izoh ma'lumotlari, shuningdek, xulosa ma'lumotlarini yuklab olish mumkin.
Ketma-ket ma'lumotlarni ko'rish va tahlil qilish uchun integratsiyalashgan dastur. Genome Workbench yordamida siz NCBI-da ommaviy mavjud ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarida ma'lumotlarni ko'rishingiz va bu ma'lumotlarni o'zingizning ma'lumotlaringiz bilan aralashtirishingiz mumkin.
Uchinchi tomonlarga PubMed va boshqa Entrez ma'lumotlar bazasi yozuvlaridan Entrez tizimidan tashqarida tegishli veb-sahifalarga kirish mumkin bo'lgan manbalarga to'g'ridan-to'g'ri ulanish imkonini beruvchi xizmat. LinkOut resurslariga misol sifatida toʻliq matnli nashrlar, biologik maʼlumotlar bazalari, isteʼmolchilar salomatligi haqidagi maʼlumotlar va tadqiqot vositalari kiradi.
Bir nechta organizmlar uchun xaritalar va yig'ilgan ketma-ketliklarni ko'rishning maxsus imkoniyatlarini taqdim etadi. Siz organizmning toʻliq genomini koʻrishingiz va qidirishingiz, xaritalarni koʻrsatishingiz va qiziqish mintaqasi boʻyicha ketma-ketlik maʼlumotlarigacha borgan sari kattaroq darajadagi tafsilotlarni kattalashtirishingiz mumkin.
Foydalanuvchilarga ma'lumotlar bazasi qidiruv natijalari yoki boshqa dasturiy ta'minot ilovalari tomonidan yaratilgan bir nechta hizalanishlarni ko'rish imkonini beruvchi interaktiv veb-ilova. MSA Viewer foydalanuvchilarga tekislashni yuklash va asosiy ketma-ketlikni o'rnatish hamda masshtablash va rangni o'zgartirish kabi xususiyatlardan foydalangan holda ma'lumotlarni o'rganish imkonini beradi.
Yangi va yangilangan resurslar va NCBI tadqiqot va ishlanma loyihalari haqida ma'lumot beradi. Yangiliklar saytida xizmatlar, resurs xususiyatlari va vositalarini yorituvchi maqolalar, shuningdek, foydalanuvchi hamjamiyatini qiziqtirgan asosiy maʼlumotlar toʻplami va xizmatlarga oid muhim eʼlonlarni tavsiflovchi tez-tez eʼlonlar mavjud. NCBIning ijtimoiy media saytlariga havolalar va mavjud RSS tasmalar ro'yxati va elektron pochta ro'yxatlari taqdim etiladi.
NCBI tomonidan molekulyar biologiya uchun portativ, modulli dasturiy ta'minot ishlab chiqarish uchun foydalaniladigan dasturiy ta'minot va ma'lumotlar almashinuvi spetsifikatsiyalari to'plami. Asboblar to'plamidagi dasturiy ta'minot, birinchi navbatda, Xalqaro Standartlar Tashkiloti (ISO) ma'lumotlarini taqdim etish formati bo'lgan Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1) formatidagi yozuvlarni o'qish uchun mo'ljallangan.
Laboratoriyaga xos protokollar asosida multipleks qisqa tandem takroriy (STR) DNK profillarini baholashni osonlashtiradigan jamoat mulki sifat kafolati dasturiy ta'minot to'plami. OSIRIS mustaqil ravishda olingan matematik asoslangan o'lchov algoritmi yordamida xom elektroforez ma'lumotlarini baholaydi. U ikkita yangi eng yuqori sifat ko'rsatkichlarini taklif qiladi - moslashish darajasi va o'lcham qoldig'i. U fon shovqini sozlamalari, moslashtirilgan nomlash konventsiyalari va qo'shimcha ichki laboratoriya nazorati kabi laboratoriyaga xos imzolarni joylashtirish uchun sozlanishi mumkin.
Foydalanuvchi ketma-ketligida yoki ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan ketma-ketlikda barcha ochiq o'qish ramkalarini topadigan grafik tahlil vositasi. O'n olti xil genetik kodlardan foydalanish mumkin. Aniqlangan aminokislotalar ketma-ketligi turli formatlarda saqlanishi va BLAST yordamida protein ma'lumotlar bazalaridan izlanishi mumkin.
