После распада СССР и обретения независимости Узбекистаном, Каракалпакстан оказался в составе Республики Узбекистан — преемницы Узбекской ССР. Как и Узбекистан, Каракалпакстан после 31 августа 1991 года сменил своё название с Каракалпакской АССР на Республику Каракалпакстан, оставаясь в составе Узбекистана, но фактически имея относительную самостоятельность в своих делах от Узбекистана до января 1993 года. Высшим законодательным органом республики был Верховный Совет Республики Каракалпакстан, а высшим исполнительным органом Совет Министров Республики Каракалпакстан.
11 ноября 1991 года Верховным Советом Республики Каракалпакстан была учреждена должность Президента Республики Каракалпакстан. Первым и последним человеком, занимавшим эту должность является Даулетбай Нуратдинович Шамшетов, который являлся президентом Каракалпакстана до 20 июня 1992 года. После этого должность президента была упразднена и в качестве руководителя республики был определён председатель Верховного Совета (впоследствии Жокаргы Кенеса) Республики Каракалпакстан.
14 декабря 1992 года Верховным Советом Республики Каракалпакстан был принят Государственный флаг Республики Каракалпакстан. 9 января 1993 года между руководством Республики Каракалпакстан и Республики Узбекистан был подписан межгосударственный договор «О вхождении Республики Каракалпакстан в состав Республики Узбекистан». 9 апреля 1993 года Верховным Советом Республики Каракалпакстан была принята Конституция Республики Каракалпакстан. В тот же день был принят Государственный герб Республики Каракалпакстан, а 24 декабря 1993 года принят Государственный гимн Республики Каракалпакстан.
Статус в Конституции Каракалпакстана
Согласно первой статье Конституции Республики Каракалпакстан, Каракалпакстан является суверенной республикой в составе Республики Узбекистан и обладает правом выхода из неё на основании всеобщего референдума народа Каракалпакстана[16].
Декларация о государственном суверенитете Республики Каракалпакстан была принята и подписана Верховным Советом Каракалпакской АССР 14 декабря 1990 года. 9 января 1993 года между руководством Республики Каракалпакстан и Республики Узбекистан был подписан межгосударственный договор «О вхождении Республики Каракалпакстан в состав Республики Узбекистан». 9 апреля 1993 года Верховным Советом Республики Каракалпакстан была принята Конституция Республики Каракалпакстан.