Polimerazalar. Gen muhandisligi keng qo‘llaniladigan fermentlardan biri DNK polimeraza fermenti bo‘lib, bu ferment birinchi marta 1958-yilda Korenberg va uning hamkorlari tomonidan Esherichia coli (ichak tayoqchasi bakteriyasi) dan ajratib olingan DNK polimeraza komplementar nukletidlarni biriktirish yo‘li bilan DNK zanjiri reduplikatsiya jarayonida ishtirok etadi. DNK polimeraza gen muhandisligida yangi DNK molekulalarini sintezlashda qo‘llaniladi. Viruslarni o‘rganish jarayonida shu narsa ma’lum bo‘ldiki, ayrim viruslarning genomi bitta RNK zanjirdan iborat bo‘lib, hujayra ichida rivojlanayotganda o‘z genomini ikki zanjirli DNK ko‘rinishiga o‘tkazib, xo‘jayin-hujayra genomiga kiritadi. RNK matritsa asosida komplementar DNK sintezlay oladigan virusning maxsus fermenti, ya’ni teskari transkriptaza yoki revertaza deb nomlanuvchi maxsus ferment ajratib olingan. Revertazalar matritsa RNKga komplementar DNK zanjirini sintezlay oladi. Revertazalar yordamida MRNK ning DNK nusxalarini olish mumkin. Ligazalar. Rekombinatsiya jarayoni DNKni bo‘laklarga ajratish va ularni ulashdan iborat ekanligini ko‘rsatdi. Qo‘shni nukleotidlar orasidagi fosfodiefi r
bog‘larini tiklash orqali DNK bo‘laklarini bog‘lash vazifasini bajaruvchi ferment DNK ligaza deb ataladi. Ligaza yordamida DNK ning har qanday bo‘lagining «yopishqoq uchli» yoki «to‘mtoq uchli» qismlari biriktiriladi. Bu eng ko‘p qo‘llaniladigan fermentlardan biridir.
Restriktazalar. Gen muhandisligida foydaliligi nuqtayi nazaridan maxsus endonukleazalar alohida guruhni tashkil etadi. Tabiatda biror mikroorganizm hujayrasiga tashqaridan yot genetik material kirsa, u darhol hujayra nukleaza fermentlari ishtirokida parchalab tashlanadi. Genlar ustida bevosita muolajalar o‘tkazish usullarining takomillashtirilishi restriksion endonukleazalar (restriktazalar)ning ochilishi bilan bog‘liqdir. Esherichia coli (E.coli)ning alohida shtammi DNKsi boshqa shtamm hujayrasiga kiritilganda, odatda, genetik faollik ko‘rsata olmaydi. Chunki u maxsus fermentlar-restriktazalar bilan tezda bo‘laklarga bo‘lib yuboriladi. Hozirgi vaqtda turli xil mikroorganizmlardan har xil restriktazalar ajratib olingan. Restriktazalar endonukleazalarning DNKni muayyan maxsus ketma- ketliklari restriksiya saytlari (nuqtalari)ni tanib kesadigan, gidroliz qiladigan guruhi hisoblanadi. Yot DNKni parchalaydigan har qanday restriktaza fermenti DNKni o‘ziga mos 4–6 ta nukleotid ketma-ketligini tanib kesadi, natijada
to‘mtoq yoki yopishqoq uchli bir nechta DNK bo‘laklari hosil bo‘ladi. Yopishqoq uchli DNK bo‘laklarining qo‘sh zanjiri bir necha nukleotidga siljigan holda bo‘laklarga ajraladi