Gen tuzoqlari ketma-ketligini genomik lokalizatsiya qilish usullarini taqqoslash

Algoritm tezligi
Har bir mahalliylashtirish uchun hisoblash vaqtlari to'plangan. Barcha ketma-ketlik teglari yoki to'liq uzunlikdagi genlar Fasta formatida [ 23 ] bitta fayl sifatida lokalizatsiya dasturiga o'tkazildi ( 1- jadval ). Oldingi tahlilda niqobsiz genom bilan bajarilgan lokalizatsiya ishlatilmadi, chunki bu odatda eslab qolishga ozgina salbiy ta'sir ko'rsatdi, lekin aniqlik va tahlil tezligiga katta salbiy ta'sir ko'rsatdi. ( 3B -rasmga qarangva istisno uchun tegishli matn.) SSAHA taxminan besh barobarga eng tez dastur edi. MegaBLAST va BLAT tezligi bo‘yicha solishtirish mumkin edi, BLAT uzoqroq ketma-ketliklarni tekislashda afzallik ko‘rsatdi va MegaBLAST qisqaroq ketma-ketliklar bilan tezroq ishlaydi. SSAHA va BLAT tomonidan talab qilinadigan genom indeksatsiyasi uchun zarur bo'lgan vaqt jadvalda ko'rsatilmagan. Ushbu bosqich SSAHA uchun 895,5 soniya va BLAT uchun 399,1 soniyani talab qiladi, lekin har bir genom tuzilishi uchun faqat bir marta bajarilishi kerak.


Xulosa
Umuman olganda, SSAHA, MegaBLAST va BLAT uchta lokalizatsiya algoritmlarining mustaqil versiyalari tahlili shuni ko'rsatadiki, ularning barchasi sichqoncha genomiga to'liq uzunlikdagi genlar va ketma-ketlik teglarini lokalizatsiya qilishda yaxshi ishlaydi. Ketma-ket teglar va toʻliq uzunlikdagi mos yozuvlar ketma-ketliklari uchun unumdorlikdagi farqlar hayratlanarli darajada kichik edi, hech bir dastur toʻliq uzunlikdagi mos yozuvlar ketma-ketliklari bilan solishtirganda sifati past boʻlishiga qaramay, ketma-ketlik teglari bilan ishlash unumdorligini sezilarli darajada pasaytirmagan. Esda saqlash va aniqlik unumdorligi dasturlar orasida gen va ekzon lokalizatsiyasi darajasida minimal darajada farq qilsa-da, batafsilroq darajada va ayniqsa nukleotidlarni eslab qolishga qaratilgan bo'lsa-da, har bir dastur bilan bog'liq har xil turdagi xarakterli xatolar bilan katta farqlar topiladi. Shuning uchun,
Genomning umumiy hududini lokalizatsiya qilish uchta dastur tomonidan bir xil darajada yaxshi bajarilganligi sababli, dasturdan foydalanish qulayligi va hisoblash tezligi kabi fikrlar qaysi dasturdan foydalanishni tanlashda muhim ahamiyatga ega bo'lishi mumkin. SSAHA eng tezkor dastur bo'lib, eng oddiy natijaga ega, shuning uchun u umumiy maqsadlar uchun katta ma'lumotlar to'plamlarini mahalliylashtirish uchun tabiiy tanlov bo'lib tuyuladi. Nukleotidlar darajasida to'g'ri lokalizatsiyani talab qiluvchi avtomatlashtirilgan ilovalar uchun, masalan, SNPni aniqlash yoki muqobil qo'shilishni baholash, BLAT hozirda eng yaxshi variant hisoblanadi, chunki u ekzonlarning qirralarini tekislashda aniqroqdir. Bundan tashqari, BLAT proksimal mosliklarni birlashtirish jarayoni to'g'ri va noto'g'ri o'yinlar ballari orasidagi farqni yaxshilaydi va natijaga ishonchni oshiradi. Ushbu afzalliklar tezlik bilan bog'liq bo'lib, BLAT SSAHA dan sezilarli darajada sekinroq, lekin tezligi bo'yicha MegaBLAST bilan solishtirish mumkin. Sichqoncha genomiga gen tuzoqlari ketma-ketligi teglarini lokalizatsiya qilish maqsadimiz uchun BLAT mahalliy annotatsiya liniyamizga kiritish dasturi sifatida tanlandi, ammo oxir-oqibat eslab qolish va aniqlikning eng yuqori darajasini ta'minlash uchun bir nechta dasturlardan foydalanish amalga oshirilishi mumkin.