Mundarija Kirish i-bob. Ko'plik taqqoslanishlar

1.2. Juft va ko’plik taqqoslanishlar
Juft yo'nalishda taqqolash
Ikkala ketma-ketlikda o'xshashlikni topish uchun juft yo'nalishda taqqoslash qo'llaniladi. Global va mahalliy taqqoslashga farqlanadi. Global taqqoslash ketma-ketliklar butun uzunlik bo'ylab homolog ekanligini anglatadi. Ikkala kirish ketma-ketligi ham global taqqoslashga kiritilgan. Agar ketma-ketliklarda bog'liq (gomologik) va bir-biriga bog'liq bo'lmagan mintaqalar mavjud bo'lsa, mahalliy tekislash qo'llaniladi.Mahalliy taqqoslashning natijasi har bir ketma-ketlikda saytni tanlash va ushbu saytlar orasidagi taqqoslashdir Ikkala yo'nalish bo'yicha taqqoslash uchun dinamik dasturlash usulining o'zgarishlari qo'llaniladi. Xususan, ushbu algoritmlar Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasida (Pairwise Sequence Align. EMBL-EBI.) Xizmatlarida qo'llaniladi. Masalan, Global taqqoslash algoritmi bilan igna. Uunleman-Vunsch algoritmi va, Mahalliy taqqoslash algoritmi Smit - Waterman algoritmidan foydalanadi
Ko’plik taqqoslash
Ko’plik taqqoslash - bu uch yoki undan ortiq ketma-ketlikning taqqoslashidir. Bu homolog ketma-ketlikda saqlangan hududlarni topish uchun ishlatiladi. Ko'pgina hollarda, bir nechta tekisliklarni qurish filogenetik daraxtlarni tiklashda zarur bosqichdir. Dinamik dasturlash orqali eng maqbul taqqoslashni topish juda ko'p vaqt talab etadi, shuning uchun bir nechta taqqoslash turli xil evristikaga asoslangan. Bir nechta tekislashni amalga oshiradigan eng taniqli dasturlar Clustal (klustal.), T-COFFEE (inglizcha) (kofe.), MUSCLE (inglizcha) (mushak.) va MAFFT (inglizcha) (mafft)). Shuningdek, bir nechta taqqoslashlarni ko'rish va tahrirlash dasturlari mavjud, masalan, Jalview (inglizcha) yoki rus tilidagi UGENE
Fazoviy taqqoslash, ikki yoki undan ortiq molekulalarni ma'lum uch o'lchamli tuzilmalar bilan taqqoslash imkonini beradi, ularning tajriba ishlab chiqarishi rentgen struktura tahlilidan va NMR spektroskopiya usullaridan foydalanishga asoslangan. Fazoviy taqqoslash uchun protein tarkibini bashorat qilish usullari bilan olingan tuzilmalardan ham foydalanish mumkin. Bundan tashqari, bunday bashoratlarning sifatini baholash ko'pincha tuzilgan model va oqsilning tuzilishini bevosita eksperiment natijasida olingan oqsilning fazoviy dan foydalanishga asoslangan. Turli protein molekulalarining uch o'lchovli tuzilmalarini tahlil qilish uchun kichik burchakli rentgen nurlanishidan foydalanish to'g'risidagi ma'lumotlar ham mavjud