Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

RNKning tuzilishi
 
Strukturaviy tekislash texnikasi an'anaviy ravishda faqat asosiy biologik sifatida oqsillarga qo'llanilgan makromolekulalar xarakterli uch o'lchovli tuzilmalarni o'z ichiga oladi. Biroq, katta RNK molekulalar ham xarakterli uchinchi darajani hosil qiladi tuzilmalar, vositachilik asosan ular tomonidan amalga oshiriladi vodorod aloqalari o'rtasida hosil bo'lgan tayanch juftliklari shu qatorda; shu bilan birga tayanch stacking. Funktsional jihatdan o'xshash kodlashsiz RNK molekulalarni ajratib olish ayniqsa qiyin bo'lishi mumkin genomika Ma'lumotlar, chunki struktura RNK va oqsillardagi ketma-ketlikka qaraganda ancha kuchli saqlanadi,^[40] va RNKning cheklangan alifbosi kamayadi axborot tarkibi har qanday berilgan nukleotid har qanday holatda.
Biroq, RNK tuzilmalariga qiziqish ortib borayotganligi va eksperimental tarzda aniqlangan 3D RNK tuzilmalari sonining ko'payishi sababli, so'nggi paytlarda ozgina RNK strukturasiga o'xshashlik usullari ishlab chiqilgan. Ushbu usullardan biri, masalan, SETTER^[41] har bir RNK strukturasini umumiy ikkilamchi tuzilish birliklari (GSSU) deb nomlanadigan kichik qismlarga ajratadigan. Keyinchalik GSSUlar hizalanadi va bu qisman tekislashlar RNK tuzilmasining yakuniy hizalanmasiga birlashtiriladi va ball olinadi. Usul joriy etilgan SETTER veb-server.^[42]
Yaqinda RNK ketma-ketligini past ketma-ketlik identifikatsiyasiga ega bo'lgan juft tuzilishga moslashtirish usuli chop etildi va dasturda tatbiq etildi FOLDALIGN.^[43] Biroq, bu usul oqsilni strukturaviy tekislash texnikasiga chindan ham o'xshash emas, chunki u RNK kirish sekanslari tuzilmalarini kiritish sifatida eksperimental ravishda aniqlangan tuzilmalarni talab qilish o'rniga hisoblashda bashorat qiladi. Hisoblashni bashorat qilishiga qaramay oqsilni katlama jarayon hozirgi kungacha ayniqsa muvaffaqiyatli bo'lmagan, RNK tuzilmalari pseudoknots yordamida ko'pincha oqilona taxmin qilish mumkin erkin energiya- bazaviy juftlik va stakalashni hisobga oladigan skorlash usullariga asoslangan.^[44]