Toshmuxamedova muqaddamning bioinformatika fanidan

DDBJ tizimini yangilash 
An'anaviy yig'ilgan DDBJ ketma-ketliklari uchun ro'yxatdan o'tish 
tizimlari yangilandi. Biz an'anaviy ddbj ma'lumotlar bazasiga ikkita ma'lumot 
tizimini taqdim etamiz: (i) nukleotid ketma-ketliklarni taqdim etish tizimi 
(NSSS; 5) va (II) ommaviy vakillik tizimi (MSS; 21 ). NSSS veb-forma orqali 
barcha ma'lumotlarni kiritish imkonini beruvchi interaktiv dasturdir 
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/websub-e.html . MSS-katta ma'lumotlar fayllarini 
to'g'ridan-to'g'ri yuborish tartibi, http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/mss_flow-
e.html.
Har ikkala tizim ham xususiyat va kvalifikatorlardan foydalanishning 
yangi qoidalarini qo'llash uchun takomillashtirildi. Yuqorida aytib o'tilganidek, 
DDBJ da TSA tomonidan taqdim etilgan ma'lumotlarning miqdori keskin 
ravishda oshdi va 100 000 ketma-ketligi bilan ajralib turardi. Shuning uchun biz 
TSA uchun bunday ommaviy arizalarni qabul qilish uchun DDBJ ro'yxatga 
olish raqamlarini belgilash tizimini takomillashtirishga qaror qildik. 2015-
yilning oktyabr oyidan boshlab DDBJ DDBJ da taqdim etilgan tsa ma'lumotlari 
uchun WGS ma'lumotlariga o'xshash to'rtta harfli prefiksli inventarizatsiya 
raqamlarini tayinlaydi. 2015 yil noyabr oyida ddbj birinchi marta to'rt harfli 
IAAA prefiksi ( IAAA01000001-IAAA01132843) bilan TSA ma'lumotlarini 
chiqardi (jadval.(Jadval 1).1). Bundan tashqari, tsa ma'lumotlarining anonim 
FTP saytiga qarang, ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/tsa/. 
Ketma-ketlikni tahlil qilish xizmatlari 
NIG superkompyuteri ketma-ketlikni tahlil qilish platformasi sifatida 
DDBJ markazi keng miqyosli ketma-ketlik ma'lumotlarini tahlil qilishga 

---

ixtisoslashgan NIG superkompyuterini boshqaradi. NIG superkompyuteri ddbj 
ma'lumotlar bazalari va tahlil xizmatlarini yaratish uchun hisoblash 
infratuzilmasini taqdim etadi, shuningdek, tadqiqotchilarga keng miqyosli 
ma'lumotlarni tahlil qilish va superkompyuter muhitini taqdim etadi. Hozirgi 
vaqtda NIG superkompyuteri ikkita kompyuter tizimidan iborat: (i) faza 1 
tizimi, 2012 yilda taqdim etilgan va (II) faza 2 tizimi, 2014 yilda ishlab 
chiqarishga joriy etilgan. Faza 1 tizimi umumiy maqsadli hisoblash tugunlaridan 
iborat. (352 yupqa tugun, 64 GB xotira bilan har bir; Intel Xeon E5-2670 5632 
Core, 117,14 Tflops protsessor umumiy cho'qqisi ishlashi) va de novosbork 
ketma-ket, shu jumladan, xotira intensiv foydalanish vazifalari: ikki o'rta 
tugunni, 2 sil xotira (HP DL980G7 bilan har bir: Intel Xeon E7-4870 160 yadro, 
1,22 Tflops jami) va 10 TB xotira (SGI UV1000: Intel Xeon E7-8837) bilan 
bitta qalin tugun. O'tish: saytda harakatlanish, qidiruv 64 nozik tugunlarining 
umumiy maqsadli nozik hisoblash tugunlarida NVIDIA Tesla M2090 GPGPU 
mavjud. 2 fazasi 202 nozik tugunni o'z ichiga oladi, ularning har biri 64 GB 
xotira (Intel Xeon E5-2680v2 4040 yadrolari, jami 90 Tflops) va sakkizta o'rta 
tugun (1 bosqichi bilan bir xil). Har bir tizimdagi hisoblash tugunlari yog ' 
daraxtining to'liq topologiyasi yordamida InfiniBand (1 bosqichida QDR va 2 
bosqichida FDR) bilan o'zaro bog'liq. Katta ma'lumotlarni tahlil qilishda 
ommaviy i / u ni qo'llab-quvvatlash uchun NIG superkompyuteri 7 PB bilan 
parallel ravishda taqsimlangan Lustre fayl tizimi bilan jihozlangan ( 
http://www.lustre.org ). 5,5 PB uchun MAID tizimi dra va JGA , shu jumladan 
Sequence Read Archive ma'lumotlarini arxivlash uchun ishlatiladi. NIG 
superkompyuterining foydalanuvchilari soni 2016-dan 1-iyun 2015-ga 2532-ga 
31-may 2016-ga oshdi. Foydalanuvchi hisobini berish mezonlari veb-sahifada 
ko'rsatilgan ( https://sc.ddbj.nig.ac.jp/index . .php/en/criteria-for-issuing-user-
login-accounts ). Nig superkompyuteridagi qo'llab-quvvatlanadigan analitik 
vositalar va ommaviy ma'lumotlar to'plamlari, nig superkompyuterining asosiy 
sahifasida ko'rsatilgandek, NIG superkompyuter foydalanuvchilari uchun qulay 

