«биоинформатикага муқаддима»

melanogaster) беллашуви ўтказилади. Ушбу солиштирма таҳлил натижаларига асосланган 
ҳолда генлар қидируви ва исталган органисм геномини структур –функсионал 
аннотацияси учун мезонлар бўйича нисбатан сезгирлиги юқори ва специфик бўлган 
дастурлар ишлаб чиқарилган. 
Визуаллаштириш воситаларидан бири - Drosophila melanogaster геномининг тавсифи 
бўлиб, маълумотларни хромасома бир елкасидан бошлаб олиш мумкин бўлади. Аввал 
бирор бир хромасома танланади, сўнгра уни локусларини янада аниқлаштириш орқали 
шароит ѐки бирор бир ген тузилишини ўрганиш мумкин бўлади. Шу билан бир қаторда 
БАC-векторда клонлаштирилган алоҳида кетма –кетликларни кўриб чиқиш орқали контиг 
(яъни узунлиги бутун хромасома узунлигига тенг бўлган, қайта тикланган нуклеотид 
кетма -кетлиги) қандай йўл билан хосил қилинганлигини кузатиш ва қайта тиклаш 
сифатига ишонч ҳосил қилиш мумкин бўлади.
Геном структур компонентларини визуаллаштириш воситаларидан бири – FlyBase 
Genome Browser (
http://www.fruitfly.оrg/sgi-bin/annot/browse
). У интерактив ҳолатда 
қандайдир бир геннинг тузилиши, БАC-клонларни, транспозон элементларини 
жойлашиши ўрганиш имконини беради. Қоидага кўра бундай визуаллаштиргичлар 
тадқиқотнинг талаби ва чиқарилаѐтган график ахборотларнинг вазиятга боғлиқ равишда 
мосланишига кўра геном элементлари менюси билан таъминланади. Бугунги кунда бу 
каби менюлар исталган геном маълумотлар базаси учун асосий қисм ҳисобланмоқда.
Энди бошқа модел организмларга бағишланган геном маълумотлар базасига 
тўхталамиз. WormBase – Cаеnorhabditis elegans нематодаси (тўгарак чувалчанг) генлари 
структура ва функсиясига доир интеграцияланган маълумотлар базаси (реез://www. 
wоrmbase.org). Ушбу организм яқин йилларда генетик объект организмлар қаторига 
қўшилган бўлсада, тузилишининг соддалиги ва ривожланишининг ўзига ҳослиги уни 
етакчи тадқиқот объектлари қаторига олиб чиқди. Гап шундаки, нематодаларнинг 
ривожланиши аниқ детерминацияланган, яъни биринчи кундан бошлаб хар бир 
ҳужайранинг тақдири аниқ белгилаб қўйилган ва бўлиниш миқдори ҳамда хар бир 
органдаги ҳужайраларнинг миқдори чегараланган -1000 тадан сал ортиқ. Нематоданинг 
бундай тузилиши уни молекуляр механизмлари, айниқса ҳужайралараро таъсирланишлар 
ва сигнал йўлларини осон аниқлаш имконини беради.
WormBase маълумотлар базасида махсус саволларни ўрганиш имконини берувчи 
маълумотларнинг пробазалари ѐки йўлдош базаларига йўналтиргичларни ҳам кўришимиз 
мумкин бўлади. Барча базалар бўйича содда ва мураккаб қидирувни амалга оширувчи 
воситлар бор. 
Cаеnorhabditis elegans геноми структур компонентлари хосил қилувчиларни кўриб 
чиқамиз. Қандайдир бир гени ва қўшни генларнинг тузилиши ѐки 3ъ- ген сохаларини 
ажратиб олиш мумкин. Барча расмлар интерактив ҳисобланганлиги учун таъминланган 
йўналтиргичлар бўйича танланган объектни тавсифловчи сахифага ўтиши мумкин бўлади.
Юксак тузилган умуртқасиз ҳайвонларга доир маълумотлар базаси шархини 
якунлаш учун икки қанотлилар (Диптера) геномига алоқадор информацион ресурслар 
билан танишиб чиқайлик. Яшаш жойи нуқтаи назаридан кўплб икки қанотлилар: пашша 
ва чивинлар катта тиббий ахамиятга эга. Ҳусусан бу ҳашоротлар фақатгина қон 
сўрибгина қолмасдан, кўплаб ҳавфли касалликларни ҳам қўзғатувчилари саналади. 
Биргина безгак касаллиги билан чорак миллиард ер ахолиси касалланган. Шу сабабли, 
иккинчи бўлиб геноми таҳлил қилинган икки қанотли органисм- Африкада безгак 
касаллигини қўзғатувчи Anopheles gamibiae бўлган. Mosquito Genomes эса бир қатор 
мухим ахамиятга эга бўлган ташувчиларнинг геном проектлари, тиббий-генетик маълумот 
базалари ва хоказолар учун йўналтиргичларни ўзида жамлаган интернет ресурси 
ҳисобланади. Шундан келиб чиққан ҳолда безгак касаллигини ташувчи Алвеолата типига 
кирувчи бир ҳужайрали содда организм Plasmodium falsiparum геноми ҳам 2000 йилда 
тўлиқ секвенирланган.

