12-Mavzu: Bioinformatikada qo’llaniladigan dasturlar bilan ishlash. Reja

BLAST ga qanday kiriladi?
Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma’lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi.

Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo’lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi.

Nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. Biz Others – boshqalar degan bo’limini tanladik. Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga NCBI ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. BLAST bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi.
BLAST natijalari

Oynaning yuqori qismida BLAST amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo’lgan kiritilgan dastlabki 100 ta eng o’xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko’rsatiladi. Agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o’zaro o’xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. Yuqoridagi rasmda 1 dan 700 tagacha bo’lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko’rinishi. Oynaning pastrog’iga tushsak, natijalarning barcha ko’rsargichlarini ko’rishimiz mumkin bo’ladi.

Ushbu tasvirdagi birinchi raqamda (1) bizning nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelgan bazadagi organizmlarning nomi yozilgan. E’tibor bersangiz deyarli barcha natijalarda Pseudorasbora parva organizmiga tegishli ko’rsatkichlar keltirilgan. Ikkinchi raqamda (2) bizning nukleotidlarimiz bazadagi nukleotidlarning qancha foizi bilan o’zaro mos tushganligini ko’rsatadi. Uchinchi raqam (3) esa biz tekshirayotgan turning aniqlanish foizini ko’rsatadi. To’rtinchi raqam (4) esa bazadagi organizm ma’lumotlarining raqami, bu xuddi bizning passport raqamimizga o’xshaydi. Bazadagi har bir organizm ma’lumotlari xuddi mana shunday raqam bilan belgilanadi. E’tibor bersangiz deyarli barcha ko’rsatkichlar (3-raqamdagisi) 98-99 foizni ko’rsatmoqda. Biz tekshirayotgan baliq juda ham yuqori ehtimollik bilan Pseudorasbora parva ekanligi ma’lum bo’ladi.