1 вариант Рибосома структураларини тадқиқот қилиш

Полинуклеотидларнинг бирламчи тузилишини аниқлаш усуллари

Maksam – Gilbert usuli. Ma‘lum nukleotid saqlagan joydan,
maxsus kimyoviy reagentlar yordamida parchalash orqali fragmentlar
olinadi. Kimyoviy parchalash to‗liqsiz ―statistik‖ modifikatsiyalash
sharoitida olib boriladi, ya‘ni dastlabki oligonukleotid oxirigacha to‗liq
parchalanmaydi. Bunda, oligonukleotid tarkibidagi ma‘lum nukleotid
soni nechta bo‗lsa, ehtimoliy jihatdan, oxirida ushbu nukleotid saqlagan
fragmentlarning barchasi parchalash mahsulotlari tarkibida bo‗lishi
mumkin.
Bog‗larni spetsifik parchalovchi kimyoviy reagentlar sifatida
ko‗pincha quyidagi moddalar va ularning aralashmalari qo‗llaniladi:
 Adenozinli qoldiqdan uzish uchun – chumoli kislota+piperidin;
 Guanozin qoldig‗idan uzishda – dimetilsulfat+piperidin;
 Sitozinli qoldiqdan uzish uchun- gidrazin+NaCl (to‗yingan);
 Timidinli qoldiqdan uzish uchun - gidrazin+NaCl (kuchsiz) +
piperidin qo‗llaniladi. Masalan, tekshirilayogan oligonukleotid timidinli zveno bo‗yicha
qisman parchalanganda 5‘-uchi nishonlangan, quyidagi
oligonukleotidlar olinishi mumkin:
Bunda, timidin qoldig‗idan uzuvchi reagent ishlatilganda,
oligonukleotidning faqat timidin saqlagan joyidan uzilish sodir bo‗ladi
va 3-oxirida timidin saqlagan fragmentlarning hosil bo‗lish ehtimoliyati
yuqori. Biroq, shu bilan birga timidinni uzishga mo‗ljallangan reagentlar
sitidinli qoldiqlarni ham uzadi. Lekin sitidinni uzuvchi reagentlar
timidinni uza olmaydi. Xuddi shunday adenozinni uzuvchi reagentlar
guanozinni ham qo‗shib uzadi, biroq guanozinni uzuvchi reagent
adenozinni uzmaydi.
Dastlabki oligonukleotidning birlamchi strukturasini aniqlash uchun
uning namunasi to‗rtta idishga joylashtiriladi. Har bir idishga faqat bitta
nukleotid qoldig‗idan spetsifik uzuvchi reagent qo‗shiladi va tegishli
reagentlar bilan, ma‘lum sharoitda parchalanish reaksiyasi olib boriladi.
Parchalanish mahsulotlari poliakrilamid geldan tayyorlangan vertikal
elektroforezning parallel to‗rtta kolonkasiga o‗tkaziladi, elektroforez
qilinadi va radioavtografiya usulida ―ochiltiriladi‖. Usulning mohiyati
quyidagi sxemada keltirilgan (ushbu usulning mohiyatini yorituvchi
sxema 1977 yilda Maksam hamda Gilbertlarning o‗zlari e‘lon qilgan
maqoladan olingan).
Ushbu sxemadan quyidagi xulosalarni keltirish o‗rinli: eng kichik
molekular massaga ega bo‗lgan fragment tez harakat qilganligi sababli
kolonkaning pastki qismiga tez tushib boradi. Molekular massa ortishi
bilan harakat sekinlashganligi sababli ikkita zvenodan iborat fragment
keyinda, uchta zvenodan iborat fragment undan keyin va hokazo tartibda
joylashadi. Bunda guanozin qoldiqlaridan uzuvchi reagent spetsifikligi
sababli faqat unga xos fragmentlar, adenozinni uzuvchi reagent
spetsifikligi past bo‗lganligi sababli, ikkinchi kolonkada oxirida
adenozin yoki guanozin saqlagan fragmentlar bo‗lishi ehtimoliyati
mavjud. Uchinchi kolonkada ham xuddi shunday timidin yoki sitidin
bilan tugovchi fragmentlar birgalikda chiqish ehtimoliyati mavjud,
to‗rtinchi kolonkada esa faqat sitidin bilan tugovchi fragmentlar hosil
bo‗ladi. A+G kolonkada polosaning mavjudligi va uning G kolonkada
bo‗lmasligi, ushbu polosa A ga tegishli ekanligini ko‗rsatadi.

6.