---

AnoBase-маълумотлар базаси Anopheles gamibiaeга доир геном ва биологик 
ахборотларни сақлайди. Бу маълумотлар базасида ҳам генетиc ҳарита, бирламчи кетма –
кетликлар, ген кўрсаткичи кабиларга йўналтиргичлар жойлашган.
Ўсимлик геномига бағишланган маълумот базалари билан ҳам танишиб чиқайлик. 
Arabidopsis thaliana крестгулдошлар оиласига кирувчи бу ўсимлик ҳеч қандай қишлоқ 
ҳўжалик ахамиятига эга эмас. Лекин ўсимлик организмлари ривожланишининг генетик 
механизмлари ва тўқима ва органларнинг бажарадиган вазифаси, айниқса гуллаш 
тоғрисидаги дастлабки тасаввурлар айнан шу осимлик ѐрдамида пайдо бўлган.
Ушбу ўсимлик геномининг секвенирланиши 2000 йилда Arabidopsis thaliana 
геномининг секвенирланиши ва аннотацияси бўйича халқаро лойиха - Arabidopsis Genome 
Initiative қошида амалга оширилган. Маълумотлар базаси ѐки ТАIR (Тhe Arabidopsis 
Information Resource) ген йўналтиргичи ѐрдамида ушбу ўсимлик ҳақида тўлиқ маълумотга 
эга бўлиш мумкин бўлади. 
Қишлоқ ҳўжалиги ахамиятига эга бўлган кўплаб ўсимлик организмлари йирик 
агротехник фирмаларнинг куч ва воситалари ѐрдамида геном кетма –кетлиги таҳлилига 
жалб этилмоқда. Бу каби ўсимликлар қаторига гуруч – Оryza sativa, беда – Medicago 
truncatula, буғдой – Triticum aestivum, арпа – Hordeum vulgare, соя – Glysine max, 
маккажоҳори- Zea maysларни киритиш мумкин. 
Эътиборимизни хордали яъни умуртқали ҳайвонлар геномига бағишланган ахборот 
ресурсларига қаратайлик. Дастлаб содда тузилган хордали ҳайвонлар геном кетма –
кетлиги таҳлил этила бошлаган. Масалан, Siona intestinalis асцидияси ва игнатанали 
денгиз типратикани каби организмлар генетик тадқиқотларда кенг қўлланиб келинади.
Содда тузилган умуртқали организмлар орасида аквариум балиғи – Danio rerioнинг 
геноми таҳлил этилган. Таҳлил натижалари ва геннинг вазифалари тўғрисидаги маълумот 
эса ZFIN (Тhe Zebrafish Information network) маълумотлар базасида жамланган.
Енди юксак тузилган организмлардан сут эмизувчилар синфига кирувчи уй сичқони 
– Mus Musculus геном ресурслари билан танишиб чиқайлик. Уй сичқонининг геном 
таҳлилини қоралама вариант 2002 йилда тайѐр бўлган эди.
Бу организм кўп вақтдан бери молекуляр ва умумий генетика, тиббиѐт генетикаси ва 
айниқса инсон билан боғлиқ бўлган ходисаларни тадқиқ этишда модел организм сифатида 
қўлланиб келади. Бундан ташқари сичқон озиқ –овқат, парфюмерия, фармакологик
воситаларини синаб кўричда ҳам стандарт объект саналади. 
Уй сичқонининг генетика, геномика ва биологияси ҳақида ахборотга Mouse Genome 
Informatics (МGI) орқали эга бўлиш мумкин.