Prokariot va eukariotlardagi oqsil sintezining umumiyligi va ular o’rtasidagi farqlar Eukariot organizmlardagi oqsillarning biosintezi prokariotlardagi jarayonlarga o’xshasa ham lekin, ayrim farqlar mavjudligi aniqlangan. Ular quyidagilardan iborat:
Ribosomalar. Eukariotlarning ribosomalari (80S) prokariotlarga (70S) nisbatan katta. Eukariot ribosomalarning molekula massasi 4200 kDa bo’lsa, prokariotlarniki esa 2700 kDa ga teng.
Initsirlovchi aa-tRNK. Eukariot hujayralarda t-RNK bilan birinchi bog’lanuvchi initsirlovchi aminokislota metionin bo’lib, prokariotlarda esa formilmetionin t-RNK hisoblanadi.
Initsiatsiya. Eukariot organizmlarning tarkibidagi i-RNK ning kodoni har vaqt AUG bo’lib keladi. Eukariotlar prokariotlardan farqli, ular i-RNK molekulasidagi purinlar bilan boyitilgan qismlardagi AUG kodonlaridan foydalanmaydilar. Lekin shunday i-RNK bo’limlaridan eukariotlarda translyatsiya boshlanadi. Ribosomaning kichik birligi (40S) i-RNKdagi 5' oxiridagi KEP bilan bog’lanib AUG kodon tomonga harakatda bo’ladi. Mazkur jarayon eukariot hujayralarda ATF ishtirokida (xelikaza) katalizlanadi. Aksariyat, eukariot i-RNK molekulalarida faqat bitta start nuqtalaridan yagona polipeptid zanjiri shakllanadi. Prokariot i-RNK zanjirining bir nechta nuqtalaridan oqsil sintezi boshlanadi. Initsiatsiya jarayonida eukariot hujayralarda prokariotlarga nisbatan oqsil omillari ko’p miqdorda qatnashadi. Eukariot va prokariot hujayralardagi oqsil sintezidagi asosiy farqlardan yana biri initsiatsiyadagi i-RNKning protsessingidir. Prokariotlarda transkripsiyada sintezlanadigan i-RNK to’g’ridan-to’g’ri ribosoma bilan bog’lanib translyatsiya boshlanadi. Eukariotlarda esa sintezlanayotgan i-RNK bir necha bosqichli shakllanish jarayonlaridan jumladan, splaysing, KEP va poli-A larning hosil bo’lganidan so’ng sitozolga transport qilinadi.
Elongatsiya va terminatsiya. Eukariotlardagi oqsil omillari ΕFIα va ΕFIβγ prokariotlardagi ΕFΤu, ΕF-Τs larga o’xshashdir. Eukariotlardagi GTF-ΕFIα kompleksi ribosomadagi A markazga aa-t-RNK ni yetkazilishida ishtirok etadi. ΕFIβγ oqsil omili esa GTFni GDFgacha gidroliz qiladi. Eukariotik omil ΕF2 va prokariotlardagi ΕF–G oqsillari GTF bog’liq translokatsiyada ishtirok etadilar. Eukariotlardagi terminatsiyani RFI omili bajaradi, prokariotlarda ikkita oqsil bajaradi. Eukariotlardagi oqsil eIF3 prokariotlardagi omil IF3lar ribosomalardagi subbirliklarning oqsil sintezidan so’ng, qaytadan reassotsiatsiyasiga to’sqinlik qiladilar.