---

kirish uchun tizimda ko'plab mashhur vositalar va bioinformatika kutubxonalari 
o'rnatildi ( http://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php o'tish: saytda harakatlanish, qidiruv 
Oldindan bajarilgan tahlil oqimini ko'paytirishga yordam berish uchun analitik 
vositalarning turli versiyalari kataloglarga turli yo'llar bilan o'rnatiladi. Ushbu 
analitik vositalar uchun NIG superkompyuteridagi oldindan o'rnatilgan 
ma'lumotlar to'plamlari veb-sahifada keltirilgan
(
http://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php/ja-availavle-dbs
). 
WebBLAST, 
ClustalW, VecScreen, ARSA va bioinformatika veb-API (WABI)DDBJ 
markazi 
Web 
BLAST 
,ClustalW 
va 
VecScreen 
(
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/vecscreen/univec
), bu veb-interfeyslardan 
so'rovlarni oladi. DDBJ markazi, shuningdek, bioinformatika (WABI) veb-API-
ni keng miqyosli ma'lumotlarni tahlil qilish va RESTful veb-API xizmatini 
taqdim etadi. WABI xizmati BLAST, VecScreen, ClustalW, MAFFT, 
inventarizatsiya raqamlari bo'yicha getentry ma'lumotlar qidirish tizimi va Arsa 
kalit so'z qidiruv tizimini tekis DDBJ fayllari uchun o'z ichiga oladi.). Wabi 
xizmati yaqinda 7 versiyasining yangi MAFFT xususiyatini (variantlar –add, –
addfragments, –addprofile va –addfull) o'z ichiga olgan bo'lib, ular mavjud 
ketma-ketliklarni mavjud hizalamaya qo'shish imkonini beradi. Txsearch 
NCBITXSearch 
taksonomiya 
indeksini 
olish 
uchun 
( 
http://ddbj.nig.ac.jp/tx_search/) DDBJ da NCBI taksonomiyasini ko'rish tizimi. 
Ushbu ko'rish tizimi ma'lumotlarni jo'natuvchilarga so'z birikmalarini nazorat 
qilish uchun insdc-da ishlatiladigan haqiqiy ilmiy nomlarni topishga imkon 
beradi. 2012 yilda NIG superkompyuterini almashtirish bilan bog'liq holda, biz 
yangi tizimda joylashtirish uchun ochiq manba kodli oraliq dasturiy 
ta'minotdagi xizmatlarimizning aksariyatini qayta amalga oshirdik. TXSearch 
tizimi Apache Solr va MySQL to'liq matnli qidiruv tizimiga asoslangan. 
RESTful veb-API xizmati ham taqdim etiladi. TXSearch-dagi ma'lumotlar 
NCBI taksonomiya ma'lumotlar bazasini NCBI FTP saytidan yuklab olish 
orqali har kuni yangilanadi ( ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy). Hozirgi 

