Identification de biomarqueurs des statuts métabolique et inflammatoire chez la vache laitière

Doctorat

Identification de biomarqueurs des statuts métabolique et inflammatoire chez la vache laitière

L’Institut National de la Recherche Agronomique est un établissement public réunissant plus de 10 000 agents sur l’ensemble du territoire français. Premier institut de recherche agronomique européen, l'Inra mène des recherches finalisées pour une alimentation adaptée, pour un environnement préservé et pour une agriculture compétitive et durable.




ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL
 Description de l’unité et de l’équipe d’accueil :

L’UMR1213 Herbivores est une unité mixte entre l’Inra et VetAgro Sup. Elle contribue au développement de systèmes durables d'élevage des herbivores, conciliant efficacité des productions, qualité des produits et viabilité socio-économique avec protection et valorisation de l'environnement, et bien-être animal. L'UMR1213 Herbivores analyse et intègre les mécanismes biologiques sous-jacents, et établit les lois de réponse de l’animal avec des approches allant des techniques à haut débit à la modélisation systémique et aux outils d'aide à la décision à destination de différents publics (producteurs, consommateurs, citoyens et décideurs publics). L’UMRH est constituée de 143 agents titulaires dont 75 chercheurs et ingénieurs. Le doctorant sera hébergé dans l’équipe «Biomarqueurs : Fonctionnement des tissus pour prédire les performances, l'adaptation et la qualité des produits de ruminants » composée de 14 scientifiques et de 8 techniciens. Cette équipe , localisée à Theix (63122 Saint Genès-Champanelle), a notamment pour objectif de déterminer les mécanismes biochimiques et moléculaires du fonctionnement des tissus et d’analyser les réponses de l’animal aux facteurs d’élevage :[dont l’alimentation en interaction ou non avec le génotype), le statut physiologique et/ou l’état sanitaire de l’animal] ainsi que d’identifier des indicateurs d’intérêt pour développer des outils de phénotypage ou de prédiction pour l’élevage et la sélection. La thèse sera dirigée par un directeur de Recherche (Christine Leroux) et le doctorant sera co-encadré par un chargé de recherche (José Pires) et une Ingénieure de Recherche (Yannick Faulconnier).

 Missions et activités confiées :

Les pertes consécutives à la détérioration de la santé des ruminants laitiers sont une charge importante pour les éleveurs. Or, une vache laitière sur quatre développe une mammite en début de lactation lorsque les effets des déséquilibres métaboliques liés au déficit énergétique et la mobilisation des réserves corporelles se conjuguent (Pires et al, 2013). Ces complications sanitaires influencent la production et la composition du lait. Outre le début de lactation, la restriction nutritionnelle peut conduire également à des périodes de bilan énergétique négatif face auquel l’animal doit s’adapter.

Les effets du bilan énergétique négatif, ou d’un statut sanitaire dégradé, sur les teneurs des constituants majeurs du lait sont connus mais les variations des constituants mineurs sont moins bien décrites, comme par exemple les teneurs en microARN (petits ARN non codants connu pour réguler de nombreuses fonctions biologiques) du lait. Notre équipe (en collaboration avec l’Unité Gabi de l’Inra) a récemment établit un répertoire exhaustif de miRNome présents dans le tissu mammaire de vaches (Le Guillou et al, 2014) et de chèvres (Mobuchon et al, 2015a) en lactation, grâce à un séquençage haut débit (NGS) de l’ensemble des microARN. De même, nous avons montré une régulation nutritionnelle de l’expression de microARN dans le tissu mammaire caprin (Mobuchon et al. 2015b). Or, le rôle des microARN dans les processus inflammatoires est de plus en plus décrit. Ainsi, chez l’homme et les rongeurs, des travaux récents ont fourni des preuves convaincantes de l’implication des microARN dans la réponse inflammatoire (Lindsay 2008). Récemment, des microARNs ont été identifiés comme biomarqueurs de maladies humaines (Ribeiro & Sousa, 2014). Chez les animaux d’élevage, la contribution des microARN a surtout été étudiée au niveau tissulaire et en lien avec des caractères de production ou de fertilité (Attia & Dermot, 2013). Leur utilisation comme marqueurs précoces est un domaine en pleine évolution.

Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est d’identifier des biomarqueurs du statut métabolique et/ou sanitaire des vaches laitières et d’envisager leur utilisation par les filières laitières.

Pour atteindre cet objectif, le déroulement de la thèse proposé est le suivant :

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  Un premier volet consistera à préciser les effets d’une restriction alimentaire sur la production et composition du lait et sur le statut métabolique chez 2 races de vaches laitières (Holstein et Montbéliarde)
  
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  Un second volet visera à comparer les profils d’expression de microARN mammaires ou ceux présents dans les globules gras du lait en réponse à une restriction alimentaire. Ce volet portera sur le modèle expérimental mettant en œuvre les mêmes animaux que ceux décrits ci-dessus mais aussi sur des données acquises lors d’une inflammation mammaire, chez des vaches laitières Holstein en début de lactation.
  
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  Un troisième volet, selon l’avancement des travaux, pourra concerner un développement une méthode simple et rapide d’obtention des microARN à partir de lait en exploitant la présence de cellules somatiques dans le lait. L’objectif in fine de cette troisième partie permettra de contribuer au développement d’outils de phénotypage et/ou monitoring.
  

 Site Web de l’unité :

http://www1.clermont.inra.fr/urh/

FORMATIONS ET COMPÉTENCES ATTENDUES
 Formation recommandée (diplôme + spécialité) :

Diplôme d’ingénieur ou vétérinaire ou master 2 avec une formation en agronomie/zootechnie ou sciences animales.

 Connaissances souhaitées (domaines à connaître) :

De solides compétences en Physiologie animale de préférence du ruminant sont souhaitées. De bonnes connaissances des techniques d’analyses de biologie moléculaire seront appréciées. Une connaissance des logiciels bioinformatiques des traitements de données à haut débit (PathwayStudio, Ingenuitty,….) sera un atout supplémentaire. Bonne maîtrise de l’anglais écrit et parlé.

 Expérience appréciée (durée + domaines) :
Une expérience de quelques mois dans un environnement étudiant les ruminants est souhaitable et des travaux de biologie moléculaire ou de bioinformatique seraient appréciés.

 Aptitudes recherchées (qualités) :

Aptitudes à travailler en équipe et à s’organiser, de bonnes qualités relationnelles, une grande rigueur et autonomie ainsi qu’un sens de l’initiative

 Modalités d’accueil  Unité d’affectation : 1213  Adresse du lieu d’exercice :  Theix, 63122 St Genès-Champanelle  Centre Inra de rattachement : Centre Auvergne-Rhône-Alpes  Type de contrat : Thèse  Durée du contrat: 3 ans  Date d’entrée en fonction : 01/04/2017  Rémunération (Fourchette en €) : brut 21 250 €/an  Date limite pour postuler : 03/02/2017

 Modalités pour postuler Transmettre une lettre de motivation et un CV à Christine Leroux  Coordonnées e-mail : [e-mail]  Téléphone 04 73 62 40 62

INRA