Foydalanuvchilarga CDD yozuvlaridan yoki Position Specific Iterated (PSI)-BLAST protein qidiruvlaridan joylashuvga xos ball matritsalarini (PSSM) ko'rsatish, saralash, quyi to'plam va yuklab olish imkonini beradi. Asbob shuningdek, so'rov oqsilini PSSM ga moslashtirishi va yuqori saqlanish pozitsiyalarini ajratib ko'rsatishi mumkin.
Fenotip, xromosoma joylashuvi, gen va SNP identifikatorlari bo'yicha so'rovlar bilan inson fenotipi/genotipi munosabatlarini topishni qo'llab-quvvatlaydi. Hozirda dbGaP, NHGRI GWAS katalogi va GTeX ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Natijalarni genomda, ketma-ketlikda yoki yuklab olish uchun jadvallarda ko'rsatadi.
Primer-BLAST asbobi ketma-ketlik shabloniga PCR primerlarini loyihalash uchun Primer3 dan foydalanadi. Keyinchalik potentsial mahsulotlar BLAST qidiruvi bilan foydalanuvchi tomonidan belgilangan ma'lumotlar bazalariga nisbatan avtomatik ravishda tahlil qilinadi va maqsadning o'ziga xosligini tekshirish uchun.
Oqsillarning genomik nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelishini hisoblash uchun yordamchi dastur. U Needleman Wunsch global hizalama algoritmining o'zgarishiga asoslanadi va ayniqsa intronlar va ulanish signallarini hisobga oladi. Ushbu algoritm tufayli ProSplign ulanish joylarini aniqlashda aniq va ketma-ketlik xatolariga toqat qiladi.
PUG dasturiy interfeys orqali PubChem xizmatlariga kirishni ta'minlaydi. PUG foydalanuvchilarga ma'lumotlarni yuklab olish, kimyoviy tuzilmalarni qidirishni boshlash, kimyoviy tuzilmalarni standartlashtirish va elektron yordam dasturlari bilan o'zaro ishlash imkonini beradi. PUG ga standart URL manzillari yoki SOAP orqali kirish mumkin.
Standartlashtirish, PubChem terminologiyasida, kimyoviy tuzilmalarni xuddi ishtirokchilarning asl tuzilmalaridan PubChem Compound yozuvlarini yaratishda foydalanilgan tarzda qayta ishlash. Ushbu xizmat foydalanuvchilarga PubChem o'zlari yubormoqchi bo'lgan har qanday tuzilmani qanday boshqarishini ko'rish imkonini beradi.
PubChem Structure Search PubChem Murakkab ma'lumotlar bazasini kimyoviy tuzilish yoki kimyoviy tuzilish namunasi bo'yicha so'rash imkonini beradi. PubChem Sketcher so'rovni qo'lda chizish imkonini beradi. Foydalanuvchilar, shuningdek, PubChem Compound Identifier (CID), SMILES, SMARTS, InChI, Molecular Formula yoki qo'llab-quvvatlanadigan tuzilma fayl formatini yuklash orqali tizimli so'rov kiritishini belgilashlari mumkin.
Klinisyenlar va sog'liqni saqlash xizmatlari tadqiqotchilariga mo'ljallangan maxsus PubMed qidiruv shakli. Sahifa klinik tadqiqotlar toifasi bo'yicha qidirishni, tizimli sharhlarni topishni va tibbiy genetik adabiyotlarni qidirishni soddalashtiradi.
PubMed-ni qidirish va ulash, qidiruvlarni MyNCBI-da saqlash, MeSH va boshqa PubMed xizmatlaridan foydalanish bo'yicha veb va flesh-darslar to'plami.
Tegishli tuzilmalar vositasi foydalanuvchilarga molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasidan (MMDB) ketma-ketlikda so'rov oqsiliga o'xshash 3D tuzilmalarni topishga imkon beradi. So'rov oqsili hali hal qilingan tuzilishga ega bo'lmasa-da, shunga o'xshash oqsil ketma-ketligining 3D shakli so'rov oqsilining taxminiy shakli va biologik funktsiyasini yoritishi mumkin.
SNP ma'lumotlar bazasini qidirish uchun BLAST yordamida genotip, usul, populyatsiya, yuboruvchi, markerlar va ketma-ketlik o'xshashligi bo'yicha qidirish imkonini beruvchi turli xil vositalar mavjud. Bular dbSNP bosh sahifasining chap tomonidagi ""Qidiruv"" ostida bog'langan.
