Замонавий биоинформацион дастурлар. Режа

3- Мавзу: Замонавий биоинформацион дастурлар.


Режа:

1. 
   Биологик кетма – кетликларни таққослаш асослари. Гомологик кетма - кетликлар.
   
2. 
   Биологик кетма – кетликларни локал таққосланиши. BLAST дастури.
   
3. 
   Биологик кетма – кетликларни кўплик таққосланиши. Clustal W, T-Coffee дастурлари.
   
4. 
   Генларнинг таққосланиши асосида турларнинг филогенетик яқинлигини аниқлаш.
   

Мавзунинг долзарблиги: Маълумотлар базаларида сақланадиган маълумотларни қайта ишлаш учун яратилган замонавий дастурлар қаторига кенг қўлланиладиган BLAST, _{ClustalW, T-Coffee каби дастурлар кириб, улар ёрдамида оқсилларнинг аминокислота кетма – кетлиги, ДНК ва РНК нинг нуклеотид кетма – кетликлари таҳлил қилинади. Таҳлил қилиш натижасида гомологик оқсилларни аниқланиши, вазифаси номаълум бўлган оқсилларнинг функционал фаоллигини тушунишга ёрдам беради. Нуклеин кислоталар таркибидаги генлар, яъни оқсил кодловчи қисмларни аниқланиши келгусида у ёки бу геннинг мутацияси натижасида келиб чиқувчи касалликларни даволаш имконини беради. Шунингдек, генлар ва геномларни таққослаш орқали турларнинг ўзаро қон – қариндошлигини аниқлаш мумкин. Шу асосида филогенетик дарахт тузилади. Бу эса биологиянинг энг муҳим вазифаларидан бўлган турларнинг келиб чиқиш муаммоларини ҳал этишга жуда катта ёрдам беради.
Таянч атамалар: BLAST алгоритми, оқсиллар, аминокислоталар, нуклеин кислоталар, нуклеотидлар, blastp, blastn, megablast, blastx, tblastx, ClustalW, T-Coffee дастурлари.}
Зарур жиҳозлар: мультимедиа воситалари, компъютер, интерактив доска, мавзуга тегишли тақдимот, видеоматериаллар.
Мавзу бўйича муаммолар:

1. 
   Геном таркиби ва генлар экспрессияси ҳақидаги маълумотлардан самаралироқ фрйдаланиш.
   
2. 
   Аминокислоталар кетма – кетлигига кўра оқсилнинг бирламчи структурасини тахмин қилувчи мукаммал методларни ривожлантириш лозим.
   
3. 
   Якуний синовлар учун энг самарали тажриба препаратларни танлаш методларини ривожлантириш.