Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa, Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa

MODEL TURI

• MODEL TURI
• Asosiy maqola: Muqobil modellar Barcha muqobil modellar ketma-ketlikda paydo bo'ladigan har bir mumkin bo'lgan holat o'zgarishiga og'irliklar to'plamini belgilaydi. Modelning eng keng tarqalgan turi bilvosita qaytarilishi mumkin, chunki u G>C nukleotid mutatsiyalariga, masalan, C>G mutatsiyalariga teng og'irliklarni beradi. Mumkin bo'lgan eng oddiy model Jukes-Cantor modeli berilgan nukleotid bazasi uchun barcha mumkin bo'lgan holat o'zgarishlariga teng ehtimolliklarni belgilaydi. Ikki xil nukleotidlar orasidagi o'zgarish tezligi umumiy almashtirish tezligining 1/3 qismini tashkil qiladi. [4] Ilg'or modellar o'tishlar va o'tishlarni ajratib turadi.. GTR modeli deb ataladigan eng keng tarqalgan mumkin bo'lgan vaqt bilan qaytariladigan model oltita mutatsiya tezligi parametrlariga ega. Umumiy 12 parametrli model deb nomlanuvchi ancha umumlashtirilgan model bir nechta nasl-nasablar orasidagi izchil genetik masofalarni hisoblashda ancha murakkablik kiritish hisobiga vaqtning qaytarilishini buzadi.

Ushbu mavzu bo'yicha mumkin bo'lgan o'zgarishlardan biri vaqt o'tishi bilan umumiy GC tarkibi (DNKning qo'sh spiral barqarorligining muhim o'lchovi) o'zgarishi uchun tezlikni sozlashdir. Model, shuningdek, kirish ketma-ketligining pozitsiyasiga qarab nisbatni o'zgartirishga ruxsat berishi mumkin. Bunday mutatsiyaning eng yaqqol misoli oqsil kodlovchi gendagi nukleotidlarning uch asosli kodonga joylashishidir. Agar ochiq o'qish ramkasining (ORF) holati ma'lum bo'lsa, kodon ichidagi ma'lum bir pozitsiya uchun mutatsiya tezligini sozlash mumkin, chunki ma'lumki, tebranish bazasi juftligi uchinchi nukleotidning yuqori mutatsiya tezligiga toqat qilishi mumkin. kodon. Genetik koddagi kodonning ma'nosiga ta'sir qilmasdan berilgan kodon. ORF identifikatsiyasiga tayanmaydigan kamroq gipotezaga asoslangan misol, shunchaki har bir saytga oldindan belgilangan taqsimotdan tasodifiy olingan nisbatni tayinlaydi: gamma taqsimoti yoki lognormal taqsimot. Nihoyat, kovarion usuli deb nomlanuvchi tezlik tebranishlarini yanada konservativ baholash stavkalardagi avtokorrelyatsiya tebranishlariga imkon beradi, shuning uchun ma'lum bir saytdagi mutatsiya tezligi saytlar va nasllar bo'ylab korrelyatsiya qilinadi.

• Ushbu mavzu bo'yicha mumkin bo'lgan o'zgarishlardan biri vaqt o'tishi bilan umumiy GC tarkibi (DNKning qo'sh spiral barqarorligining muhim o'lchovi) o'zgarishi uchun tezlikni sozlashdir. Model, shuningdek, kirish ketma-ketligining pozitsiyasiga qarab nisbatni o'zgartirishga ruxsat berishi mumkin. Bunday mutatsiyaning eng yaqqol misoli oqsil kodlovchi gendagi nukleotidlarning uch asosli kodonga joylashishidir. Agar ochiq o'qish ramkasining (ORF) holati ma'lum bo'lsa, kodon ichidagi ma'lum bir pozitsiya uchun mutatsiya tezligini sozlash mumkin, chunki ma'lumki, tebranish bazasi juftligi uchinchi nukleotidning yuqori mutatsiya tezligiga toqat qilishi mumkin. kodon. Genetik koddagi kodonning ma'nosiga ta'sir qilmasdan berilgan kodon. ORF identifikatsiyasiga tayanmaydigan kamroq gipotezaga asoslangan misol, shunchaki har bir saytga oldindan belgilangan taqsimotdan tasodifiy olingan nisbatni tayinlaydi: gamma taqsimoti yoki lognormal taqsimot. Nihoyat, kovarion usuli deb nomlanuvchi tezlik tebranishlarini yanada konservativ baholash stavkalardagi avtokorrelyatsiya tebranishlariga imkon beradi, shuning uchun ma'lum bir saytdagi mutatsiya tezligi saytlar va nasllar bo'ylab korrelyatsiya qilinadi.