“Evolyutsion biologiya. Biologik xilma-hillikni baholash ” mavzusida mustaqil ish

Genetik ketma -ketliklar tahlili

Bunday solishtirish variantlaridan biri sekvenirlash jarayonining o`zida ham foydalaniladi. "Drobli sekvenirlash" deb ataluvchi texnika (Gentik Tadqiqotlar Instituti tomonidan birinchi marotaba Haemophilus influenzae bakteriya genomini sekvenirlashda qo`llanilgan) to`liq nukleotid ketma -ketligi o`rniga DNK fragmentlari ketma -ketligini beradi (xar biri o`rtacha 600-800 nukleotiddan iborat). Fragmentlarning uchlari bir -biriga ulanib, kerakli darajada qoplanganda butun genomni beradi. Bunday usul yordamida tezlik bilan sekvenirlash natijalarini qo`lga kiritsa bo`ladi, lekin genomni bir butun xolda to`plash masalasi ko`pchilik xolatlarda murakkab jarayon sanaladi. Inson genomi loyixasida ham DNK fragmentlarinidan genomni yig’ish jarayoni komp'yuterda bir necha oy vaqtni olgan. Hozirgi kunda bu usul deyarli barcha genomlar uchun qo`llanilib kelinadi va genomni yig’ish algoritmlari bugungi kun bioinformatikasining dolzarb muammolaridan sanalmoqda.

Bunday solishtirish variantlaridan biri sekvenirlash jarayonining o`zida ham foydalaniladi. "Drobli sekvenirlash" deb ataluvchi texnika (Gentik Tadqiqotlar Instituti tomonidan birinchi marotaba Haemophilus influenzae bakteriya genomini sekvenirlashda qo`llanilgan) to`liq nukleotid ketma -ketligi o`rniga DNK fragmentlari ketma -ketligini beradi (xar biri o`rtacha 600-800 nukleotiddan iborat). Fragmentlarning uchlari bir -biriga ulanib, kerakli darajada qoplanganda butun genomni beradi. Bunday usul yordamida tezlik bilan sekvenirlash natijalarini qo`lga kiritsa bo`ladi, lekin genomni bir butun xolda to`plash masalasi ko`pchilik xolatlarda murakkab jarayon sanaladi. Inson genomi loyixasida ham DNK fragmentlarinidan genomni yig’ish jarayoni komp'yuterda bir necha oy vaqtni olgan. Hozirgi kunda bu usul deyarli barcha genomlar uchun qo`llanilib kelinadi va genomni yig’ish algoritmlari bugungi kun bioinformatikasining dolzarb muammolaridan sanalmoqda.

Genom annotatsiyasi Genomikaning kontekstida annotatsiya -DNK ketma -ketliklarida gen va boshqa ob`ektlarning belgilash jarayoni kabi tavsiflanadi. Genomni annotatsiyalovchi birinchi dasturiy tizim birinchi marotaba erkin yashovchi tirik organizm - Haemophilus influenzae bakteriyasini genomini sekvenirlab, tahlil etib bergan gurux ishtirokchisi Oven Uayt (ingl. Owen White) tomonidan 1995 yilda yaratilgan. Doktor Uayt genlar, tRNK va DNKning boshqa ob`ektlarini izlab topuvchi tizimni yaratdi va ushbu genlar vazifasiga birinchi marotaba tushuntirishlar kiritib o`tdi. Ko`pchilik zamonaviy tizimlar ham shunga o`xshash tarzda ishlaydi, lekin bu dasturlar doimiy ravishda yangilanib va yaxshilanib boriladi.