Кимёда компьютер моделлаштириш нима?

35.Молекуляр динамик ҳисоблашларда қўлланиладиган алгоритмлар.
Harakatlarni sonli ifodalashda quyida keltirilgan algoritmlar keng qo‘llanilmoqda:
1. Verlet algoritmi
2. Sakrab yurish (Chexarda) algoritmi
3. Tezlashtirilgan Verlet algoritmi
4. Prediktor – korrektor algoritmi
Trayektoriyalar harorat va bosim ta’sirini inobatga olgan holda yozilishi mumkin. Quyida Hyperchem dasturida harorat ta’sirini o‘rganish uchun tuzilgan buyruq keltirilgan:
Vaqt o‘lchovi sifatida - femtosekund (10-15s.) olinadi. Quyida vaqt davomida sistema energiyasi o‘zgarishini ko‘rsatuvchi diagramma keltirilgan.
36.Атом даражасида моделлаштириш имконини берувчи ҳисоблаш усуллари ва дастурлар мажмуаси.
Molekulyar mexanika atom darajasidagi modellashtirish usulidir. Molekulyar mexanika usulida birikmalar mikroskopik mexanik tizimlar (Nyuton zarrachalari) deb qaraladi. Atomlar go‘yoki o‘zaro mexanik prujina orqali bog‘langan (2.2-rasm) va ularning fazoda joylashishi mexanik kuchlar (atom potensiallari) yordamida nazorat qilinadi.Bog‘lanmagan atomlar orasidagi masofa ular orasidagi (dipol-dipol, zaryad-zaryad) ta’sirlashuvlar ˗ Kulon va Van-der-Waals tenglamalari yordamida optimallashtiriladi.
Bugungi kunda ko‘pchilik hisoblash majmualarida MM hisoblash usullari mavjud:
1. MM2 (ChemOffice);
2. MMX (PCModel);
3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem);
4. GAFF, Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);
5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian) va b.
37.Дастлабки геометрияларни ва инпут файлларни тайёрлаш усуллари.
Birikmalarning hisoblashlar uchun dastlabki geometriyalarini tayyorlash hamda hisoblash natijalarini grafik tarzda ifodalash maqsadida yordamchi dasturlar ˗ interfeyslar yaratilgan. Sababi, Mopac va boshqa majmualar faqat maxsus input fayllarni tushunadi. Interfeyslarda modda geometriyasi chizilib, input fayllar hosil qilinadi. Shuning uchun oldin ayrim input fayllarni qarab chiqamiz. Keyin bironta dasturda hosil qilingan input fayl formati boshqa dasturlar fayl formatlariga openbabel (www.openbabel.org) dasturi orqali o‘girilishi mumkin. Atomlarning x, y va z koordinatalar o‘qida joylashish tartibi bo‘yicha hosil qilingan maxsus fayllar kartsian ko‘rinishidagi input fayllar deyiladi. Yuqorida Avogadro, GaussView, MaSK, ChemCraft va WinMostar interfeyslarida Mopac, Gamess yoki Gaussian input fayllarini tuzish mumkinligi aytildi. Bu interfeyslarning ichida yaponiyalik olimlar tomonidan yaratilgan WinMostar (www.winmostar.com) dasturi keng imkoniyatlarga ega.