Bu bilan 19-asr boshlarida oʻzbek qoʻngʻirotlar sulolasi hokimiyatni rasman egallashiga zamin tayyorlagan. Muhammad Amin Inoq va Avaz Muhammad Inoqlar chingiziy sultonlar nomidan hokimiyatni boshqargan boʻlsalar, ularning vorisi Eltuzar (1804—06) 1804 yilda Abulgʻoziyxon V Yodgorxon oʻgʻli (1802— 04)ni taxtdan tushirib, oʻzini xon deb eʼlon qilgan. Shuning uchun ham Eltuzarxon Xiva xonligi taxtiga oʻtirgan qoʻngʻirotlar sulolasining 1-xoni hisoblanadi. Uning vorisi, inisi Muhammad Rahimxon I Xiva xonligini birlashtirishni nihoyasiga yetkazgan. 1811 yilda bir qancha yurishlardan keyin qoraqalpoqlarni ham Xiva xonligi tarkibiga qoʻshib olgan. U oʻtkazgan siyosiy, maʼmuriy, iqtisodiy islohotlar natijasida boshqaruv tizimi takomillashib, soliqlar tartibga tushgan.
Olloqulixon (1825—42), Rahimqulixon (1842—45) va Muhammad Aminxon (1846—56) davrlarida Xiva qoʻshinlarining Xurosonga yurishlari kuchaydi, Marv shahri uchun Buxoro amirligi bilan tez-tez urushlar boʻlib turgan. Xiva xonlari bu davrda Sirdaryoning Orol dengiziga quyiladigan joyidan Turkmaniston hududidagi Kushkagacha boʻlgan yerlarni boshqargan. 1855 yilda Saraxsni qamal qilish paytida Muhammad Aminxonning halok boʻlishi mamlakatda parokandalikka sabab boʻlgan. Abdullaxon (1855—56), Qutlugʻmurodxonlar (1856) 6 oydan koʻp hukmronlik qilmaslaridan oʻldirilgan. 1856 yilda taxtni Sayd Muhammadxon (1856—64) egallagan.
Xiva xonligida soʻnggi mustaqil hukmdor Feruz taxallusi bilan ijod qilgan Muhammad Rahimxon II (1864—1910) boʻlgan. Uning davrida xonlikning siyosiy, iqtisodiy, madaniy jihatdan oʻsishi koʻzga tashlanadi. Lekin, 1873 yilda Rossiya Xiva xonligini bosib olgan, Muhammad Rahimxon II va K.P.Kaufman imzolagan Gandimiyon shartnomasiga koʻra, Xiva xonligi Rossiyaga qaram davlatga aylanib qolgan. Asfandiyorxon (1910—18) Rossiyadagi oʻzgarishlar sabab Xiva xonligida zulmni kuchaytirgan. Shu bilan birga Rossiya hukumati talabi bilan 1910—13 yillarda vazir Islomxoʻja boshchiligida islohotlar oʻtkazishga harakat qilgan. 1914—16 yillarda soliqlarning koʻpayishi, iqtisodiy ahvolning ogʻirlashishi sababli xalqning norozilik harakati kuchaydi.
1917 yilda Rossiyadagi fevral inqilobi taʼsirida Yosh xivaliklar va boshqa siyosiy kuchlarning talabi bilan Asfandiyorxon majlis chaqirish va nozirlar kengashini tuzish toʻgʻrisidagi manifestga imzo chekkan. 1917 yil oxirlarida Xiva xonligidagi sovetlarga moyil kuchlarning olib chiqib ketilishi majlisning tugatilishiga asos boʻlgan. 1918 yilning yanvarida soʻnggi rus askarlarining Xiva xonligidan chiqib ketishi Junaidxon Xiva shahrini egallashiga imkon bergan. Asfandiyorxon Junaidxon qoʻlida qoʻgʻirchoq hukmdorga aylanib qolgan. Siyosiy oʻyinlar sababli 1918 yil oktabr oyida Junaidxon tomonidan Asfandiyorxon oʻldirilgan va soʻnggi xon Sayd Abdullaxon (1918 yil oktabr — 1920 yil 2 fevral) taxtga chiqarilgan. Bu davrda Xiva xonligi mustaqil davlat sifatida faoliyat yurgizgan. Yosh xivaliklar qizil armiyaning yordami bilan 1920 yil 2 fevralda Sayd Abdullaxonni taxtdan tushirishgan va Xiva xonligi tugatildi deb eʼlon qilishgan.