Ёпиштирилган қатламли пластинкаларни тайёрлаш. Одатда пластинкаларга махсус мослама - қўлда тайёрланган апликатар ёрдамида юпқа қатламли пластинкалар тайёрланади. Лекин сифати ва ажратиш хусусияти билан, қатлами бир текислиги билан Rf - ўлчамига таъсири бўйича турли пластинкалардан фойдаланиланиш мумкин. Қўлда тайёрланадиган пластинкалар содда, қулай ва ҳеч қандай ортиқча сарф-харажатларни талаб қилмайди. Шунинг учун кўп холларда пластинкалар одатда қўлда тайёрланади.
Намуналарни хроматографик пластинкага томизиш. Бунинг учун миқдор таҳлили билан боғлиқ таҳлилларда, одатда калибровка қилинган микропипеткалардан фойдаланилади. Сифат таҳлили олиб борилаётганда, намуналарни капилляр найча ёрдамида томизилади, намуналарни шунингдек, шпател ёки скалпел билан томизиш мумкин. Шпател учида тажриба орқали йиғилган модда бўлиб, унинг ёнига эритувчининг томчиси оғизилиб, сўнг шпател қиялаштирилиб модда билан аралаштирилади. Модда эриб, эритма ҳосил бўлади ва уни хроматограмманинг старт чизиғига томизилади. Шундай усул билан майдаланган таблеткаларни хроматограммага томизилади.
Намунани бир нуқтага томизмасликка харакат қилиш керак, чунки бунда реагент пуркаб хроматограмма кўрилганда модда узун чизиқли доғ шаклида бўлади. Аралашма компонентлари ушбу холатда ажратилмаслиги мумкин. Ёпиштирилган қатламда стартдаги доғнинг диаметри 3-4 ммдан ошмаслиги керак, ёпиштирилмаган қатламда эса 6-8 мм. Моддалар эритмасини узун чизиқ шаклида томизилса яхши натижалар олинади. Бу чизиқлар 1 дан 4 смгача узунликда иложи борича ингичка бўлиши керак.
Хроматография қилиш Тўғри келадиган эритувчилар системасини танлаш унча қийин эмас.Юпқа қатламли хроматографияни афзалликларидан бири эритувчилар системасини қутблигини ўзгартириб моддани яхши ажратиш зонасига йўналтириш мумкин.
Зарур системани олдиндан тайёрлаш учун Штал усули қўлланади. Бу усул бўйича пластинканинг старт чизиўига бир неча нуқтага аралашмадан томизилади. Сўнг бу нуқталарга пипетка ердамида хар- хил эритувчилар системасидан томизилади. Ушбу усул билан қилинган кичик айланма хроматограммалар қайси система қандай натижа беришини яққол кўрсатади. Системани аниқлашнинг яъна бошқа усули бўйича узун шиша найчага сорбент қатлами солиб, сўнг унга моддалар аралашмаси томизилади ва пробиркада кўрилади.
Хона хароратининг ўзгариши натижаларига деярли таъсир қилмайди. Rf - ўлчамининг ўзгариши асосан харорат ошиши билан ва хонанинг нисбий намлиги ўзгармаганда юз беради. Хроматографик жараённинг фақат оғзи махкам ёпиладаган дуч келган идишда ўтказиш мумкин. Камера герметик ёпилиши керак, чунки эритувчилар буЎланиб кетиши керак эмас.
Акс холда хроматография жараёни бузилади. Аксинча кўп компонентли системаларнинг таркиби ўзгаради. Амалда кичик хажмдаги камералар қулайдир.
Хроматография қилишдан олдин камерани эритувчилар системасига тўйинтириш тавсия этилади. Тўйинтирилган камераларни қўллаш "четлаш" эффектини олдини олиши, ёки Rf - қийматининг ўлчамини хроматограмманинг ўртасида ва чеккасида ҳам бир хил бўлишини таъминлайди.
Юпқа қатламли хроматограммада эритувчилар системасини кўпинча юқорига қаратиб ҳаракатлантирилади. Кўп компонентли системалар билан ишланганда хроматография қилаётганда системанинг таркиби ўзгаради. Шу сабабли хар гал янги система тайёрлаш керак. Гемоген азеотроп аралашмалар системасидан фойдаланганда таркибда ўзгариши юз бермайди ва шу сабабли унда ўнтагача хроматограмма олиш мумкин.