---

vaqtda txsearch virusi yozuvlari xalqaro virus taksonomiyasi qo'mitasi ( ICTV) 
tomonidan chop etilgan 2015 Release Virus Taxonomiyasi yozuvlariga 
havolalarni o'z ichiga oladi http://www.ictvonline.org/) rasmda ko'rsatilgandek . 
ICTV yozuvlarini txtsearch vositasining virusli taksonomik yozuvlari 
bilan bog'lash yaxshilandi. (A ) NCBI taksonomiyasi yozuvida ICTV 
yozuvlariga havolalarni kiritish uchun ma'lumotlar oqimining sxematik 

---

diagrammasi. (B) txsearch vositasida virusni yozib olish ekrani. Qizil o'q ICTV 
yozuviga havola ko'rsatadi. 
DDBJ konveyer uchun virtual mashinaning tasviri.Ddbj (ddbj Pipeline, 
http://p.ddbj.nig.ac.jp ) NIG superkompyuterida ishlaydigan yuqori sifatli yangi 
avlod veb-izohli tartiblash tizimi. Konveyerning asosiy komponenti mos 
yozuvlar genomini va de novo montajini , shuningdek, Galaxy interfeysi orqali 
tizimli va funktsional izohlarni tahlil qilish kabi keyingi komponentlarni 
xaritalashni osonlashtiradi. 2016 yil mobaynida DDBJ Pipeline ning keyingi 
komponenti veb-xizmatdan NIG superkompyuteridan mahalliy Oracle
VirtualBox veb-server va Pitagora-Galaxy jamoat veb-serveri uchun dasturiy 
ta'minot tarqatish xizmatiga ko'chirildi ( http://www.pitagora-galaxy.org/).), 
doktor Riot Yamanak tomonidan tashkil etilgan. Foydalanuvchilar virtual 
mashinani o'z mahalliy muhitida yoki moslashuvchan bulutli muhitda 
boshqarishi kerak. Shunday qilib, DDBJ Pipeline xizmati uchun NIG 
superkompyuteridagi hisoblash resurslari asosiy va keyingi komponentlardan 
faqat asosiy komponentda to'plangan bo'lib, ko'pincha xotiradan intensiv 
foydalanishni talab qiladi va vaqt sarflaydigan vazifalarni o'z ichiga oladi. Ddbj 
ketma-ketlikdagi annotatsiya yozuvlarining semantik taqdimoti, ketma-ketlik 
annotatsiyasi ma'lumotlarini qayta ishlash qobiliyatini yaxshilash uchun ddbj 
yozuvlarini DBCLS bilan hamkorlikda resurs ta'rifi Framework ( RDF) 
versiyasiga aylantirish uchun tizim ishlab chiqdik. DDBj nukleotid ketma-
ketligining annotatsiyasini semantik tarzda taqdim etish uchun biz ddbj 
taksonomiyasining 
ontologiyasini 
original 
organizmning 
taksonomik 
ma'lumotlarini va DDBJ annotid nukleotid ketma-ketligining ontologiyasini 
jo'natuvchilar va havolalar kabi metadata tavsiflari, shuningdek biologik 
xususiyatlarning annotatsiyasi (http://ddbj .nig.ac.jp/ontologies/). Ushbu 
ontologiyaga asoslangan semantik ma'lumotlardan tashqari, RDF ma'lumotlar 
to'plami FALDO ontologiya yordamida ifodalangan semantik munosabatlarni 
o'z ichiga oladi.), Semanticscience Integrated Ontology , Sequence Ontology va 

---

Relation Ontology mavjud ddbj yozuvlari va INSDC resurslarida barcha 
ma'lumotlarni ko'rsatish uchun. Ddbj ning izohli ketma-ket yozuvlari rdf 
versiyasi DDBJ FTP saytida mavjud ( ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/rdf/).