Hujayra va gen ingenerligi

Nukleotidlar ketma – ketligi bo’yicha aniqlangan ba’zi bakteriya genomlarining tavsifi

Tur nomi	Genom o’lchami, 1000 ta n.p	Kodlovchi ketma – ketliklar	ORF miqdori (genlarning taxminiy miqdori)	Aniqlangan genlar		Xarakteristika
				Sana	Foiz
Mycoplasma genitalium	580	89,7	479	324	69	Siydik tanosil yo’llarda shamollashni chaqiradi
Mycoplasma pneumonie	817	88,7	677	333	49	Pnevmoniya qo’zg’atuvchisi
Borrelia burgdoferii	1300	93,0	863	499	58	Kana speroxetozi (laym kasalligi) ni qo’zg’atuvchi
Helicobacter pylory	1700	91,0	1590	907	57	Yara kasalligi, gastrilni qo’zg’atuvchi
Methanococcus jannaschii	1700		1692	776	46	Anaerob, metanogen, Topto'sish = 85 ^oS
Haemophilus influenzae	1800		1740	1015	58	ORZ miningit qo’zg’atuvchi
Synechocystis sp.	3600	87,0	3168	1402	48	Fotosintezlovchi sianobakteriya
Bacillus subtilis	4200	87,0	4000	2320	58	Avtotrof
Mycobacterium tuberculosis	4400	91,0	3924	~1600	40	Tuberkulyoz qo’zg’atuvchi
Escherichia coli K-12	4600	88,6	4288	2656	62	Protorof enterobakteriya

Replikatsiya bilan bioglik strukturalar. Bakterial hujayraning to’liq nukleotid ketma – ketligini bilish genom strukturasini replikatsiya, transkripsiya, translyatsiya, regulyatsiya bilan bogliqligini aniqlanganligi imkonini beradi. Bakterial xromosoma replikatsiyasi ori C (origine) da boshlanib, har ikki yo’nalishda replikatsiya terminatsiyasi ter C (terminus) ga qadar davom etadi. Ko’pchilik bakteriyalarda ori C va ter C qismlar halqali xromosomani ikkita teng replixurlarga bo’ladi. Chiziqli xromosomalar uchun ori C uning qoq o’rtasida aniqlandi. Transkripsiyaning tezligi bakteriya genlarining ko’pchiligida replikatsiya tezligiga to’g’ri keladi. Arxibakterialar DNK si replikatsiyaning initsiatsiya qismi aniqlangan emas.
Oqsil funksiyasini aniqlanganligi. Sanokning oqsil ramkasi (angl. open reading frame, ORF) aminokislotalarni kodlovchi bir qator tripletlardan iborat. Hech qanday terminatsiyalovchi kodonlarni tutmaydi, potensial ravishda oqsil sintezlanishi mumkin. Masalan, kompyuter programmalar yordamida genomning nukleotidlar ketma – ketligi ochiq o’qli ramkalari mavjudligi ko’rildi. Prokariot genomida ularning o’rtacha o’lchami 300 aminokislota qoldig’iga teng. ORF tarkibida funksiyalar bo’yicha o’rganilgan model ob’ekt sifatida E.coli dan foydalanilgan. Barcha oqsillar va kodlovchi genlar 3 funksional guruhga bo’lingan: energiya almashinuv, informatsiya, kommunikatsiya (ichki va tashqi). E.coli genomi funksiyaning taqsimlanishi 68 – rasmda keltirilgan. E.coli dagi 4288 ORF dan 40% ORF ning funksiyasi aniqlanmagan.


Prokariotlar genomining minimal o’lchovi. Prokariotlar genomining strukturasini aniqlash erkin hayot kechiruvchi hujayralar uchun kerakligi genom miqdorini ko’rish imkonini berdi. Genlarning ushbu to’plami genlarning minimal to’plami deb nomlanadi. U 256 taqsilni kodlaydi va mikroorganizmlar uchun quyidagi muhim genetic tizmlarni o’z ichiga oladi: sistemadagi to’liq genlar replikatsiyasi, rudimentar tizim genlari reparatsiyasi va rekombinatsiyasi, transkripsiya apparati genlari (unda transkripsiyani boshqaruvchi genlar mavjud emas), geoperonlarga o’xshash oqsillarni kodlovchi genlar; anaerob metobolizm, glikoliz va substratli fosforlani shni kodlovchi genlar; lipidlar biosintez genlari; oqsillar transporti tizimi genlari; murakkab kofaktorlardan foydalanuvchi kodlovchi fermentlar; metabolitlar transportini amalga oshiruvchi genlar to’plami; de novoda nukleotidlari utilizatsiya qiluvchi genlar to’plami va ular biosintezi genlari (10 – jadval).