Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Protein-oqsil o'zaro ta'siri
ona holati o'z-o'zidan tuzilmagan oqsillar guruhi (Rayt va Dyson 1999;
Chunki proteaz-ingibitorlar va antikor-antijenlardan tashkil topgan komplekslarning tuzilmalari mavjud
IUPlarning vazifasi shundaki, ular ko'pincha murakkab shakllanish paytida kengaytirilgan konformatsiyani saqlab qoladilar.
ko'p proteinli komplekslarning shakllanishini nazorat qilish mexanizmini ta'minlaydi, masalan; a bog'laydi
ferment-ingibitor va antikor-oqsil komplekslaridir. Oxirgisi - geterodimerik oqsillar sinfi,
ulanish interfeysi va ularning o'zaro ta'sirining tabiati. Jons va Tornton a
Tornton 1996). Bir guruh gomodimerik yoki oligomerik oqsillardan iborat bo'lib, ular ko'pincha bo'ladi
konformatsion entropiyada. Bu oqsilning yaqinligini ajratish mexanizmi bo'lishi mumkin
tuzilishi jihatidan farq qiluvchi ligandlar. Bu mavjud bo'lmasdan funktsional xilma-xillikka imkon beradi
75 ta oqsil-oqsil komplekslari uchun bog'lanish interfeyslarining atom tuzilishi. Shulardan 32 tasi
17
oqsil ma'lumotlar bankida haddan tashqari vakillik qilingan, tizimli tahlillarning oldingi natijalari
natijada muvozanatning faol konformatsiya tomon siljishi. Bu gipoteza
erkin holat va har bir davlat turli ligandlarni bog'lashi ko'rsatilgan (Jeyms va boshq. 2003). Muayyan darajada moslashuvchanlik
tsikl, ular juda keng tarqalgan deb hisoblanadi (Tompa 2002). Saytda birinchi bo'lib tan olingan
Tompa 2002; Uverskiy 2002). Ko'pgina ichki tuzilmagan oqsillar (IUPs) ishtirok etadi
ko'proq tuzilmalar paydo bo'lishi bilan barqaror o'sib borayotgan sinf.
birinchi b va katlama c bog'lash imkoniyatiga ega bo'lish uchun (Caflisch 2003). Induced fitnesning ekstremal shakli uchun ko'rinadi
Shuning uchun ular bir nechta aloqa nuqtalarini tashkil etuvchi katta interfeys maydoni bilan bog'lana oladilar
evolyutsiyaga bog'liq (Jeyms va Tavfik 2003; Goh va boshq. 2004) Proteinlardagi moslashuvchan hududlar ham
ko'pgina vaqtinchalik shakllantiruvchi komplekslar uchun muhim ahamiyatga ega bo'lgan o'ziga xoslik. Yana bir qiziq
ko'pincha monomerik shakllarida beqaror bo'lgan oqsillarning majburiy komplekslari. Boshqa sinflar
tasnifi, bu erda ular oqsil-oqsil komplekslarini to'rt guruhga bo'lishdi (Jons va
mintaqalar oqsilga turli xil konformatsiyalarni moslashtirishga imkon beradi va bog'lanish imkoniyatini beradi
DNK bilan bog'lanish (Spolar and Record 1994) bog'langanda buklanish katta pasayish bilan birga keladi.
heterodimerik oqsil komplekslari, obligat komplekslar bundan mustasno (Lo Conte va boshq. 1999). Biroz
ikki xil konformatsiyada tutilgan antikorning kristall tuzilmalari tomonidan quvvatlanadi
asosiy hujayra jarayonlarida, masalan, transkripsiya, tarjima, signal uzatish va hujayrada
Protein-oqsil o'zaro ta'siri ularning kattaligiga nisbatan ham sezilarli o'zgarishlarni ko'rsatadi
birinchi navbatda ularga asoslanadi. Tuzilgan tadqiqotda Lo Konte, Chotiya va Janin tahlil qildi
uning o'lchamiga nisbatan maqsad (Tompa 2002).
4.2 Protein interfeyslarining strukturaviy xossalari
Machine Translated by Google

---