BLAST биоинформацион дастури BLAST (ингл. Basic Local Alignment Search Tool) – бирламчи структураси (кетма-кетликлари) маълум бўлган нуклеин кислоталар ёки оқсилларнинг гомологларини излаш учун зарур бўлган компьютер дастурлари оиласидир. BLAST ни қўллаган ҳолда тадқиқотчи ўзида мавжуд кетма – кетликларни маълумотлар базасидаги кетма – кетликлар билан солиштирган ҳолда унинг тахмин қилинаётган гомологларини излаши ва уларни таққослаши мумкин. Бу дастур молекуляр биология, биоинформатика ва систематика фанлари билан шуғулланувчи мутахассислар учун муҳим восита ҳисобланади.
BLAST дастурлар оиласи 5 та асосий гуруҳга ажратилади:
нуклеотидлар учун
оқсиллар учун
трансляцияланувчи
геномлар учун
махсус амалий дастурлар
Нуклеотидларни тадқиқ этиш учун мўлжалланган гуруҳ ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетликларини маълумотлар базасидаги мавжуд бошқа нуклеотидлар кетма – кетликлари ва уларнинг участкалари билан таққослайди ва қуйидаги дастурларни ўз ичига олади:
megablast — юқори ўхшашликка эга кетма-кетликларни тез солиштиришга мўлжалланган
dmegablast — бир – бирига унча ўхшаш бўлмаган кетма – кетликларни солиштиришга мўлжалланган
blastn — барча ўхшаш кетма – кетликларни аниқлаш асосида секин таққослашга мўлжалланган
Оқсилларни тадқиқ этувчи гуруҳ ўрганилаётган оқсилнинг аминокислоталар кетма – кетликларини маълумотлар базасида мавжуд бўлган бошқа оқсилларнинг аминокислота кетма – кетликлари ва уларнинг участкалари билан таққослашни амалга оширади ва қуйидаги дастурларни ўз ичига олади:
blastp — барча ўхшаш кетма –кетликларни излаш мақсадидаги секин солиштириш
cdart — домен архитектурасига биноан ўхшаш бўлган гомологик оқсилларни излашга мўлжалланган
rpsblast — консерватив доменлар маълумотлар базалари маълумотлари билан солиштириш
Трансляцияловчи дастурлар ёрдамида нуклеотидлар кетма – кетликлари кўринишида берилган ахборотни аминокислоталар кетма – кетликлари кўринишига ўтказиш ва уларни бошқа кетма –кетликлар билан таққослаш учун қўлланилади ва қуйидаги дастурларни ўз ичига олади:
blastx — ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетлигини кодловчи аминокислоталар кўринишига ўтказади, кейин маълумотлар базасида мавжуд оқсилларнинг аминокислоталар кетма – кетликлари билан таққослайди.
tblastn — ўрганилаётган аминокислоталар кетма – кетликлари маълумотлар базасидаги трансляцияланган нуклеин кислоталар кетма – кетликлари билан солиштирилади.
tblastx — ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетликларини аминокислоталар кўринишига ўтказади ва уни маълумотлар базасидаги секвинирланган нуклеин кислоталарнинг трансляцияланган кетма – кетликлари билан солиштиради.
Геномлар учун мўлжалланган дастурлар ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетликларини маълумотлар базасидаги мавжуд секвинирланган бирор организ геноми билан таққослайди (одам, сичқон ва бошқалар).
BLAST ни қўлловчи бошқа махсус амалий дастурлар:
bl2seq — икки хил кетма – кетликларнинг локал таққослаш принципи бўйича солиштирилиши
VecScreen — нуклеин кислоталар таркибидаги векторли келиб чиқиш характерига эга нуклеотидлар кетма – кетликларининг сегментларини аниқлашни амалга оширади.
Биоинформатикада, БЛАСТ (Асосий Локал Таққослаш Қидирув Ускунаси) – бошланғич биологик информациялар, яъни турли хил оқсиллардаги аминокислоталар ёки ДНК даги нуклеотидлар кетма-кетлигини таққословчи алгоритмдир. БЛАСТ программаси тадқиқотчига кутубхонадаги ёки маълумотлар базаси билан ўзи сўраган кетма-кетликларни солиштиришига ва маълумотлар базасидаги кетма-кетлик билан сўралган кетма-кетлик орасидаги ўхшашликларни аниқлашига имкон беради. БЛАСТ программаси Миллий Соғлиқ Институтида Эугене Мерс, Степҳен Алцчул, Wаррен Гиш, Давид Ж. Липман, ва Wебб Миллер томонидан яратилган бўлиб, 1990 йилда Молекуляр Биология Журналида чоп этилган.
БЛАСТ биоинформатик программалар орасида энг кенг фойдаланиладиганларидан биридир, чунки у фундаментал муаммоларни ҳал қилади ва алгоритм сезувчанлик устидан тезликни таъминлайди. Тезликни таъминлаш улкан геном маълумотлар базасида амалий алгоритм тузишда жуда муҳим ҳисобланади.
Тезкор алгоритмлар, яъни БЛАСТ ёки ФАСТА ни яратилишидан олдин, оқсил ёки нуклеотид кетма-кетликларини аниқлашда Смит-Ватермен методига ўхшаш тўлиқ таққослаш жараёнидан фойдаланиш анча вақт талаб қилар эди. Хақиқатан ҳам, Смит-Ватермандан кўра тезроқдир, аммо БЛАСТ Смит-Ватерман “аниқлик ва энг такомил натижалар ижросини таъминлаш” каби “сўралган ва маълумотлар базасидаги кетма-кетликларни оптимал таққослашга кафолат” бера олмайди.
БЛАСТ гомолог кетма-кетликларни топади, у нафақат кетма-кетликларни тўлалигича солиштиради, балки икки берилган кетма-кетликларда жойлашиш бўйича учровчи калта ўхшашликларни ҳам топади. Бошланғич сўзларни топувчи бу жараён экиш деб аталади. БЛАСТ локал таққослашларни яратишни бошлаши биринчи ўхшашлик бўлади. Кетма-кетликлар ичидан гомологларни қидиришга ҳаракат бошланганда, оддий ҳарфларни тўплами – сўзлар жуда ҳам муҳимдир. Масалан, кетма-кетлик қуйидаги тартибсиз ҳарфлар йиғиндисидан иборат дейлик: ГЛКФА. Агар БЛАСТп (БЛАСТоқсил) тартибсиз ҳолатлар остида бошқарилиб турган бўлса, унда сўзнинг ҳажми 3 та ҳарфдан иборат бўлиши лозим. Ушбу ҳолатда, берилган узун ҳарфлардан фойдаланиб, қидиралойтган сўзлар қуйидагича бўлади: ГЛК, ЛКФ, КФА. БЛАСТ нинг ҳеуристиc алгоритм программаси аниқланиши керак бўлган оддий уч-ҳарфли сўзлар билан маълумотлар базасидаги аниқланган кетма-кетликлар ўртасида жойлашган. Бу натижалар кейинчалик таққослашни яратиш учун фойдаланилади. Қидирилаётган кетма-кетликни сўзларини тузиб олинганидан кейин, ёндош сўзлар ҳам жамланади.
