|
To'g'ri eksonga lokalizatsiya
Eslatib o'tamiz, uchta algoritm ham mos keladigan genlarning ekzonlariga so'rovlar ketma-ketligini lokalizatsiya qilishda xuddi shunday yaxshi ishlaydi. To'liq uzunlikdagi gen so'rovlari uchun SSAHA, MegaBLAST va BLAT barcha eksonlarni taxminan 99% esga oladi ( 1B -rasm ). Ushbu tadqiqotda ishlatiladigan ketma-ketlik teglari odatda to'liq uzunlikdagi genlarga qaraganda ancha qisqaroq bo'lib, uzunligi o'rtacha 255 nukleotidni, genlar uchun 3611 nukleotidni tashkil qiladi va genning barcha eksonlari ketma-ketlik yorlig'ida mos kelishi kamdan-kam uchraydi. Shunday qilib, ketma-ketlik yorlig'i so'rovlari uchun ekson va nukleotidlarni eslab qolish har bir algoritm aniqligining to'g'ridan-to'g'ri o'lchovi sifatida emas, balki qiyosiy tarzda ko'rib chiqilishi kerak. SSAHA nazorat eksonlarining 22 foizini, MegaBLAST nazorat eksonlarining 22 foizini va BLAT boshqaruv eksonlarining 23 foizini aniqlaydi.
Aniqlanmagan ko'plab ekzonlar takroriy niqoblash orqali qidiruv maydonidan olib tashlangan genom hududlari bilan bir-biriga mos keladi. Takroriy niqoblashning ekson lokalizatsiyasiga ta'sirining ikkita misoli 3 -rasmda ko'rsatilgan bo'lib , unda to'liq uzunlikdagi gen kodlovchi xromatin yig'ish omili 1, A subunit (Chaf1a), NCBI qo'shilishi NM_013733 va ketma-ketlik yorlig'i BG- RRR265. Har bir dastur NM_013733 ni 3B -rasmda ko'rsatilgan eng chapdagi eksonga lokalizatsiya qiladi.takroriy niqob mintaqasining har ikki tomonida mukammal o'yinlarni aniqlash orqali. BLAT bu mosliklarni bog‘laydi, chunki uning standart parametr sozlamalari niqoblangan hududga qo‘shni tekislashlarni maskalangan ketma-ketlikda kengaytirish imkonini beradi, standart sozlamalari maskalangan hududlarga moslashishga ruxsat bermaydigan SSAHA va MegaBLAST (Usullarga qarang) maskalangan hududni bo‘shliq sifatida ko‘rsatadi. . 3B -rasmdagi o'rta ekzonda gugurtni ekish uchun hech qanday algoritm uchun etarli darajada niqoblanmagan ketma-ketlik mavjud emas va shuning uchun umuman aniqlanmaydi.
To'liq uzunlikdagi gen va ketma-ketlik yorlig'ining vakili genom moslashuvi . Xromatin yig‘ish faktorini kodlovchi to‘liq uzunlikdagi gen, A subbirligi (Chaf1a), NCBI qo‘shilishi NM_013733 va ketma-ketlik yorlig‘i BG-RRR265 17-xromosoma hududiga to‘g‘ri keladi. (A) Chaf1a tomonidan tarqalgan genomning to‘liq hududini ko‘rsatadigan umumiy ko‘rinish . Miloddan avvalgi qismlarda kattalashtirilgan segmentlar genom pozitsiyasidan yuqorida belgilangan. (B) Qidiruv maydonidan takroriy niqoblash orqali olib tashlangan genom hududlari ma'lum gen yo'liga o'rnatilgan sariq rangda ko'rsatilgan. Ushbu hududlarni olib tashlash ushbu ekzonlar uchun to'liq uzunlikdagi gen va ketma-ketlik yorlig'ini to'g'ri joylashtirishni oldini oladi. (C) C mintaqasidan eksonni kattalashtirish eksonlarning chetlariga tekislash ketma-ketligidagi tekislash dasturlari o'rtasidagi farqni ko'rsatadi.
