Rasm Turli dnk molekulalari orasidagi gibridlanish

Erish nuqtasini hisoblash

Termodinamik parametrlar dG, dH va dS eng yaqin qo'shni modelidan hisoblanadi. Dinamik dasturlash algoritmlari yordamida duragaylash jarayonida DNKning ikkilamchi tuzilishini aniq bashorat qilish uchun har bir qo‘shimcha asos juftligi uchun barcha mumkin bo‘lgan termodinamik parametrlar, shuningdek nukleotidlari mos kelmaydigan barcha variantlar, bo‘sh uchlari, soch iplari va halqalar uchun ma’lumotlar bazasi talab qilinadi. Qisqa oligonukleotidni hisoblash uchun termodinamik formula to'rt nukleotid birikmalarining 10 ta variantining har biri uchun termodinamik parametrlarga - entropiya dS va entalpiya dH ga asoslanadi (1-jadval). 1-jadvalda 1M NaCl kontsentratsiyasida asosiy juftliklar uchun eng yaqin qo'shnilar (NN) uchun termodinamik parametrlar keltirilgan.
Tm (° S) ni hisoblash uchun Gibbsning erkin energiyasining barcha qiymatlari bir nukleotid qadami bo'lgan har bir juftlik uchun yig'iladi:
dG umumiy = dG boshlang'ich + dG simmetriya + ∑dG + dG AT oxiri
dG nazariy = 1,96 + 0 - 2,17 - 1,44 - 1,44 - 1,00 - 1,45 - 1,30 +0,05
dG nazariy = -5,35 kkal / mol
Entropiya (dH = -43,5 kkal / mol) va entalpiya (dS = -122,5) qiymatlari shunga o'xshash tarzda hisoblanadi:
Ko'pgina DNK duplekslarida raqobatlashuvchi bir zanjirli tuzilmalar mavjud va bu tizimning muvozanatini o'zgartiradi va natijada T m qiymatini formula bo'yicha taxmin qilingan qiymatdan kamaytiradi.
Eritmadagi tuz uchun tuzatilgan T m ni hisoblashning umumiy formulasi:
Bu erda L - oligonukleotidning uzunligi, R - gaz konstantasi (1,987kal / K mol), c - oligonukleotidning kontsentratsiyasi (odatda 2x10 -7 M), mollardagi kaliy ionlarining konsentratsiyasi (odatda 5x10 -). 2 M).
Jadval 1. 1M NaCl konsentratsiyasida nukleotid juftlari uchun eng yaqin qo'shnilar (NN) uchun termodinamik parametrlar,

Juftlar ketma-ketligi (5"-3"/3"-5")	° kkal / mol	° kal / (mol K)	° 37 kkal / mol
AA / TT	-7.6	-21.3	-1.00
AT / TA	-7.2	-20.4	-0.88
TA / AT	-7.2	-20.3	-0.58
CA / GT	-8.5	-22.7	-1.45
GT / CA	-8.4	-22.4	-1.44
CT / GA	-7.8	-21.0	-1.28
GA / CT	-8.2	-22.2	-1.30
CG / GC	-10.6	-27.2	-2.17
GC / CG	-9.8	-24.4	-2.24
GG / CC	-8.0	-19.9	-1.84
boshlash	+0.2	-5.7	+1.96
end A-T juftligi	+2.2	+6.9	+0.05
simmetriyani tuzatish	0.0	-1.4	+0.43