Ботаника в современном мире. Том 2018

Том 1 
Ботаника в современном мире
65 
Possibilities for preservation of the rare species 
Matthiola caspica
Magomedova M. A. 
Makhachkala, Dagestan State University
E-mail: [e-mail] 
Anthropogenic impacts lead to the disturbance of the habitats of plants. Particularly affected are rare 
species. Therefore, it is important to know which part of the seeds is capable to form full-grown seedlings. 
This property was studied using 
Matthiola caspica
(N. Busch) Grossh. from the Talginsky Gorge in Dage-
stan. The conditions of cultivation showed that 
Matthiola caspica
has a good seed renewal, and its seedlings 
quite successfully pass the earliest stages of ontogenesis, which is important for self-maintenance and 
preservation of the population in its natural environment and provides for a positive assessment of the intro-
ductory possibilities. Heterogeneity of seeds plays a certain role in stability. 
 
 
 
ВНУТРИГЕНОМНЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ СПЕЙСЕРА ITS1 ГЕНА 5.8S рРНК
ОТДАЛЕННЫХ ГИБРИДОВ СЕМЕЙСТВА GROSSULARIACEAE ПО ДАННЫМ NGS
Мачс Э. М.
1
*, Гаврилова О. А
1
., Тихонова О. А.
2 
1 
Санкт-Петербург, Ботанический институт имени В. Л. Комарова РАН 
2 
Санкт-Петербург, ФИЦ Всероссийский институт генетических ресурсов растений
имени Н. И. Вавилова 
*E-mail: [e-mail]
Достаточно полное сравнительное изучение внутригеномного полиморфизма многокопийных 
рибосомальных генов стало возможным после широкого распространения методов секвенирования 
следующего поколения (NGS), позволяющих получать для одного растения десятки тысяч копий не-
больших маркерных участков.
В данной работе представлены результаты исследования двух тетраплоидных смородинно-
крыжовниковых гибридов Kroma и Jošta, их родительских видов, а также триплоида Длиннокистная 
ЦГЛ. Работа проводилась в рамках проекта по изучению палиноморфологического гетероморфизма 
гибридов. В частности, одна из задач проекта состояла в том, чтобы проверить, можно ли по данным 
секвенирования NGS восстановить историю гибридов. Поэтому были выбраны палиноморфологиче-
ски контрастные (отличимые от родительских видов) гибриды с известной историей. Аллотетраплоид 
Jošta был создан в 70-х годах прошлого столетия в институте им. Макса Планка (ФРГ). Исходными 
формами служили (
Ribes nigrum × Grossularia reclinata
) × (
R. nigrum × G. divaricata
). Гибрид Kroma 
был выведен в Швеции, на сельскохозяйственной станции в Альнарпе от скрещивания (
R. nigrum × 
Grossularia
) × (
R. nigrum × G. nivea
). Родительскими формами триплоида Длиннокистная ЦГЛ (2n = 
24) являются: Кызырган (
R. altissimum
) × Восьмая Дэвисона (
R. nigrum
subsp. 
europaeum
). Он был со-
здан во Всероссийском НИИ генетики и селекции плодовых растений имени И. В. Мичурина. 
Работа проводилась с использованием оборудования ЦКП «Геномные технологии, протеоми-
ка и клеточная биология» ФГБНУ ВНИИСХМ на секвенаторе Illumina MiSeq. Секвенирован участок 
ITS1 с использованием праймеров ITS1P (Ridgway et al., 2003) и ITS2 (White et al, 1990). После кон-
троля качества с помощью программы FastQC, фильтрации, удаления адаптеров Trimmomatic (Bolger 
et al., 2014) и объединения прочтений Fastq-ioin (Aronesty, 2013) были получены исходные данные 
для сравнения – файлы прямых, обратных и объединенных чтений для каждого образца.
Для сравнения гаплотипов были выбраны прямые чтения, отсортированные в порядке убыва-
ния числа одинаковых копий. Для каждого образца были отобраны копии, встречающиеся не реже 4 
раз. После выравнивания и дополнительной фильтрации по базе данных BLAST данные по всем об-
разцам были объединены в попарное безреференсное выравнивание одной длины, включающее уча-
сток ITS1, начиная с 32 нуклеотида. Далее сравнение проводилось на основе широко распространен-
ных методов филогенетического анализа с помощью программ MEGA7 и UGENE. Для построения и 
анализа сетей гаплотипов на основе статистической парсимонии (TCS) были использованы програм-
мы TCS 1.21 и tcsBU. 
Показано, что в гибридах в значительном количестве присутствуют гаплотипы, характерные 
для родительских видов. Соответствующие последовательности (варианты) кластеризуются на дереве 
в разных кладах.

---