Биоинформатика

Министерство образования и науки Украины
Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова
Биологический факультет

Н. Ю. Васильева

БИОИНФОРМАТИКА
методические указания

Одесса
2013

ББК 28.070
УДК 575.112:004
Васильева Н. Ю. Биоинформатика. Методические указания. –– Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова, 2013. – 70 с.

В методических указаниях рассмотрены основные принципы работы с биологическими последовательностями (множественное и парное выравнивание, построение филогенетических деревьев), которые предусмотрены программой курса «Биоинформатика». Достаточно большое внимание уделено on-line программам, которые доступны любому пользователю и могут быть хорошим подспорьем студентам биологам на начальных этапах изучения этого курса. Методические указания снабжены большим количеством иллюстраций, позволяющим студентам самостоятельно разобраться с последовательностью действий. Методические указаниях предназначены для студентов 4 курса биологического факультета ОНУ.

Составитель: кандидат биологических наук, доцент кафедры микробиологии, вирусологии и биотехнологии Одесского национального университета имени И. И. Мечникова Васильева Н. Ю.


Рецензенты:

Гудзенко Т. В. – доцент, кандидат биологических наук, доцент кафедры микробиологии, вирусологии и биотехнологии Одесского национального университета имени И. И. Мечникова.

Мирось С. Л. – доцент, кандидат биологических наук, доцент кафедры генетики и молекулярной биологии Одесского национального университета имени И. И. Мечникова.

Печатается по решению Ученого совета Биологического факультета университета имени И. И. Мечникова
Протокол № 2 от 10.10. 2013 г.


СОДЕРЖАНИЕ
Введение……………………………………………………………………….…3
Выравнивание биологических последовательностей…………………….……5
Типы выравнивания…………………………………………………………........7
Матрицы замен……………………………………………………………..........11
Множественное выравнивание……………………………………………........15
Этапы выполнения множественного выравнивания в программе
ClustalW.. ……………………………………………………….……….….........18
Пример множественного выравнивания………………………………..….......25
Этапы выполнения множественного выравнивания в программе
MUSCLE.. ……………………………………………………….……….…........34
Этапы выполнения множественного выравнивания в базе данных
UniProt.. ……………………………………………………….……….…...........37
Выполнение множественного выравнивания в программе MatLab.…............41
Конструирование филогенетических деревьев на основании
множественного выравнивания.…………………..…………………….............45
Этапы выполнения филогенетического анализа в пакете Phylogeny.fr..........46
Конструирование филогенетических деревьев в программе Matlab................53
Список использованной литературы....................................................................70