|
Dupleks ichida bitta xato
Qo'shimcha nukleotid juftlari uchun eng yaqin qo'shni model qo'shimcha bo'lmagan nukleotidlarni o'z ichiga olishi uchun juftlikka kengaytirilishi mumkin. To'ldiruvchi bo'lmagan bazaviy juftliklar barqarorligining pasayish tendentsiyasi mavjudligi ko'rsatilgan:
G-C > DA> G G> G T ≥ G A> T T ≥ A A> T C ≥ A C ≥ C C
Guanidin G eng "fotoshchi" asosdir, chunki u kuchli tayanch juftlarini hosil qiladi va bir-birini to'ldirmaydi (G · G, G · T va G · A). Boshqa tomondan, sitozin C eng kamsituvchi asosdir, chunki u eng barqaror to'ldiruvchi juftlarni va qo'shimcha bo'lmagan asoslar (T · C ≥ A · C ≥ C · C) bilan beqaror juftlarni hosil qiladi.
Havolalar Shuningdek qarang
PrimerDigital: Onlayn PCR asboblari va oligonukleotid tahlili
Virusli yoki bakterial DNK eritmalari asta-sekin qizdirilsa, ularning molekulalari ma'lum bir haroratda denaturatsiyaga uchraydi (27-16-rasm). Nativ DNK dupleksidan bo'shashgan denatüratsiyalangan shaklga o'tish ultrabinafsha nurlarning yutilishining ortishi yoki DNK eritmasining yopishqoqligining pasayishi bilan aniqlanishi mumkin. Har bir DNK turi o'ziga xos denaturatsiya harorati bilan tavsiflanadi, bu "erish nuqtasi" deb ataladi. DNKdagi G = C juftlarining tarkibi qanchalik yuqori bo'lsa, bu DNKning erish nuqtasi shunchalik yuqori bo'ladi. Buning sababi shundaki, GC bug'lari barqarorroq va ularning dissotsiatsiyasi uchun A = T juftlarini yo'q qilishdan ko'ra ko'proq energiya talab qilinadi; Bu qisman G = C juftlari uchta vodorod aloqasi bilan bog'langanligi va A = T juftliklari faqat ikkitasi bilan bog'liq.
DNK preparatining erish nuqtasini qat'iy pH va ion kuchi sharoitida ehtiyotkorlik bilan aniqlash DNKdagi A = T va G = C juftliklari o'rtasidagi munosabatlar haqida ma'lumot berishi mumkin.
G = C va A = T juftlarining nisbati tufayli DNKning ikkinchi fizik xossasi suzuvchi zichlikdir. Yuqori G = C-nap tarkibiga ega bo'lgan DNK preparati yuqori A = T-juft tarkibiga ega bo'lgan DNKga qaraganda bir oz yuqoriroq zichlikka ega. DNK preparatlari zichligi DNK zichligi bilan bir xil diapazonda joylashgan seziy xloridning konsentrlangan eritmasida yuqori tezlikda santrifüj qilinadi.
Guruch. 27-15. Gibridlanish testining printsipi. Har xil turdagi organizmlardan ajratilgan DNKning ikkita preparati isitiladi, shunda ular butunlay denatüratsiya qilinadi va ularning zanjirlari ajralib chiqadi. Ushbu dorilar aralashtirilganda va asta-sekin sovutilganda, har bir turning qo'shimcha DNK zanjirlari bir-birini topadi va normal duplekslarni hosil qilish uchun tavlanadi. Ikki DNK o'rtasida muhim ketma-ketlik homologiyasi mavjud bo'lsa, qisman duplekslar bo'lgan gibrid molekulalarning shakllanishi mumkin. Gomologiya darajasi qanchalik yuqori bo'lsa, duragaylarni hosil qilish ehtimoli shunchalik yuqori bo'ladi. Aralashmadagi duragaylarning tarkibini turli usullar bilan, xususan, xromatografiya yoki zichlik gradienti sentrifugalash orqali o'lchash mumkin. Odatda, o'lchash jarayonini soddalashtirish uchun DNKdan biri radioaktiv izotop bilan etiketlanadi
Guruch. 27-16. Ikki DNK preparatining denaturatsiya (erish) egri chizig'i. O'tishning o'rta nuqtasiga mos keladigan harorat erish nuqtasi deb ataladi. Qiymat pH va tuz konsentratsiyasiga bog'liq bo'lganligi sababli, har doim uni o'lchash shartlarini ko'rsatish kerak.
Santrifüj trubkasida santrifüj qilinganda, trubaning pastki qismida eng yuqori zichlikka ega bo'lgan zichlik gradienti hosil bo'ladi. Agar siz unga DNK qo'ysangiz, u avvalo probirkaning pastki qismiga qarab harakat qiladi, lekin keyin u ma'lum bir holatda to'xtaydi va suvda qoladi. Bu holatda u na suzib, na joylasha oladi, chunki bu erda eritmaning zichligi uning zichligiga teng. Ushbu usuldan foydalanib, Ch.da batafsil tavsiflangan. 28, bir-biridan G = C-juftlari tarkibiga ko'ra farq qiluvchi DNK molekulalarini ajratish mumkin, chunki ular turli xil suzuvchi zichlikka ega. Berilgan DNKning suzuvchi zichligiga asoslanib, undagi G = C va A = T juftlarining nisbatini hisoblash mumkin.
Do'stlaringiz bilan baham: |
