«биоинформатикага муқаддима»

 

---

Биологик маълумотларни қайта ишлаш воситалари 
Биологик маълумотларни қайта ишловчи воситалар хазинаси етарлича. Бу ерга 
нуклеотид ва аминокислота кетма –кетликларини солиштирувчи, жуфт ва кўплаб 
тенглаштирувчи дастурлар, оқсилларнинг иккиламчи ва учламчи структураларини тахмин 
қилувчи ва яна бошқа кўплаб дастурларни киритиш мумкин.
Комерцион 
маълумот 
базаларидан 
энг 
сифатлилари 
фойдаланувчиларга 
маълумотларни тўлиқ қайта ишлаш имконини берувчи воситалар тармоғини (ГCГ, 
ДНАС1С ва бошқалар.) таклиф этиб, йирик биологиc марказлар ва лабораторияларда 
қайсидир даражада қўлланиб келинади, бундай дастурий воситаларни нархи таҳминан бир 
неча минг долларни ташкил этади.
Биоинформатикада кўплаб масалаларни ҳал этишда бепул дастурий воситалар ҳам 
мавжуд бўлиб, уларни интернет тармоғи олиб юклаб олиб, локал компютерга 
жойлаштириш мумкин. Биологик маълумотларни интенсиф ва узлуксиз равишда қайта 
ишлаганда эса тармоқга боғлиқ бўлмаган дастурларни ўрнатиш мақсадга мувофиқ 
хисобланади. Биологлар учун олиш мумкин бўлган дастурий воситалар ҳақидаги 
ахборотни BioCatalog (EBI) орқали топиш мумкин.
Маълумотларни қайта ишлашда он-лине воситалар алоҳида этиборга молик 
хисобланиб, улар бирор ишни амалга ошириш учун қўшимча дастур юклаш ишларини 
талаб қилмайди. Шунинг учун қадар мураккаб бўлмаган масалаларни хал этувчи биологик 
лабораториялар учун масаларни хал этишда интернет тармоғининг мавжудлигининг ўзи 
кифоядир. 
Геноми тўлиқ таҳлил этилган турлар. Бу мавзуда тирик организмлар геном 
тадқиқотларини бирлаштирувчи интернет ресурслари хақида сўз юритилади. Геноми 
таҳлил этилган биринчи эукариот организмлар ҳамиртуруш ачитқиси Sacharamyces 
sereviciae (1996) ва юмалоқ чувалчанг Cаеnorhabditis elegans (1998) бўлган. 2000 йилда 
Drosophila 
melanogaster 
мева пашшаси тўлиқ таҳлил этилган ва FlyBase 
(http
://flybase.bio.indiana.edu/
) маълумотлар базаси шу пашша геномининг структур –
функсионал ахборотлари ва фенотипига бағишланган. Бу дрозофила пашшасининг 
биринчи мураккаб тузилган кўп ҳужайрали органисм ва генетиканинг классик объекти 
бўлганлиги билан алоқадор. Шу билан бир қаторда айнан дрозофиланинг алоҳида 
генлари, ген гуруҳлари, хромасома тузилиши ва вазифаларни амалга ошириши бўйича 
катта миқдорда маълумотлар тўпланган. Юқоридагиларга асосланган ҳолда айнан
ФлйБасе геном маълумотлар тизим шаклланишида намуна этиб олинган. Бирор геном 
ҳақида сўз юритилганда унинг тўлиқ номини аташ жоиз эканлигини ҳам унутмаслик 
керак. Мисол учун дрозофиланинг ―меланогастер‖ туридан ташқари Drosophila 
pseudoobssura турнинг ҳам геном кетма –кетлиги тўлиқ секвенирланган.
ФлйБасе маълумотлар базасиниг асосий ойнаси орқали алоҳида генлар тавсифига 
бағишланган бўлимга ўтиб, ушбу генларнинг геномда жойлашган ўрни, структураси, 
турли аллелларнинг фенотипда намоѐн бўлиши ҳақида маълумотга эга бўлса бўлади. Ҳар 
бир ген варақасида ўша генга доир бўлган нуклеотид кетма –кетликлари бўйича 
маълумотлар базадига йўналтиргичлар жамланган. Бундан ташқари ўша варақаларга мос 
келувчи аминокислота кетма –кетликлари маълумотлар базасига, пашша ривожланиш 
босқичлари, ташқи ва ички тузилишига доир расмларга, генларнинг хромасомада 
жойлашган ўрни тўғрисида тушунча хосил қилиш имконини берувчи график иловаларга 
ва яна бир қатор бошқа каталогларга ҳам йўналтиргичлар бор.
Drosophila melanogaster геномининг секвенирланиши ва аннотацияланишига 
бағишланган лойиха сайтини билан тўлиқроқ танишиб чиқамиз Яқин йилларгача ушбу 
лойиха геном кетма –кетлигини тахлил этувчи ва ушбу тахлил натижаларини 
визуаллаштирувчи дастурларни ишлаб чиқиш бўйиша этакчи ҳисобланар эди. 1999 йилда 
ушбу лойиханинг ташаббуси билан кетма –кетлиги ўрганилмаган геномларни тахлил 
этиш, яъни уларнинг аннотацияси, аниқланган оқсил кетма –кетликлари бўйича ўҳшаш 
томонларини намоѐн этувчи усулларини ишлаб чиқариш билан шуғулланувчи 12 дан 

---

ортиқ тадқиқот гурухлари ўртасида ГАСП (Геноме Аннотатион Ассессмент ин Drosophila