12-Mavzu: Bioinformatikada qo’llaniladigan dasturlar bilan ishlash. Reja

Natijalar tahlili
Oynaning yana bir pastrog’iga tushsak, mana shu har bir natija ko’rsatkichi bilan bizdagi ko’rsatkich qanday solishtirilgani ko’rsatiladi.

Birinchi qatorda bizning nukleotidlar (qizil ko’rsatkich) ikkinchi qatorda bazadagi organizm nukleotidlari (ko’k ko’rsatkich) o’zaro birma-bir solishtirib ko’rsatilgan. Yuqoridagi qizil to’rtburcha ichida 691/704 (98%) deb yozib qo’yilibdi. Bu degani solishtirilgan 704 ta nukleotiddan 691 tasi aynan bir xil va tekshirilayotgan organizm aynan mana shu tur ekanligining ehtimoli 98% degan ma’noni bildiradi.
Yuqorida biz COI genini teshirayotganimizni aytib o’tgan edik. COI geniga xos bo’lgan xususiyatlardan biri shuki, barcha organizmlarda ushbu gen tarkibida bo’shliqlar (gap) mavjud bo’lmaydi. Ya’ni DNK ning biror qismi nukleotidsiz bo’lmaydi. Qizil yumaloq aylanada esa 704 ta solishtirilgan nukleotidlar ichida bitta mana shunday gap mavjud deyilmoqda. O’sha bo’shliq (gap) pastda ko’rsatilgan. U bazadagi namunada turibdi. O’sha bo’shliq yuqorisida bizning namunada adenin (A) turibdi. Bu shundan dalolat beradiki, bizning namunadagi aynan o’sha A ortiqcha. U qayerdan paydo bo’lib qoldi? Buni ishning boshida ContigExpress Project dasturida ishlayotganimizdagi jarayondan topib olamiz. Deyarli yuqori ehtimollik bilan biz DNK zanjirini noto’g’ri o’qish natijasida uni qo’shib olgan bo’lib chiqamiz. Chunki bazadagi ma’lumotlarda bunday kamchiliklar bo’lmaydi.
Demak xulosa sifatida biz tekshirayotgan organizm Pseudorasbora parva ekanligini bilib oldik. Ushbu baliqni to’g’ri aniqlaganimizni fishbase.org sayti orqali tekshirib ko’ramiz. U yerdagi bizga quyidagi baliqning ma’lumotlari ko’rsatilmoqda.

Men tutgan kichik baliq ham taxminan ayni rasmdagidek edi. Ma’lumotni yanada aniqlashtirish uchun ushbu baliq tarqalgan mamlakatlar ro’yxatini tekshiraman va u yerda O’zbekiston ko’rsatilgan. Demak hammasi to’g’ri ketmoqda.
Savol yuzaga keladi!
BLAST ko’rsatgan ko’rsatkichlar rostdan ham aniqmi? Men tutgan baliq aniq Pseudorasbora parva mi? BLAST ning aniqlik darajasi 98-99% deb ko’rsatmoqda. Bu deyarli aniq degan gap. Agar o’xshashlik ko’rsatkichi 96 foizdan past bo’lsa demak bu yuqori ehtimollik bilan boshqa tur bo’lib chiqar edi. Lekin turni aniqlash, natijani tasdiqlash bu bilan yakunlanmaydi. Oldinda MEGA dasturida tekshirib ko’rish turibdi. MEGA dasturi yordamida turlarning o’zaro genetik masofasi K2P (Kimura-2-parameter) usulida tekshiriladi. Qolaversa u yerda filogenetik daraxt tuzish yordamida ham bu turlarning genetik jihatdan qay darajada bir-biriga yaqin yoki uzoq ekanligini tekshirish mumkin.