Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

Strukturaviy superpozitsiya
Protein tuzilmalari orasidagi eng asosiy taqqoslash kirish tuzilmalarini tekislashga urinmaydi va ketma-ketlikdagi qoldiqlarning qaysi biri RMSD hisob-kitobida ko'rib chiqilishini aniqlash uchun kirish sifatida oldindan hisoblab chiqilgan tekislashni talab qiladi. Strukturaviy superpozitsiya odatda bir xil oqsilning bir nechta konformatsiyasini taqqoslash uchun ishlatiladi (bu holda hech qanday tekislash kerak emas, chunki ketma-ketliklar bir xil) va tuzilishlari ma'lum bo'lgan ikki yoki undan ortiq ketma-ketliklar orasidagi ketma-ketlik ma'lumotlari yordamida hosil qilingan tekislash sifatini baholash uchun odatda foydalaniladi. . Ushbu usul an'anaviy ravishda eng kichik kvadratlarni o'rnatish algoritmidan foydalanadi, bunda eng yaxshi aylanishlar va tarjimalar superpozitsiyadagi barcha tuzilmalar orasidagi kvadrat masofalarning yig'indisini minimallashtirish orqali topiladi.^[7] Yaqinda maksimal ehtimollik va Bayes uslublari superpozitsiya uchun taxminiy aylanishlar, tarjimalar va kovaryans matritsalarining aniqligini sezilarli darajada oshirdi.^[8][9]
Ko'p o'lchovli aylanishlarga asoslangan va o'zgartirilgan algoritmlar kvaternionlar oldindan belgilangan hizalamaya ehtiyoj sezmasdan oqsil tuzilmalari orasidagi topologik munosabatlarni aniqlash uchun ishlab chiqilgan. Bunday algoritmlar kabi kanonik burmalarni muvaffaqiyatli aniqladilar to'rt spiral to'plami.^[10] The SuperPose usuli nisbatan domen aylanishi va boshqa tuzilishdagi tuzoqlarni tuzatish uchun etarlicha kengaytirilgan.^[11]
O'xshashlikni baholash
Ko'pincha strukturaviy superpozitsiyani izlashdan maqsad shunchaki superpozitsiyaning o'zi emas, balki ikkita strukturaning o'xshashligini baholash yoki uzoqdan moslashtirishga bo'lgan ishonchdir.^[1][2][3] Maksimal strukturaviy superpozitsiyadan nozik, ammo muhim farq - bu hizalanishni mazmunli o'xshashlik darajasiga o'tkazish.^[12][13] Aksariyat usullar superpozitsiyaning sifatini ko'rsatadigan qandaydir "ball" ni chiqaradi.^{[5] [14] [15][12][13]} Biroq, aslida nima istaydi emas shunchaki taxmin qilingan "Z-ball" yoki an taxmin qilingan Kuzatilgan superpozitsiyani tasodifan ko'rishning elektron qiymati, ammo buning o'rniga, kimdir buni xohlaydi taxmin qilingan Elektron qiymat haqiqiy E qiymat bilan chambarchas bog'liqdir. Tanqidiy jihatdan, hatto usulning taxminiy E qiymati aniq bo'lsa ham o'rtacha, agar u taxminiy qiymat yaratish jarayonida past standart og'ish bo'lmasa, u holda taqqoslash to'plamiga so'rovlar oqsilining nisbiy o'xshashliklarini tartib tartibida "haqiqiy" buyurtma bilan kamdan-kam rozi bo'ladi.^[12][13]
Turli xil usullar turli xil miqdordagi qoldiqlarni joylashtiradi, chunki ular har xil sifat kafolatlari va "bir-biriga o'xshash" ning turli xil ta'riflaridan foydalanadilar; ba'zilari faqat bir nechta mahalliy va global superpozitsiya mezonlariga javob beradigan qoldiqlarni o'z ichiga oladi, boshqalari esa ochko'zroq, moslashuvchan va buzuqroqdir. Ko'p sonli atomlarning o'xshashligi ko'proq o'xshashlikni anglatishi mumkin, ammo u har doim ham superpozitsiyaning yoqimsizligini miqdoriy jihatdan aniqlaydigan eng yaxshi E qiymatini keltira olmaydi va shuning uchun o'xshashlikni, ayniqsa, uzoqdagi gomologlarda baholash uchun unchalik foydali bo'lmaydi.^[1][2][3][4]