Hisoblashning ochiq ramkasini izlash

Gomologik tahlil butun gen yoki uning ichidagi segmentlarning funktsiyasi haqida ma'lumot berishi mumkin.

Gomologik qidiruv DNK ketma-ketligi bilan o'tkazilishi mumkin, lekin odatda qidiruvdan oldin taxminiy genlar ketma-ketligi aminokislotalar ketma-ketligiga aylanadi. Buning sabablaridan biri shundaki, oqsillarda 20 xil aminokislotalar mavjud, ammo DNKda faqat to'rtta nukleotid mavjud, shuning uchun aminokislotalar ketma-ketligini taqqoslaganda, bir-biriga bog'liq bo'lmagan genlar odatda bir-biridan farq qiladi (7.10-rasm). Shuning uchun aminokislotalar ketma-ketligi ishlatilsa, gomologik qidiruv soxta natijalar berish ehtimoli kamroq. Gomologik qidiruvning amaliy jihatlari umuman qo'rqinchli emas. Ushbu turdagi tahlil uchun bir nechta dasturiy ta'minot dasturlari mavjud, ulardan eng mashhuri BLAST (Basic Local Alignment Search Tool Altschul) va boshqalar., 1990). Tahlil oddiygina DNK ma'lumotlar bazalaridan birining veb-saytiga kirish va ketma-ketlikni onlayn qidiruv vositasiga kiritish orqali amalga oshirilishi mumkin.

2.1.1-rasm. Gomologik tahlil.

Ikki ketma-ketlik o'rtasidagi homologiyaning yo'qligi ko'pincha aminokislotalar darajasida taqqoslashda aniqroq bo'ladi. Ikki nukleotid ketma-ketligi ko'rsatilgan, nukleotidlar qizil rangda berilgan ikkita ketma-ketlikda bir xil bo'lgan nukleotidlar va ko'k rangda berilgan.

Ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan genga ijobiy moslik yangi genning funktsiyasini aniq ko'rsatishi mumkin yoki moslikning oqibatlari yanada nozikroq bo'lishi mumkin. Xususan, evolyutsion aloqasi aniq bo'lmagan genlar bir-biriga o'xshash qisqa segmentlarga ega bo'lishi mumkin. Buning tushuntirishi ko'pincha, genlar bir-biriga bog'liq bo'lmasa-da, ularning oqsillari o'xshash funktsiyalarga ega va umumiy ketma-ketlik ushbu umumiy funktsiya uchun markaziy bo'lgan har bir protein ichidagi domenni kodlaydi. Genlarning o'zlarining umumiy ajdodlari bo'lmasa-da, domenlar bor, lekin ularning umumiy ajdodi juda qadim zamonlarda sodir bo'lganligi sababli, gomologik domenlar keyinchalik nafaqat bitta nukleotid o'zgarishi, balki o'z ichiga yangi genlarni yaratgan murakkabroq qayta tashkil etish natijasida ham rivojlangan. qaysi domenlar topilgan. Qiziqarli misol tudor domeni, taxminan 120-aminokislota motivi tomonidan taqdim etilgan bo'lib, u birinchi marta ketma-ketlikda aniqlangan. Drosophila melanogaster gen deb ataladi tudor (Ponting, 1997). tomonidan kodlangan protein tudor funktsiyasi noma'lum gen, birin-ketin tudor domenining o'n nusxasidan iborat. Sinov sifatida tudor domenidan foydalangan holda homologik qidiruv bir nechta ma'lum oqsillar ushbu domenni o'z ichiga olganligini ko'rsatdi. Ushbu oqsillarning ketma-ketligi bir-biriga juda o'xshash emas va ularning haqiqiy gomologlar ekanligi haqida hech qanday ma'lumot yo'q, ammo ularning barchasi tudor sohasiga ega. Bu oqsillar davomida RNK tashishda ishtirok etadigan oqsillarni o'z ichiga oladi Drosophila oogenez, RNK almashinuvida rol o'ynaydigan inson oqsili va boshqa faoliyatlari u yoki bu tarzda RNKni o'z ichiga olgan ko'rinadi. Shunday qilib, homologik tahlil shuni ko'rsatadiki, tudor ketma-ketligi oqsil va uning RNK substrati o'rtasidagi o'zaro ta'sirda ma'lum bir rol o'ynaydi. Kompyuter tahlilidan olingan ma'lumotlar o'z-o'zidan to'liq emas, lekin u tudor domenining funktsiyasi haqida aniqroq ma'lumotlarni olish uchun amalga oshirilishi kerak bo'lgan eksperiment turlariga yo'l beradi.