«биоинформатикага муқаддима»

ДНК ни секвенирлашнинг Сенджер методи. 
ДНК ни ссеквенирлашнинг Сенджер методи ДНК синтезида занжирни узайтирувчи 
дезоксинуклеозид трифосфатлар билан биргаликда дидезоксинуклеозидтрифосфатлардан 
фойдаланишга асосланган. Бунда дидезоксинуклеозидтрифосфатлар таркибида ҳар иккала 
гидроксил гуруҳи бўлмаганлиги сабабли уларнинг занжирга бирикиши занжир синтезини 
тўхтатади.
Секвенирланаѐтган муҳитга кўп миқдордаги дезоксинуклеозидтрифосфатлар билан 
биргаликда жуда оз миқдорда дидезоксирибонуклеозидтрифосфатлардан бири қўшилади. 
Шунингдек, бизга энг аввало секвенирланиши лозим бўлган ДНК фрагменти керак 
бўлади. Керакли фрагмент юқорида келтирилган ПЗР методи ѐрдамида кўпайтириб 
олинади. Одатда 40-50 циклдан иборат ПЗР да ДНК фрагментининг бир неча триллион 
нусхаси олинади. Олинган нусха пробиркага жойлаштирилади. Ушбу пробиркага 
шунингдек, юқорида айтиб ўтилганидек кўп миқдордаги дезоксинуклеозидтрифосфатлар 
билан биргаликда жуда оз миқдорда дидезоксирибонуклеозидтрифосфатлар, ДНК 
полимераза, олигонуклеотид праймерлар қўшилади. 
ДНКнинг комплементар занжири синтези вақтида занжирга тасодифан 
дидезоксирибонуклеозидтрифосфатларнинг турли комбинацияларда бирикиши нат 
ижасида ҳар хил узунликдаги ДНК фрагментлари ҳосил бўлади. 
Худди шу каби реакциялар ҳар бир дезоксинуклеозидтрифосфат учун олиб 
борилади. Олиган фрагментларни улар таркибидаги флуоресценцияланувчи пример 
эвазига гел электрофорезида осон ажратиш мумкин.

---

Бугунги кунда ушбу Сенджер томонидан яратилган метод автоматлаштирилган 
бўлиб, марча амалиѐтлар компъютерда бажарилади. 
Автоматлаштирилган ДНКни секвенирлаш натижалари 
 

---

Протеомиканинг асосий тушунчалари 
Протеомика яқин йилларда пайдо бўлган ѐш фанлардан бири ҳисобланади. ХХ 
асрнинг иккинчи ярмида биокимѐ, молекуляр биология ва хисоблаш техникаси жадал 
суръатлар билан ривожланди. Шунга боғлиқ равишда ДНК тахлили билан боғлиқ фанлар 
ҳам ривожланган, айнан мана шу даврда 2 та янги биология фанлари вужудга келди: 1987 
йилда илмий нашрда ―геномика‖ атамаси илк бор қўлланилган бўлса, 1993 йилда эса 
―биоинформатика‖ атамаси пайдо бўлган.
Хар бир биологик турда геномнинг бир қисми аминокислоталар кетма –кетлигини 
кодловчи ген сохаларидан иборат бўлади. Бир қарашда, бутун геном ва генетик код 
ҳақида билимга эга бўлиб, трансляция йўли билан оқсил структураси хақида барча 
маълумотларга эга бўлса бўлади. Аммо барчаси у қадар оддий эмас. Организмнинг 
ҳужайра тизмлари тадқиқ этилганда мРНК тўплами билан оқсиллар ўртасида 
корреляциянинг йўқлиги маълум бўлган. Бундан ташқари нуклеотид кетма –кетлигига мос 
равишда рибасомаларда синтезланган кўплаб оқсиллар синтездан сўнг кўплаб кимѐвий 
модификацияларга дучор бўлади ва организмда ҳам ўзгарган ҳам ўзгармаган ҳолатда 
мавжуд бўлиши мумкин. Оқсиллар турли фазовий структураларга эга бўлиб, нуклеин 
кислота ѐки аминокислота кетма –кетлиги ѐрдамида бу жарараѐнни аниқлашнинг иложи 
йўқ. Шунинг учун, барча функционал оқсилларни тўғридан тўғри ажратиб олиб уларнинг 
структурасини аниқлаш ҳозирги кунда ҳам долзарб вазифалардан ҳисобланади (ҳозирда 
инсондаги оқсилларнинг таҳминан 10% тўлиқ ўрганилган). Шу тариқа геномикага 
қўшимча равишда ―протеомика‖ атамаси пайдо бўлган. Илмий нашрда протеомика 
атамаси 1995 йилдан бошлаб пайдо бўла бошлаган.  
Организмнинг ҳаѐт фаолиятида олигопептид ѐки шунчаки пептидлар деб 
номланувчи кичик молекулали оқсил табиатига эга бўлган ферментлар мухим ўрин 
эгаллайди. Сўнги пайтларда протеоме ва протеомика терминлари билан бир қаторда 
―пептидомика‖ атамаси ҳам пайдо бўлмоқда.
Демак, янги пайдо бўлган фанларнинг ўзоро боғлиқлигини қуйидагича кўриш 
мумкин.