Сборник содержит материалы научной мультиконференции «Биотех- нология медицине будущего»

Поиск эпигенетических маркеров прогрессии/ингибирования
предопухолевых изменений бронхиального эпителия: анализ профиля 
метилирования ДНК при гиперпластических и метапластических изменениях
Пономарева А.А.
1
, Денисов Е.В.
1,2
, Гервас П.А.
1
, Панкова О.В.
1
, Щеголева А.А.
1
, 
Киселев А.М.
3
, Чердынцева Н.В.
1
, Перельмутер В.М.
1
1
НИИ онкологии Томский НИМЦ, Томск, Россия 
2
ТГУ, Томск, Россия 
3
ОФК 10, ФГБУ «НМИЦ им. В.А. Алмазова» Минздрава России, Санкт-Петербург, 
Россия
Актуальность.
Плоскоклеточный рак легкого (ПРЛ) возникает в результате 
прогрессивно развивающихся на фоне хронического воспаления предопухолевых 
изменений эпителия бронхов, встречающихся изолированно или сочетано друг 
с другом: базальноклеточной гиперплазии (БКГ), плоскоклеточной метаплазии (ПМ) 
и дисплазии I-III степеней. Процесс перехода может прерваться на любой стадии, 
оставаться в стабильном состоянии и далее подвергаться ингибированию или прогрес-
сировать. Причины и механизмы разных «сценариев» изменений бронхиального 
эпителия в условиях хронического воспаления неизвестны. В связи с этим актуальным 
является выявление маркеров не только специфичных для БКГ, ПМ и дисплазии I-III 
степени, но и однозначно прогнозирующих их прогрессию или обратное развитие.
Материалы и методы.
С помощью лазерной микродиссекции (PALM, Carl Zeiss) 
из образцов нормальной ткани лёгкого, полученных от больных ПРЛ, были выделены 
фокусы БКГ (3 образца иБКГ и 3 - пмБКГ) и нормального эпителия (n=6, от тех же 
пациентов с БКГ). Для приготовления ДНК-библиотек использовали набор Pico 
Methyl-Seq Library Prep Kit (Zymo Research). Полногеномное секвенирование проводили 
на приборе HiSeq (Illumina). 
Результаты.
Выявлено 5 383 297 CpG островков, перекрывающихся хотя бы одним 
ридом между изученными образцами: иБКГ, пмБКГ, нормальный эпителий бронхов. 
С помощью метода главных компонент, удалось подтвердить схожесть профилей 
метилирования ДНК между образцами БКГ и нормального эпителия, полученными от 
одних и тех же пациентов, и кроме того, найти образцы со значительными отличиями 
в метиломе. С использованием кластерного анализа показана близость образцов БКГ
и нормального эпителия в пределах одного и того же случая. Также нам удалось иденти-
фицировать несколько кластеров, в число которых вошли образцы с максимально 
близким профилем метилирования. В целом, распределение метилирования не значи-
тельно различалось между образцами, что говорит о корректности бисульфитной 
обработки и подготовки библиотек. Выявлено гипометилирование гена 
SApCD2
, вовле-
ченного в регуляцию деления опухолевых клеток, и гиперметилирование гена-онкосу-
прессора 
ST14
в БКГ по сравнению с нормальным эпителием бронхов.
Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 17-29-06002, стипендии Президента РФ
(№ СП-1549.2018.4, 2018-2020 гг.).

---

Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
29 июня - 2 июля 2019 г., г. Новосибирск, Россия
82