Denov tadbirkorlik va pedagogika instituti tarix va falsafa kafedrasi

юритувчилар), қозилар, муллаи азимлар (тергов ишларида
жалб этиладиган вакиллар), мирохурбоши,
маҳрамлар ҳамда қуйи хизматчилар
фаолият кўрсатган. Мазкур мансабдорларни
Қозикалон тайинлаган ва вазифасидан озод қилган.
Тўртинчи маъмурий назорат органи Раис қарамоғида
бўлиб, унинг ваколатига қонунларнинг бажарилиши,
ахлоқий софлик, диний эътиқодни ҳимоя қилиш ҳамда
бозорларда тош-тарози ва ўлчов бирликларининг
аниқлиги устидан назорат қилиш кирган. Унинг қошида
мирзалар, раислар(топшириқларнинг бажарилишига
мутасадди амалдор), маҳрамлар, девонбеги (хўжалик
бошқарувчиси), мирохурбоши ва қуйи хизмат вакиллари
фаолият кўрсатган. Барча амалдорларни Бош Раиснинг
ўзи тайинлаган.
Бош Раис бевосита амир ва Қози калон олдида жавоб
берган.
Amir ixtiyoridagi saroy xizmatida turli lavozimlarni egallagan kishilar soni 3 mingdan oshar edi. Kattato`ra unvoniga ega bo`lgan Karmana viloyati hokimi Buxoro taxtining vorisi bo`lib, qolgan bekliklarga ham amirning yaqin qarindoshlari hokimlik qilishardi.
Buxoro amirligi 27 ta beklikka bo`lingan edi. Beklar shaxsan amir tomonidan tayinlanar va lavozimidan bo`shatilar edi. Beklar huzurida ularning qarindoshlari yoki yaqin kishilaridan tayinlangan ulkan amaldorlar guruhi bo`lgan.
Davlatni himoya qilish uchun amirning xalq ko`ngillilari va qo`shinlardan saralab olingan xos lashkari bo`lgan. Lashkarga to`pchiboshi (to`pchilashkar) rahbarlik qilgan. Lashkar amalda XIX asr boshlaridan beri rivojlanmagan, harbiy ish va qurollari o`ta qoloq holatda edi. Lashkarning soni 11 ming sarboz va 200 zobit (ofitser)dan iborat bo`lib, ularning qurol-aslahasi 1000 ta berdanka miltig`i va bir nechta to`plardan tashkil topgandi.
Амир Музаффар ҳукмронлиги даврида амирлик ҳудудлари анча қисқарди. Бунга аввало рус босқини сабаб бўлган бўлса, катта қийинчилик билан буйсўндирилиган Шаҳрисабз ва Китоб бекликлари яна Бухорога буйсунишдан бош тортдилар. Ундан ташқари, русларга тўланган катта товон эвазига амирлик хазинаси бўшаб қолди. Амир ўз хазинасини тўлдириш учун қозилар ва раисларга аҳолидан турли хил йиғимлар йиғишга рухсат берди. Чунки бу йиғимларнинг катта қисми турли хил совғалар ва инъомлар тариқасида хазинага келиб тушарди.