На территории заповедника выделяются три растительных пояса: горной степи, лесной и высокогорной

Зааминский государственный горно-арчовый заповедник (не путать с одноименным Зааминским национальным (народным) природным парком) расположен на северных склонах Туркестанского хребта на территории Зааминского и Бахмальского районов Джизакской области Республики Узбекистан. Заповедник воссоздан в 1960 г. на месте заповедника Гуралаш (основан в 1928г.) и в настоящее время заанимает площадь 26840 га.

Территория заповедника представляет собой горную цепь с хорошо выраженной поясностью: среднегорье и высокогорье, расположенные на высотах 1760 - 3500 м над уровнем моря. Южная часть заповедника занимает крутые склоны Туркестанского хребта, рассеченные глубокими ущельями; северная часть имеет более сглаженный рельеф с террасами, покрытыми мощной толщей мергелей и лессовидных суглинков.
На территории заповедника выделяются три растительных пояса: горной степи, лесной и высокогорной (субальпийский).
Пояс горной степи расположен на высоте от 1300 до 2300 м над уровнем моря. Лесной пояс начинается с высоты 2100 м и заканчивается на высоте 2700 м.
На территории заповедника совместно произрастают три вида арчи: зерафшанская, полушаровидная и туркестанская. Арча полушаровидная образует смешанные насаждения в верхней части склонов с арчой туркестанской, а в нижнем с арчой зерафшанской. Ярус подлеска представлен кустарниками: боярышником туркестанским, шиповником Федченко, жимолостью Королькова, барбарисом продолговатым, кизильником многоцветковым, изредко среди скал встречается рябина тяньшанская.
В заповеднике, в настоящее время, выявлено более 700 видов высших сосудистых растений из 70 семейств, 280 родов, из них 13 видов внесены в Красную книгу Республики Узбекистан, 48 видов - эндемики западной части Туркестанского хребта. Отмечено и изучено, произрастание 216 видов шляпочных грибов - макромицеты.
Из лекарственных растений здесь произрастает более 20 видов: аконит, безвременник, бессмертник и валериана, зизифора, змееголовник и др.; из декоративных более 15 видов: вероника, гвоздика, примула, тюльпаны, эремурусы, крокусы, ирис, дельфиниум и др. Кроме того, десятки ценнейших в хозяйственном отношении растения: смолоносные, дубильные, красильные, эфиромасличные, плодово - ягодные и кормовые, являющиеся ценным генетическим фондом.
Весной неописуемо прекрасна низкогорная зона, где цветут эфемеры и эфемероиды - тюльпаны, маки, различные виды лука и великолепные эремурусы.
На северных склонах субальпийской зоны произрастают, в основном, стланиковой формы арча, акантолимон, мхи и лишайники - не изучены.
Весьма разнообразен животный мир заповедника, относящийся к Восточному Бухарскому зоогеографическому участку. Здесь представлены все виды, характерные для горных арчовых лесов заповедников в целом. Богатая, естественная кормовая база с различными угодиями, местами убежищ и гнездовий, обеспечивают существование всего комплекса биоразнообразия.
В заповеднике обитает один вид рыб, 2 вида земноводных, 14 видов пресмыкающихся, 102 вида птиц, 30 видов млекопитающих, из них в Красную книгу МСОП внесены: снежный барс, баран Северцова и черный гриф. В Красную книгу Республики Узбекистан внесены: снежный барс, тяньшанский бурый медведь, туркестанская рысь, баран Северцова, черный гриф, черный аист, бородач, беркут, белоголовый сип, орел-карлик, балобан, шахин.
Арчовая зона, особенно богата птицами. Обычны для лесов заповедника желчная и горная овсянки, темнозобые дрозды, арчовый дубанос, серая неясыть, кеклик - фоновая птица и их достаточно много, туркестанский скворец. В ущельях с водопадами обитают синяя птица и черноголовый ремиз, у каменистых отмелей - бурая и обыкновенная оляпки, горная и маскированная трясогузки. Высоко на скалах гнездятся крупные хищные птицы: белоголовые сипы, черные грифы, бородачи-ягнятники. В ущелье Чортанги в недоступных, глубоких расщелинах скал гнездится одна пара черного аиста, ежегодно прилетающая именно в Чортанги.
Из млекопитающих здесь обычны: волк, кабан, заяц-толай, восточная слепушонка. Высоко в горах, в арчовой зоне можно встретится с медведем и медвежатами, они не редки в заповеднике, а в глуши услышать шорох прячущегося и издали следящего за тобой рыся. Рано утром можно увидеть маленького, симпатичного ночного зверька - ласку.
Горный козел - обитатель высокогорий, скальников и осыпей, они также обычны в заповеднике, они охотно посещают арчовые и пойменные леса. Здесь же в высогорье были отмечены следы снежного барса ( 2 - 3 особи ).На каменистых обнажениях встречаются туркестанская агама, на песчаных и глинистых склонах - паллассов щитомордник, узорчатый полоз, пустынный гологлаз, желтопузик и др.

Климат на территории заповедника резко континентальный. По многолетним данным среднегодовое количество осадков выпадает 405 мм.
Снегопады в высокогорной зоне зачастую отмечаются в мае и в июне. В январе - феврале снеговой покров достигает полуметровой высоты и более. Высокая температура бывает в июле и августе, абсолютный максимум + 33 - 35 градусов, в декабре - январе снижается до -34, весенние заморозки отмечаются до конца мая, ранне-осенние начинаются с сентября. Зима в заповеднике устойчива и длится более пяти месяцев.

На территории заповедника формируются 2 небольшие речки - Гуралашсай, являющегося одним из образующих истоков реки Санзар и Кульсай - образующий реку Заамин. Из многочисленных притоков этих саев наиболее крупные Джулсай и Туюксай - в бассейне Кульсая, Ангирей и Кызылторысай - в бассейне Гуралаша.
Протяженность русла на территории заповедника Гуралашсайя - 24,5 км, Кульсая -15,4 км.