Оқсилларнинг иккиламчи структураси – аминокислоталар қолдиқларидан тузилган занжирлар водород боғлари орқали боғланиб, кай тарзда фазовий структураларни (ҳалқа, барг, сфероидлар) ҳосил қилиши билан белгиланади. Полипептид занжирининг альфа-спираль (12-расм) ёки β-структурани ҳосил қилишига оқсилларнинг иккиламчи структураси дейилади. Полипетид занжирининг ҳамма қисми бир хилда спиралланган бўлмай оз қисми тўғри аморф ҳолда бўлиши мумкин. Оқсилларнинг иккиламчи структураси полипептид молекуласининг фазодаги конфигурациясини (жойлашувини) белгилайди. Оқсилларнинг учламчи структураси – полипептид занжирининг фазовий тузилиши билан белгиланади. Бу структуранинг барқарор бўлишида водород боғлардан ташқари ковалент ва ион боғлар, гидрофоб ўзаро таъсирлар ҳам иштирок этади. Оқсилларнинг учламчи структураси - спираль кўринишидаги полипептид занжирининг фазода глобуляр (шарсимон) ёки фибрилляр (ипсимон) структура ҳосил қилиши билан белгиланади.
Оқсилларнинг тўртламчи структураси – бир нечта полипептид занжирларининг бир-бирига нисбатан ўзаро жойлашиши билан белгиланади.
Тўртламчи структура икки ёки ундан ортиқ, бир-биридан мустақил равишда синтезланган полипептид занжирларининг ўзаро ориентациясини тасвирлайди.
Гидрофоб хроматография
Oqsillarni va xromatografik matritsaning gidrofobik ta'siridan oqsillarni tozalash uchun foydalanish mumkin. Gidrofob ta'sirida xromatografiyada matritsa moddasi hidrofob guruhlari bilan ozgina almashtiriladi. Ushbu guruhlar metil, etil, propil, oktil yoki fenil guruhlaridan iborat bo'lishi mumkin.[18] Tuzning yuqori konsentratsiyasida, sirtdagi polar bo'lmagan yon zanjirlar, gidrofob guruhlar bilan "o'zaro ta'sir qiladi"; ya'ni har ikki turdagi guruhlar qutbli erituvchi tomonidan chiqarib tashlanadi (gidrofob ta'sirlar ion kuchining ortishi bilan kuchayadi). Shunday qilib, namuna yuqori kutuplulu buferda ustunga qo'llaniladi. Elyant odatda tuz konsentratsiyasining pasayishi, detarjan konsentratsiyasining ortishi (gidrofobik o'zaro ta'sirni buzadigan) yoki pH o'zgarishi bilan suvli buferdir. Umuman olganda, hidrofobik o'zaro ta'sir kromatografiyasi (HIC), agar namuna pH o'zgarishiga sezgir bo'lsa yoki odatda boshqa xromatografiya turlarida ishlatiladigan qattiq erituvchilarga ega bo'lsa, lekin tuz konsentratsiyasi yuqori bo'lmasa foydali bo'ladi. Odatda, bu tampon tarkibidagi tuz miqdori har xil bo'ladi. 2012 yilda Myuller va Franzreb to'rt xil hidrofobik qatronlar bilan sigir sarum albumin (BSA) yordamida haroratning HICga ta'sirini tasvirlab berishdi. Tadqiqot BSA ning matritsaga bog'lanish yaqinligini ta'sir qiladigan haroratni o'zgartirdi. 50 dan 10 darajagacha bo'lgan velosiped harorati matritsadan barcha BSAlarni samarali yuvish uchun etarli bo'lmaydi, ammo ustun faqat bir necha marta ishlatilsa juda samarali bo'lishi mumkin degan xulosaga kelishdi.[19] O'zgarishlarni amalga oshirish uchun haroratni ishlatish laboratoriyalarga tuz sotib olish xarajatlarini kamaytirishga imkon beradi va pulni tejaydi. Agar haroratning o'zgarishi bilan birga tuzning yuqori konsentratsiyasidan saqlanishni istasangiz, uni tanlash uchun ko'proq hidrofobikadan foydalanishingiz mumkin. [manba] HICning bu tuzdan mustaqil usuli deb ataladigan narsa qon zardobidan inson immunoglobulin G (IgG) ning to'g'ridan-to'g'ri izolatsiyasini qoniqarli rentabellikga ega va IgG ni matritsadan siqib chiqarish uchun raqib sifatida Beta-siklodekstrindan foydalangan.[20] Bu HICni tuzga sezgir bo'lgan namunalar bilan ishlatish imkoniyatini ochadi, chunki biz bilamizki, tuzning yuqori konsentratsiyasi oqsillarni cho'ktiradi.