O’rta asrlarda Movarounnahrda arxiv ishi 8 turli tabiiy ofatlar, istilolar hamda to’xtovsiz o’zaro urushlar oqibatida arxivlar va ularda saqlangan hujjatlar nobud bo’ldi, bizgacha yetib kelmadi. Hozirgi kunda O’zbekiston Respublikasi Markaziy Davlat arxivida saqlanayotgan eng qadimiy hujjatlar XIII va undan keyingi asrlarga doir vaqfnomalar hisoblanadi. Buxoro, Xiva va Qo’qon xonliklarining XIX asrgacha bo’lgan hujjatlari baxtga qarshi bizgacha yetib kelmagan. Xonliklar hukmronligining so’nggi davri (asosan XIX asr oxiri va XX asr boshlari) ga oid hujjatlar qisman saqlanib qolgan. 1873 yilda chor qo’shinlarining Xivaga qilgan yurishida qatnashgan sharqshunos A. Kun xon saroyini tintuv qilish chog’ida 300 ga yaqin kitob (sharq qo’lyozmalari) va har xil hujjatlarni yig’ib oladi. Hujjatlar asosan xonning kirim va chiqimlari haqida ma’lumot beruvchi materiallar, diplomatik yozishmalar va bir qancha vaqfnoma hamda mulkiy yorliqlardan iborat edi. Xiva xoni arxivini o’rgangan A. Kun o’z vaqtida uning to’liq emasligini va hujjatlar asosan xonlik tarixining so’nggi davriga oid ekanligini qayd qilgan edi. Xiva xoni arxivi va kutubxonasini shoshilinch tarzda ko’rib chiqqan A. Kun ayrim hujjatlarni Rossiya Fanlar Akademiyasining Osiyo muzeyiga topshirish uchun tanlab oladi, qolganini esa general fon Kaufman imperatorning Sankt-Peterburgdagi Xalq kutubxonasiga (hozirgi Saltikov-Shchedrin nomidagi Xalq kutubxonasi) ga sovg’a qilib yuboradi. Shundan so’ng Xiva xonining arxivi hammaning esidan chiqdi. Ularni 1936 yilda eslatib o’tilgan kutubxonada tadqiqot ishlarini olib borgan sharqshunos olim P. Ivanov topdi. Ayni paytda P. Ivanov kutubxonaning qo’lyozmalar fondida saqlanayotgan hujjatlarning bir qismi Qo’qon xonligiga tegishli ekanligini ham aniqladi. P. Ivanov tomonidan hammasi bo’lib turli kattalik va hajmdagi 120 ta daftar topildi. Hujjatlar 1822-1872 yillarga tegishli edi. Qo’qon xonligi arxivining taqdiri ham shunga o’xshashdir. Xudoyorxonning 1875 yilda Qo’qondan qochishi, yo’lda uning karvonini talanishi, Qo’qondagi xon saroyini qo’zg’olonchilar tomonidan talon-taroj qilinishi natijasida arxiv hujjatlarining asosiy qismi nobud bo’ldi. Uning saqlanib qolgan qismi esa Qo’qonni zabt etgan ruslar qo’liga o’tadi. General fon Kaufman Qo’qon xoni arxivining saqlanib qolgan hujjatlarini nomi yuqoriida zikr etilgan Sankt-Peterburgdagi kutubxonaga va qisman Toshkentdagi Xalq kutubxonasiga taqdim etadi. Keyinchalik Toshkent Xalq kutubxonasi ( hozirgi A. Navoiy nomli O’zbekiston milliy kutubxonasi) dagi barcha sharq qo’lyozmalari O’zbekiston Fanlar Akademiyasi Sharqshunoslik instituti fondiga topshirilgan. Sankt-Peterburgdagi Saltikov Shchedrin kutubxonasining qo’lyozmalar fondidagi Qo’qon va Xiva xonliklariga tegishli arxiv hujjatlari 1962 yilda Toshkentga qaytarilgan va hozirgi kunda O’zbekiston Respublikasi Markaziy arxivi fondlarida saqlanmoqda. Qo’qon xoni arxivi haqida tarixchi olima A. L. Troiskaya 1968 yilda “Katalog arxiva kokandskix xanov XIX v.” nomli kitobini e’lon qildi. Mazkur kitobda mingdan ko’proq hujjatlarning tavsifi keltirilgan. Qo’qon xonligi arxivi hujjatlarini o’rganish borasida t.f.d., prof. A. Nabiyevning xizmatlari kattadir.