Ижро этувчи ҳокимият – Вазирлар Маҳкамаси Istiqlol yillarida davlat boshqaruv hokimiyati tubdan isloh qilindi. Avvalo, sobiq Ittifoq davrida faoliyat yuritib kelgan O‘zbekiston davlat hokimiyatining ijro qiluvchi va boshqaruvchi oliy organi – Ministrlar Sovetining maqomi tubdan o‘zgartirildi. 1990 yil 24 martda O‘zbekistonda prezidentlik lavozimi ta’sis etilgandan keyin hayotning o‘zi ijro etuvchi hokimiyat maqomini o‘zgartirishni talab qildi. 1990 yil 15 noyabrda O‘zbekiston Prezidentining «O‘zbekiston SSR Prezidenti huzuridagi Vazirlar Mahkamasining tarkibini tasdiqlash to‘g‘risida» Farmoni chiqdi. Unga muvofiq ravishda O‘zbekiston Prezidenti huzurida Vazirlar Mahkamasi tuzildi, Prezident uning Raisi bo‘ldi. Respublikada vitse – Prezident lavozimi ta’sis etilib, uning zimmasiga Vazirlar Mahkamasiga rahbarlik qilish va uning ishini uyushtirish vazifasi yuklandi.
1992 yil 4 yanvarda Vitse – Prezident lavozimi tugatildi va O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining Bosh vaziri lavozimi ta’sis etildi. Bosh vazir zimmasiga Vazirlar Mahkamasiga rahbarlik qilish, uning ishini tashkil etish vazifasi yuklandi.
O‘zbekistonda davlat ijroiya hokimiyatini takomillashtirishda 1992 yil 8 dekabrda qabul qilingan O‘zbekiston Respublikasining Konstitutsiyasi muhim omil bo‘ldi. Konstitutsiyasining XX – bobida O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining konstitutsiyaviy – huquqiy maqomi, uning tashkil etilishi, faoliyatining asosiy yo‘nalishlari va vakolatlari belgilab qo‘yildi. Konstitutsiyaning 89 – moddasiga muvofiq «O‘zbekiston Respublikasining Prezidenti Vazirlar Mahkamasining Raisi hisoblanadi», – deb belgilandi.
Vazirlar Mahkamasi o‘z faoliyatini O‘zbekiston Respublikasining 1993 yil 6 mayda qabul kilingan № 818-XII sonli «O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasi to‘g‘risida»gi (yangi tahriri 2003 yil 29 avgust) Qonuni asosida olib борилади.
Маҳаллий давлат ҳокимияти органлари O‘zbekistonda demokratik huquqiy davlat barpo etish jarayonida ko‘plab vazifalarni belgilagan edi. Eng muhim vazifalaridan biri bozor munosabatlariga asoslangan iqtisodiyotni barpo etishga qaratilgan bo‘lsa, ikkinchisi respublikada davlat hokimiyatining vakillik va fuqarolarning o‘zini o‘zi boshqarish organlarini yangi sharoitlarga mos keladigan tizimini yaratish edi. «YAngi uyni qurmay turib, eskisini buzmang», degan tamoyilga amal qilib, amalda mavjud bo‘lgan vakillik organlarining viloyat, tuman va shahar bo‘g‘inlari saqlanib qolindi. Hozirgi amalda bo‘lgan mahalliy vakillik organlari yangi organlar bo‘lmasdan, xalq deputatlari Sovetlari negizida tashkil qilingan. Ma’lumki, sobiq sovetlar davrida amalda bo‘lgan mahalliy xalq deputatlari Sovetlari aniq bir hokimiyatga ega bo‘lmay, ular huquqsizligining bosh sababi partiya organlari to‘g‘ridan – to‘g‘ri ularning ishiga aralashar va ularga saylanadigan deputatlar partiya organlari tomonidan tanlanar edi.
1990 – 1992 yillari O‘zbekiston Respublikasining asosiy qomusi – Konstitutsiyasining qabul qilingunicha bo‘lgan davrda mahalliy hokimiyat organlari tizimini shakllantirish maqsadida bir necha Qonunlar qabul qilindi. Bunga quyidagilarni misol qilish mumkin: