12-Mavzu: Bioinformatikada qo’llaniladigan dasturlar bilan ishlash. Reja

BLAST dasturi yordamida nukleotid ketma-ketligini aniqlash
BLAST qanday ishlaydi?
Men bugungi maqolada imkoni boricha sodda tilda BLAST dan qanday foydalanish haqida ma’lumot bermoqchiman. Jarayonni tushunishingiz uchun o’zim olib borayotgan tadqiqotlar misolida tushuntirib ketaman.
Men ayni vaqtda O’zbekiston baliqlarining DNK barkodingi va filogenetikasi ustida shug’ullanmoqdaman. Ushbu ilmiy tadqiqot ishimda men uchun O’zbekiston suv havzalaridan yig’ilgan baliq namunalari kerak bo’ladi. Men mana so’nggi 3 yil davomida O’zbekistondagi turli suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ib kelmoqdaman. Ayrim baliq turlarini tashqi ko’rinishidan, morfologik belgilaridan juda osongina ajrata olaman, ayrimlarini maxsus aniqlagich kitoblaridan foydalangan holda aniqlayman. Ba’zi suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ishda faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab bo’lmaydigan turlar uchrab turadi. 2017 yil fevral oyida Toshkent viloyatidagi Chiqchiq suv havzasidan baliq namunalari yig’ayotganimda juda kichkina baliq namunasini olgan edim. Uning kim ekanligini o’sha vaqtda aniqlay olmaganman.
Xitoyda qaytgach laboratoriya sharoitida o’sha baliq namunasining to’qimasidan mitoxondriya DNK ni ajratib olib (bu alohida mavzu), mitoxondriyadagi COI genini PZR mashinasida amplifikatsiya qildim. Elektroforez jarayoni ushbu genni to’g’ri ajratib olganimni ko’rsatdi. Men natijalarni maxsus kompaniyalarga jo’natdim. Ular menga o’sha noma’lum baliq namunasidan olingan COI genidagi nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishdi. Ular jo’natgan natija taxminan quyida ko’rinishda edi.

Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. Nukleotidlar spektri va ularning rangidan ajratib olish haqida avval ham yozgan edim. DNK ning ushu holatini ko’rish uchun “ContigExpress Project” bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. Ushbu rasmda DNK ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko’rishingiz mumkin. COI geni o’rtacha 700 ta nukleotiddan iborat bo’ladi.
Biz DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan umumiy holatda quyidagi nukleotidlar ketma-ketligini qo’lgan kiritamiz.

Mana bizda 723 ta nukleotidlardan tashkil topgan DNK ning bitta zanjiri fragmentining nukleotidlari turibdi. Ana endi uni BLAST yordamida kimga tegishli ekanligini topib olamiz.