Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

Algoritmik murakkablik
Advertisement
Optimal echim
Optimal "iplar"ma'lum bir tuzilishga oqsillar ketma-ketligi va optimal ketma-ketlikni tenglashtirish ishlab chiqarilishi ko'rsatilgan To'liq emas.^[16][17] Biroq, bu strukturani moslashtirish muammosi NP-ni to'ldirganligini anglatmaydi. Qisqacha aytganda, oqsil tuzilishini moslashtirish muammosining optimal echimi faqat ma'lum protein tuzilishi o'xshashligi o'lchovlari, masalan, oqsil tuzilishini taxmin qilish tajribalarida qo'llaniladigan o'lchovlar, GDT_TS^[5] va MaxSub.^[14] Ushbu chora-tadbirlar oldindan belgilangan masofa kesilishi ostida joylashtirilishi mumkin bo'lgan ikkita oqsil tarkibidagi atomlarning sonini ko'paytirishga qodir algoritm yordamida qat'iy ravishda optimallashtirilishi mumkin.^[15] Afsuski, optimal echim algoritmi amaliy emas, chunki uning ishlash muddati nafaqat uzunliklarga, balki kirish oqsillarining ichki geometriyasiga ham bog'liq.
Taxminan echim
Taxminan polinom-vaqt berilgan skorlama funktsiyasi uchun taxminiy parametr ichida "maqbul" echimlar oilasini ishlab chiqaradigan tizimli moslashtirish algoritmlari ishlab chiqilgan.^[15][18] Ushbu algoritmlar nazariy jihatdan oqsillar tuzilishini taqqoslash muammosini "traktable" deb tasniflagan bo'lsa-da, ular hali ham katta miqdordagi oqsil strukturasini tahlil qilish uchun juda qimmat. Natijada, skorlama funktsiyasini hisobga olgan holda, tekislashning global echimlariga yaqinlashadigan amaliy algoritmlar mavjud emas. Shuning uchun ko'pgina algoritmlar evristikdir, ammo hech bo'lmaganda skorlama funktsiyalarining mahalliy maksimallashtiruvchilariga yaqinlashishni kafolatlaydigan va amaliy bo'lgan algoritmlar ishlab chiqilgan.^[19]
Tuzilmalarni namoyish etish
 
Protein tuzilmalari ularni taqqoslash uchun ba'zi koordinatalardan mustaqil maydonda namoyish etilishi kerak. Bunga, odatda, qat'iy koordinatalar maydoniga nisbatan mutlaq masofalar o'rniga, taqqoslash ko'rsatkichlarini qamrab oladigan ketma-ketlik matritsasi yoki matritsalar qatorini yaratish orqali erishiladi. Intuitiv vakillik bu masofa matritsasi, bu ikki o'lchovli matritsa har bir strukturadagi ba'zi bir atomlar to'plami orasidagi barcha juftlik masofalarini o'z ichiga olgan (masalan alfa uglerodlar). Matritsa bir vaqtning o'zida hizalanadigan tuzilmalar sonining ko'payishi bilan o'lchovni oshiradi. Proteinni qo'pol metrikaga kamaytirish ikkilamchi tuzilish elementlar (SSE) yoki tarkibiy qismlar, tashlab yuborilgan masofalardagi ma'lumotlarning yo'qolishiga qaramay, oqilona moslashtirishlarni hosil qilishi mumkin. shovqin ham tashlanadi.^[20] Hisoblashni osonlashtirish uchun vakolatxonani tanlash samarali hizalama mexanizmini ishlab chiqish uchun juda muhimdir.