Amaliy mashg'ulotlarga nazariy tayyorlanish. Reja: Amaliy mashg'ulotlar

Yaratilgan strukturalarni PDB,MMDB ma’lumatlar bazalariga joylashtrish.
Reja:

1. 
   Yaratilgan strukturalarni PDB.
   
2. 
   Yaratilgan strukturalarni PDB,MMDB ma’lumatlar bazalariga joylashtrish.
   

Ba'zi PDB fayllari Geneious "Program Debug Database" fayllari kabi tekis matn sifatida saqlanadi va matn muharriridan ochilganda butunlay inson tomonidan o'qiladi. Siz Windows-ning joylashgan Notepad dasturi kabi matnli hujjatlarni o'qiy oladigan har qanday dastur bilan bunday PDB faylini ochishingiz mumkin. Boshqa ba'zi PDB fayllarini tomoshabinlar va tahrirlovchilarni Notepad ++ va Braketlar o'z ichiga oladi.

Boshqa PDB ma'lumotlar bazasi fayllari matnli hujjatlar emas va u faqat mo'ljallangan dastur bilan ochilganda foydalidir. Misol uchun, agar sizning PDB faylingiz Quickenga bog'liq bo'lsa, PDB faylini ko'rish yoki tahrirlash uchun ushbu dasturdan foydalanishni sinab ko'ring. Visual Studio DLL yoki EXE fayli bilan bir xil papkada PDB faylini ko'rishni kutadi.
Siz Protein Data Bank fayllari bo'lgan Windows, Linux va MacOS-da Avogadro bilan PDB fayllarini ko'rishingiz va tahrir qilishingiz mumkin. Jmol, RasMol, QuickPDB va USCF Chimera bir PDB faylini ham ochishi mumkin. Ushbu fayllar tekis matn bo'lgani uchun PDB faylini matn muharriridan ham ochishingiz mumkin.
Palm Desktop, Palm Database fayl formatida joylashgan PDB fayllarini ochishi kerak, lekin uni tan olish uchun ushbu dastur uchun .PRC fayl kengaytmasi bo'lishi uchun birinchi bo'lib uni qayta nomlashingiz kerak bo'lishi mumkin. PalmDOC PDB faylini ochish uchun STDU Viewer ni harakat qilib ko'ring.
Qanday qilib PDB faylini aylantirish mumkin
Dastur bazasi fayllari odatda boshqa fayl formatiga aylantirilmasligi mumkin, hech bo'lmaganda muntazam fayl almashtiruvchi vositasi bilan emas . Aksincha, bu kabi PDB faylini o'zgartiradigan har qanday vosita mavjud bo'lsa, uni ochadigan dastur bo'lishi mumkin.
Misol uchun, agar siz PDB ma'lumotlar bazasi faylini Quicken'dan o'zgartirmoqchi bo'lsangiz, uni amalga oshirish uchun uni ishlatib ko'ring. Ushbu turdagi konvertatsiya, ehtimol, faqat kichik foydalanish emas, balki, bu ma'lumotlar bazasi ilovalarida ham qo'llab-quvvatlanmaydi (ya'ni, bu kabi PDB faylini boshqa formatga aylantirishga hojat yo'q).
Protein Ma'lumot Banki fayllari MeshLab bilan boshqa formatlarga aylantirilishi mumkin. Buni amalga oshirish uchun, avval PHM faylini WRL-ga PyMOL bilan faylni "Tasvirni saqlash asosi" VRML menyusidan o'zgartiring va keyin MeshLab-da WRL faylini import qiling va natijada PDB-ni aylantirish uchun File> Export Mesh As menyusidan foydalaning. faylni STL yoki boshqa fayl formatiga o'tkazish.
Modelga rangli bo'lishi shart emas, siz PDC faylini USCF Chimera bilan to'g'ridan-to'g'ri STLga yuborishingiz mumkin (yuklab olish aloqasi yuqorida). Aks holda, yuqoridagi kabi (MeshLab bilan) PDCni USCF Chimera bilan WRLga aylantirish va keyin WLf faylini STL bilan MeshLab bilan eksport qilish uchun bir xil usuldan foydalanishingiz mumkin.
PDB ni PDF yoki EPUB ga aylantirish uchun PalmDOC fayli mavjud bo'lsa, unda bir nechta yo'l bo'lishi mumkin, ammo eng oson yo'li Zamzar kabi onlayn PDB konverterini ishlatishi mumkin . Ushbu veb-saytga siz PDV faylini shu formatlarga, shuningdek, AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT va boshqa eBook fayl formatlariga o'tkazish imkoniyatiga ega bo'lish uchun yuklashingiz mumkin.
ad
PDB faylini FASTA formatiga o'tkazish uchun Meiler Lab-ning onlayn PDB bilan FASTA konverteriga o'tish mumkin.
PDBx / mmCIF yordamida PDBni CIF (Crystallographic Information format) ga onlayn almashtirish mumkin.
PDB fayllari bo'yicha qo'shimcha o'qish