Mundarija Kirish i-bob. Ko'plik taqqoslanishlar

Kurs ishining maqsadi: ishning maqsadi Filogenetika va filogenetik daraxtlar mazmuni. “Ko’plik taqqoslanishlar va filogentik daraxtlarni yaratish” mavzusini yanada chuquroq o’rganish, ularni keng miqyosda organizmlar uchun tatbiq qilish.
Kurs ishining vazifalari:

• 
  Biologik ketma, ketlikni taqqoslash asoslari
  
• 
  Juft va ko’plik taqqoslanishlar
  
• 
  Filogenetikaning asosiy tushunchalari va filogenetik daraxt qurish metodlari
  

• Filogenetik daraxtlar tuzish

• Daraxtlarni tuzishda molekulyar maʼlumotlardan foydalanish

• 
  Misollar
  

Kurs ishining predmeti: Biologik ketma, ketlikni taqqoslash asoslari, filogenetikaning asosiy tushunchalari va filogenetik daraxt qurish metodlari, filogenetik daraxtlar tuzish bo’yicha misollar
Kurs ishining obyekti: Filogenetik daraxtlarni tuzishda uchun kerak boladigan darsliklar, o’simliklar, hayvonlar.
Kurs ishining amaliy ahamyati: Populyatsion genetka va molekulyar evolutsini chuquroq o’rganish va boshqa sohalar bilan bog’liqlgini o’rganish.
Kurs ishining hajmi: Kurs ishi kirish, 2 ta bob, xulosa, foydalanilgan adabiyotlar ro’yxati hamda rasmdan iborat bo’lib, hajmi 30 betni tashkil etadi.
I-Bob. Ko'plik taqqoslanishlar
1.1. Biologik ketma, ketlikni taqqoslash asoslari
Fazoviy taqqoslash-ikki yoki undan ortiq molekulalarni ma'lum uch o'lchamli tuzilmalar bilan taqqoslash imkonini beradi, ularning tajriba ishlab chiqarishi rentgen struktura tahlilidan va NMR spektroskopiya usullaridan foydalanishga asoslangan.
Global taqqoslash- ketma-ketliklar butun uzunlik bo'ylab gomolog ekanligini anglatadi
Ketma-ketikni taqqoslash bu DNK, RNK yoki oqsil monomerlarining ikki yoki undan ortiq ketma-ketligini bir-birining ostiga qo'yishga asoslangan bioinformatik usul bo'lib, ushbu ketma-ketliklarda o'xshash mintaqalarni osongina ko'rishingiz mumkin. Ikki molekulaning birlamchi tuzilishlarining o'xshashligi ularning funktsional, strukturaviy yoki evolyutsion aloqalarini aks ettirishi mumkin. Taqqoslashda nukleotid yoki aminokislotalar asoslari ketma-ketligi odatda matritsa qatorlari shaklida taqdim etiladi. Poydevorlar orasidagi bo'shliqlar bir xil yoki o'xshash elementlar matritsaning ketma-ket ustunlarida joylashgan bo'lishi uchun qo'shiladi. Grafik va matn taqdimoti
Taqqoslash natijasini aks ettirishda ketma-ketliklar mos keladigan elementlar (nukleotidlar yoki aminokislotalar) bir-biridan pastda (xuddi shu ustunda) shunday joylashtirilgan. "Bo'shliqlar" "(") belgi bilan almashtiriladi, bo'shliq deb ataladi (inglizcha "bo'shliq" dan) va indel [en], ya'ni kiritilishi yoki o'chirilishi mumkin bo'lgan joyni bildiradi Matnni ifodalash
Matnni namoyish qilish bilan ketma-ketliklar bo'shliqlar bilan yozilgan va bir xil uzunlikka ega bo'lganda, shunchaki fasta formatida yozish mumkin bo'ladi. Ushbu turdagi yozuvlar ko'pincha dasturlar tomonidan qo'llaniladi va mashinalarni qayta ishlash uchun qulaydir. Matn taqdimotining yana bir turi - foydalanuvchiga qulaylik uchun (quyida uchta xil misol keltirilgan). Unda ketma-ketliklar bir-birining ostiga yoziladi va ular orasidagi qatorda turli xil belgilar aminokislotalar o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikni ko'rsatadi. Bo'shliq (belgining yo'qligi) gomologiyada ham, funktsiyada ham aminokislotalar o'rtasida bog'liqlik yo'qligini anglatadi: "*", "|" belgilar. yoki harf bilan (BLAST) - bir xil aminokislotalar; ":" Yoki "+" - xususiyatlarga o'xshash; "." - xususiyatlariga o'xshash.