Umarxon
Uyushtirilgan suiqasd oqibatida Olimxon oʻldiriladi va taxtga uning akasi Umarxon (1809-1822yy.) koʻtariladi. U Buxoro amiri Haydar bilan shartnoma tuzdi va Sirdaryoning quyi oqimigacha boʻlgan yerlarni saltanatiga qoʻshib oldi. Toshkent, Buxoro va Xiva yoʻllari kesishgan joyda u Oqmachit istehkomini bunyod qildi. „Musulmonlar amiri“-"amir ul muslimin" unvonining sohibi boʻlmish Umarxon oʻz nomidagi tangalarni zarb etgan. Uning hukmdorligi chogʻida Qoʻqonda ham Buxoro xonligidagi kabi maʼmuriy tizim joriy etilgan.
Muhammad Ali
Umarxonning merosxoʻri etib uning 12 yoshli oʻgʻli Muhammad Ali (Madali) (1822-1842yy.) tayinlandi. Madali hukmronligini otasi zamonida ham unga yoqmagan kishilarni qatl qilishdan boshladi. U Sharqiy Turkiston va Qashqarga bir necha muvaffaqiyatli yurishlarni amalga oshirdi, Oloy togʻ tizmasi ortidagi tojiklarni boʻysindirishga erishdi. Uni tilyogʻmachilar „gʻozi“(eʼtiqod yoʻlidagi kurashchi) deb atashsada ruxoniylar dinni bulgʻagan va xudodan qaytgan kishi, deya hisoblashar edi. Xon gʻanimlari Buxoro amiriga shikoyat yoʻlladilar. 1840-yil amir elchisi orqali Qoʻqonga otasining xotini bilan nikoh tuzganligi uchun Madalixonni kofir deb eʼlon qilgan fatvoni joʻnatdi. Shundan soʻng Madalixon Buxoroga qarshi urush harakatlarini boshladi, biroq magʻlubiyatga uchragach, oʻzining Buxoro tobeligini tan oldi va amirlik foydasiga Xoʻjanddan voz kechdi. 1842-yil amir Nasrullo Qoʻqondni zabt etib, xonlikni Buxoroga qoʻshib oldi. Madalixon qatl etildi va tez orada Toshkent ham qoʻlga kiritildi.
Qoʻqon xonligi aholisining etnik tarkibi
XVIII asr boshlariga kelib Fargʻonada yangi Buyuk Oʻzbek Davlatlaridan biri – Qoʻqon xonligi tashkil topdi. Bu davlat oʻzbek davlatchiligi tarixida alohida oʻrin tutadi. Biz bu yerda Qoʻqon xonligi aholisining etnik tarkibi haqida maʼlumot berishni joiz deb bildik. Maʼlumki, Fargʻona vodiysi va unga tutash hududlar aholisi azaldan polietniylik xususiyati bilan Oʻrta Osiyoning boshqa hududlaridan ajralib turgan. Bunday etnik oʻziga xoslilik, Qoʻqon xonligi davrida ham saqlanib qolgan edi. Qoʻqon xonligi hududida asosan oʻzbeklar, tojiklar, qirgʻizlar, uygʻurlar va qoraqalpoqlar istiqomat qilganlar. Bundan tashqari xonlik hududida son jihatidan kamroq boʻlsada yahudiylar, tatarlar va boshqa etnik jamoa vakillari ham yashar edilar