Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Z: ZSPA-1
Z: ZSPA-1
Y14
*
L34
*P25
W35
H18
N11
*F32
K35
*
10-savol
*D24
K28
I31
Z(B):Fc
Fc
bepul Z
Z (B):
ZSPA-1
ZSPA -1 affibody kloni IgG yordamida raqobatbardosh fag elutsiyasi orqali tanlangan.
c
*Val-11 va Thr-18 dan tashqari barcha tasodifiy aminokislotalar bog'lanishda ishtirok etadi, ammo *Asp
bog'lash (7.4ac-rasm). ZSPA-1 ning Fc bilan bir xil Z yuzasiga bog'lanishining mumkin bo'lgan sababi bo'lishi mumkin
a
24 faqat magistral karbonil orqali ishtirok etadi.
a
b
Fc ning o'zaro ta'sir yuzasi va Z-domenida shunga o'xshash yon zanjirlarni qayta tashkil etish
b
ga o'xshab SPA va Z (ya'ni Z ning tabiiy bog'lovchi sherigi) bilan bog'lanishda ishtirok etadi
37
n qiziqarli kuzatish ZSPA-1 interfeysi bir necha jihatdan Fc sirtini taqlid qiladi
A
Z domenida (sirtda) chuqur bo'shliqda ko'milgan.
Machine Translated by Google

---

Affibody-maqsadli juftlikning tarkibiy tahlili (I, II)
Biroq, Gln-32 va Lys-35 ning muqobil yon zanjirli rotamerlari, shu jumladan bog'lash joyida yoki yaqinida
Högbom va uning hamkasblari (Högbom va boshq. 2003) tomonidan hal qilingan kristall struktura bilan taqqoslash.
Mos ravishda Phe-13, Leu-17, Ile-31. Chuqur bo'shliq *Trp-35 bilan to'ldiriladi. Umuman olganda, ZSPA-1
Z-domenining o'zaro ta'sir yuzasining xarakterli xususiyatlari ikkita o'simtani o'z ichiga oladi
A
bir xil kompleks 5-56 qoldiqlar uchun 1,18 Å ga teng bo'lgan umurtqa pog'onasining juda o'xshash
konformatsiyasini va shunga o'xshash yon zanjirli o'rashni ko'rsatadi. Bir nechta farqlar mavjud
va bitta chuqur va bitta sayoz bo'shliq. Ikki protrusion Tyr-14, His-18 va
o'rtacha qiymat (Lo Conte va boshq. 1999).
Z ustidagi chuqur qutbsiz bo'shliqqa bog'lanish. Interfeysda topilgan 10 ta vodorod aloqasi
ZSPA-1 ning hidrofobik bo'shlig'i . Yana bir misol, triptofanga ruxsat beruvchi K35W mutatsiyasi
fenilalaninning katta hajmli yon zanjiri va kichik glisin katta hissa qo'shadi
38
almashtirishlar kompleksni tahlil qilganda tushuniladi. F13G almashtirish almashtiriladi
yuzasi Z. Bu buferlarda turli tuz konsentratsiyasini hisobga olgan holda ajablanarli emas.
15 ta qoldiqdan to'g'ridan-to'g'ri aloqa qilish orqali hissa qo'shadi, ulardan 10 tasi tasodifiy (7.2b-rasm). Ba'zi
Machine Translated by Google

---