Ikki so'rov turiga mos keladigan eksonlar sonidagi tafovutga qaramay, ekson lokalizatsiyasining aniqligi to'liq uzunlikdagi genlar va ketma-ketlik teglari uchun o'xshashdir ( 1B -rasm).). Bu shuni ko'rsatadiki, qisqa ketma-ketlik teglari o'zlarining qarindosh genlarining barcha ekzonlariga mos keladigan hududlarni o'z ichiga olmasa ham, noyob transkript bilan bog'lanishi uchun etarli uzunlikka ega bo'lganlar odatda yuqori aniqlik bilan lokalizatsiya qilish uchun etarli ma'lumotni o'z ichiga oladi. Genlar uchun SSAHA lokalizatsiyasi natijalarining 78% ma'lum ekzonlar bilan mos keladi, ketma-ketlik teglari uchun 85%. MegaBLAST genlar uchun 86% va ketma-ketlik teglari uchun 87% ekson aniqligiga ega. BLAT genlar uchun 75% va ketma-ketlik teglari uchun 76% ekson aniqligiga ega. Juda kamdan-kam hollarda, genning kodlash mintaqasi shu qadar qisqa intronni o'z ichiga oladiki, MegaBLAST u orqali tekislanadi, shu jumladan hizalanishdagi intron. Bu yuqori oqimdagi tarjima qilinmagan mintaqada 9 yoki 12 nukleotiddan iborat intronlarni o'z ichiga olgan boshqaruv to'plamidagi to'rtta gen uchun xatolarga olib keladi. Xatolik manbai sifatida,
Eslab qolish va aniqlik o'lchovlari bilan aks ettirilmaydigan qiziqarli natija shundaki, har bir dastur vaqti-vaqti bilan bir xil eksonga bir nechta to'g'ri lokalizatsiyani qaytaradi. Ushbu tahlilda ishlatiladigan to'liq uzunlikdagi genlar o'rtacha 12,9 ekzonni tashkil qiladi, ammo har bir dastur o'rtacha har bir gen uchun 13 dan ortiq to'g'ri lokalizatsiyaga ega. SSAHA har bir gen uchun 19,5 lokalizatsiyani qaytaradi, har bir lokalizatsiya eksonga yoki noto'g'ri musbatga mos keladi. O'rtacha bu hizalangan segmentlarning 15,2 tasi 12,8 ekson bilan bir-biriga to'g'ri keladi. MegaBLAST har bir gen uchun 15,6 lokalizatsiyani qaytaradi, ulardan 13,5 tasi 12,8 eksonni to'g'ri aniqlaydi. BLAT har bir gen uchun 20,8 lokalizatsiyani qaytaradi, ulardan 15,6 tasi 12,9 eksonni to'g'ri aniqlaydi. Bitta ekson uchun bir nechta lokalizatsiya yuzaga kelishi mumkin, chunki eksonlardagi niqoblash yoki mos kelmaslik bitta uzun segment bo'lishi kerak bo'lgan segmentni ikki yoki undan ko'p kichikroq hizalamalarga bo'lishi mumkin.3C . Bu BLAT dasturining ma'lum o'ziga xos xususiyati bo'lib, UCSC genom brauzerining veb-saytida bunday takroriy o'yinlarni olib tashlash orqali hal qilinadi [ 21 ]. Bu muammo SSAHA va MegaBLAST bilan solishtirganda ekson yoki genlarni eslab qolishda sezilarli o'sishga olib kelmaydi, shuningdek, aniqlikda katta yo'qotish bo'lmaydi, chunki ko'pchilik takrorlanishlar to'g'ri lokalizatsiyani ta'minlaydi ( 1 -rasm ). Garchi biz har bir ketma-ketlik yorlig'i qancha ekson va qisman eksonni qamrab olishini aniq aniqlay olmasak-da, biz ular ham bitta ekson uchun bir nechta lokalizatsiya hosil qilishini kutamiz.
Do'stlaringiz bilan baham: |
