«биоинформатикага муқаддима»

 
Инсондаги зардоб албуминининг фазовий (учламчи) структураси 
 
Аммо аминокислота кетма –кетлиги фазовий структура хақида маълумот бермайди. 
Термодинамика нуқтаи назаридан, чўзилган чизиқли структура мақсадга мувофиқ эмас ва 
улар ҳар бир кетма –кетлик учук специфик бўлган тарзда ўзига хос фазовий структурани 
ҳосил қилади, уни икки хил физик усул ѐрдамида аниқласа бўлади – ренгеноструктур 
тахлил ва ядро магнит резонанси усули (ЯМР-спекроскопия). Ренгеноструктур анализ 
усули ѐрдамида бир неча минг оқсилларнинг структураси аниқланган, жумладан зардоб 
албумини ҳам. Расмда учламчи структура келтирилган бўлиб, унда иккиламчи 
структурани намойиш этувчи спирал участкалар кўринади.
Демак, структуравий геномиканинг асосий вазифаси тирик организмлардаги барча 
оқсилларни ажратиш, тозалаш, структураларини таҳлил этишдан иборат бўлиб, бунда 
икки ўлчамли электрофорез, масс-спектрометрия ва биоинформатика усулларидан 
фойдаланилади.

---

Оқсиллар биоинформатикаси. Катта миқдордаги турли–туман оқсилларнинг 
мажуд бўлиши уларни ўзига тегишли барча маълумотлар билан бирга сақлаш имконини 
берувчи маълумотлар базасини яралишига туртки бўлди. Интернет сайти орқали кўплаб 
умумий ва махсус маълумотлар базаларини топса бўлади. Умумий маълумот базаларида 
маълум бўлган барча оқсилларга доир маълумотлар сақланиб,уни бутун тирикликнинг 
глобал протеоми деб атаса ҳам бўлади. Бу каби маълумотлар базасига SwissProt-TrЕМBL 
(швейцария –германия)ни мисол қилиб келтириш мумкин, унда аналитик усуллар 
ѐрдамида анниқланган 200 000дан ортиқ ва яна 2 млн.га яқин нуклеин кислоталар 
трансляцияси ѐрдамида аниқланган оқсил кетма –кетликлари тўғрисида маълумотлар 
сақланади.
Глобал протеомда жойлашган молекулаларнинг асосий қисмини функционал 
фаолликнинг специфик спекторига эга бўлган, ўртача 50 та аминокислоталардан ташкил 
топган, у қадар йирик бўлмаган ҳаракатчан оқсиллар ташкил этади. Улар олигопептидлар 
ѐки шунчаки пептидлар деб номланади. Глобал пептидомлар учун EROP (Endogenous 
Regulatory Oligo Peptides (эндоген бошқарилувчи олигопептидлар) деб номланувчи маҳсус 
маълумотлар банки тузилган. Бугунги кунда ҳайвонот олами вакилларидан ажратиб 
олинган 6000 дан ортиқ олигопептидларнинг тахлили амалга оширилган. Нерв тизими 
бошқарилувида иштирок этувчи молекулалар нейропептидлар деб аталади. Организмда 
жадал амалга ошувчи жараѐнлар нерв тизими орқали амалга оширилади, шунинг учун ҳам 
пептид бошқарувчилар мобил ва шунга боғлиқ равишда кичик ўлчамли бўлиши керак. 
Бундай оқсиллар кўп миқдорда ва турли туман бўлишига қарамай улар учун алоҳида 
систематика тузилмаган. 
Шу тариқа мазкур холатда механизмларни тушуниш учун оқсилларнинг физик-
кимѐвий ва биологик хоссалари ҳақида ахборотларни жамлаш, бу маълумотларни тахлил 
этиш, каталоглаштириш ҳамда информацион база, хисоблаш воситаларини тайѐрлаш 
биоинформатиканинг вазифаси хисобланади.