Sequence Cytogenetic Conversion Service - inson, kalamush, sichqoncha va meva pashshalarining genomik birikmalari uchun ketma-ketlik va sitogenetik koordinatalarni o'zgartiruvchi onlayn vosita. Sequence Viewer
Nukleotid yoki oqsil ketma-ketligi va shu ketma-ketlikda izohlangan xususiyatlarning sozlanishi mumkin bo'lgan grafik ko'rinishini taqdim etadi. NCBI ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi sahifalarida foydalanishga qo'shimcha ravishda, ushbu tomoshabin o'rnatilgan veb-sahifa komponenti sifatida mavjud. Tomoshabinni o'z sahifalariga joylashtirmoqchi bo'lgan ishlab chiquvchilar uchun API ma'lumotnomasi bo'lgan batafsil hujjatlar mavjud.
cDNK-dan genomik ketma-ketlikni moslashtirishni hisoblash uchun yordamchi dastur. U Needleman-Wunsch global hizalama algoritmining o'zgarishiga asoslanadi va ayniqsa intronlar va ulanish signallarini hisobga oladi. Ushbu algoritm tufayli Splign ulanish joylarini aniqlashda aniq va ketma-ketlik xatolariga toqat qiladi.
Qisman taksonomik nomlar, umumiy nomlar, joker belgilar va fonetik jihatdan o'xshash nomlar yordamida taksonomiya daraxtini qidirishni qo'llab-quvvatlaydi. Har bir taksonomik tugun uchun asbob ushbu tugun uchun Entrezdagi barcha ma'lumotlarga havolalar beradi, naslni ko'rsatadi va tugun bilan bog'liq tashqi saytlarga havolalar beradi.
Tanlangan organizmlar guruhi uchun taksonomik daraxt hosil qiladi. Foydalanuvchilar taksonomiya identifikatorlari yoki nomlari faylini yuklashlari mumkin yoki ular to'g'ridan-to'g'ri nomlar yoki identifikatorlarni kiritishlari mumkin.
Berilgan daraja va kiritilgan sana uchun ma'lumotlar bazasidagi taksonomik tugunlar sonini ko'rsatadi.
Taksonomik tugunlar yoki identifikatorlar to'plamining joriy holatini ko'rsatadi.
Filogenetik daraxt ma'lumotlarini yaratish va ko'rsatish uchun vosita. Tree Viewer sizning ketma-ketlik ma'lumotlaringizni tahlil qilish imkonini beradi, PDF sifatida chop etiladigan vektor tasvirlarni ishlab chiqaradi va veb-sahifaga joylashtirilishi mumkin.
Variatsiyalarni ko'rish vositasi dbSNP, dbVar va ClinVar ma'lumotlar bazalarida keltirilgan genomik o'zgarishlarni qidirish va ko'rish uchun genomik brauzer. Qidiruvlar xromosoma joylashuvi, gen belgisi, fenotip yoki dbSNP va dbVar variant identifikatorlari yordamida amalga oshirilishi mumkin. Brauzer o'zgarishlarning izohli jadvallari bilan dinamik grafik ketma-ketlikni ko'ruvchida natijalarni o'rganish imkonini beradi. VecScreen
Vektor kelib chiqishi mumkin bo'lgan nuklein kislotalar ketma-ketligining segmentlarini tezda aniqlash tizimi. VecScreen ixtisoslashtirilgan ortiqcha bo'lmagan vektor ma'lumotlar bazasida (UniVec) istalgan ketma-ketlikka mos keladigan segmentlar uchun so'rovlar ketma-ketligini qidiradi.
O'xshash protein 3 o'lchovli tuzilmalarni aniqlaydigan kompyuter algoritmi. MMDB dagi har bir tuzilma uchun tuzilma qo'shnilari oldindan hisoblab chiqilgan va MMDB tuzilmasi xulosasi sahifalaridagi havolalar orqali kirish mumkin. Ushbu qo'shnilar faqat ketma-ket taqqoslash orqali tanib bo'lmaydigan uzoq gomologlarni aniqlash uchun ishlatilishi mumkin.
Ushbu vosita virusli ketma-ketlikning genotipini aniqlashga yordam beradi. So'rovlar ketma-ketligi bo'ylab oyna siljiydi va har bir oyna BLAST tomonidan ma'lum bir virus uchun mos yozuvlar ketma-ketliklarining har biri bilan taqqoslanadi.