Verniy istehkomini ko’radilar. 1858-1860 yillar davomida podpolkovnik Peremilskiy, polkovnik simerman boshchiligidagi otryadlar To’qmoq va Pishpek qal’alarini bosib oldi va vayron qildi.
1861 yil podsho Aleksandr II ishtirok etgan saroy kengashida Qo’qon xonligiga qarshi hujum harakatlarini kuchaytirish va uning ichkari hududlarga kirish masalalari ko’rib chiqildi. Xonlikni bosib olish uchun yanada ko’proq harbiy kuchlar safarbar etiladi. Natijada shu yilning o’zidayoq Oqsuv, Pishak, CHoldevor qal’alari ruslar tomonidan bosib olinadi.
1864 yilga kelib harbiy harakatlari yanada shiddatli tus oldi. Xonlikning ichkari hududlariga suqulib kirayotgan rus mustamlakachilari oldida Avliyo ota, Turkiston, CHimkent, Toshkent kabi qudratli harbiy kuchga va muhim strategik ahamiyatga ega bo’lgan shaharlar turardi. 1864 yil 1 may kuni Avliyootaga yetib kelgan polkovnik CHernyayev otryadlari shaharlarga qarshi shiddatli janglar olib bordi. Vatan himoyachilarining qattiq qarshiligiga qaramay shu yilning 4 iyunida ruslar tomonidan bosib olindi. 4 iyulda CHinoz, 11 iyulda esa Manket bosib olindi.
Orenburg yo’nalishi bo’yicha harakat qilayotgan polkovnik Verevkin otryablari 1864 yil Turkiston shahrini qamal qildi. Qattiq janglardan so’ng 12 iyunda Turkiston shahri ham ruslar tomnidan bosib olindi. Navbatdagi shahar CHimkent edi. CHimkent shahri ikki yo’nalishni birlashtiruvchi nuqta sifatida ham muhim ahamiyatga ega bo’lsa, vatan himoyachilari uchun xonlikning ichkari hududlariga ruslarning kirib kelishiga to’siq bo’luvchi so’nggi kuchli tayanch edi. CHimkent uchun jangga bosqinchilar ham, himoyachilar ham qattiq tayyorgarlik ko’radilar. Avliyo ota va Turkistondan kelgan harbiy kuchlari iyul oyida CHimkentga hujum boshlaydilar. Vatan himoyachilari rus bosqinchiligiga qarshi kurashlarga rahbarlik qilgan eng mahoratli sarkarda Mullo Aliquli Amirlashkar boshchiligida ruslarga qaqshatqich zarba beradi va 22 iyul kuni mag’lubiyatga uchragan rus qo’mondonlari sulh so’rab Aliquli Amirlashkargi murojaat qiladi. Amirlashkar ularga Oqmachit, Avliyoota, Turkiston shaharlarini qaytarish va 200 ming tillo tovon to’lash sharti bilan omonlik beradi. Biroq ruslar ikki oy davomida qaytadan kuch to’plab, CHimkentga qayta hujum qiladi. SHiddatli kechgan muxorabada ruslarning zamonaviy qurollari ustunlik qilib, himoyachilarni mag’lubiyatga uchratadi. 22 sentyabr kuni